NeuronVisio

NeuronVisio collega con NEURON utilizzando la nuova interfaccia Python neurone.
Installazione:
Per installare NeuronVisio è necessario soddisfare le seguenti dipendenze
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visiva
& Nbsp; * matplotlib
Easy Install
Il modo più semplice per ottenere neuronvisio è se avete setuptools installati:
easy_install neuronvisio
Senza setuptools, è ancora abbastanza facile. Scaricare il file neuronvisio.tgz dalla pagina Cheeseshop di neuronvisio, decomprimere e corsa:
python setup.py install
Documentazione
La documentazione è disponibile nella cartella doc o online.
Quickstart
Questo codice è solo per dare un'idea di come utilizzare il modulo nrnvisio:
1. il fuoco di un console ipython con interruttore pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Se non si utilizza l'opzione non si vedrà alcun grafico.
2. Importare il modulo:
& Nbsp; da neuronvisio.controls import Controls
& nbsp; controlli = Controls ()
All'avvio nrnvisio il thread è lanciato. In questa discussione tutto il processo di nrnvisio avverrà senza bloccare la console.
Come un rapido esempio il seguente codice:
& Nbsp; 1. Crea una singola sezione chiamata soma
& Nbsp; 2. Inserire un canale Hodgkey-Huxley e conduttanza passivo
& Nbsp; 3. Inserire una alphaSynapse per fornire un stimul.
Un esempio veloce può essere la seguente ::
Controls nrnvisio.controls importazione
Controlli = Controls () # Avvio della GUI
da neurone import h # Ottenere il HocInterpreter
soma = h.Section () # Creazione di una sezione
soma.insert ('hh') # Inserimento di un canale HH
soma.insert ('pas') # inserendo un conduttanza passivo
syn = h.AlphaSynapse (0.5, sec = soma) Ingresso # sinaptica
syn.onset = 0.5 # quando al fuoco
syn.gmax = 0.05 # la conduttanza della sinapsi
syn.e = 0 # il potenziale di inversione
Altro esempio nello spettacolo esempio directory come utilizzare Neuronvisio con il modello più complesso

Caratteristiche :.

• visualizzazione 3D del modello con la possibilità di cambiare lo Runtime
• Creazione di vettori per registrare tutte le variabili presenti nella sezione
• integrazione Pylab per tracciare direttamente il risultato della simulazione
• esplorazione del timecourse di qualsiasi variabile tra tempo utilizzando una scala di codice colore
• la GUI viene eseguito in un thread in modo che sia possibile utilizzare la console (ipython vivamente consigliato)

Requisiti :

• Python