edittag

edittag è una collezione un'applicazione per la progettazione di insiemi di modificare i tag sequenze metriche, controllando sequence tags per conformazione alla modifica metrica, e integrare i tag sequenza di adattatori sequenziamento specifiche della piattaforma e primer PCR. edittag differisce da altri approcci:
& Nbsp; * edittag genera lunghezze arbitrarie di modifica-metrica sequence tags in tempi ragionevoli con multiprocessing
& Nbsp; * edittag produce tag set Modifica sequenza metrica conformi alla distanza di modifica selezionata
& Nbsp; * edittag utilizzato Primer3 di integrare i tag sequenza primer PCR
Forniamo diversi grandi insiemi di modificare metrica sequence tags progettati utilizzando edittag nei seguenti formati:
& Nbsp; * testo - questo file è in un formato appropriato per check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * database SQLite
Visto
Faircloth BC, Glenn TC. Grandi insiemi di identificazione sequenza edit-metrica
tag per facilitare multiplexing su larga scala di legge da massicciamente
sequenziamento parallelo. doi_
Installazione:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
Package.tar.gz wget
tar -xzf Package.tar.gz
python setup.py install
deposito
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
pacchetto opzionale (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
pacchetto opzionale (Primer3)
Se si desidera progettare primer incorporare modificare metrica sequence tags, è necessario installare prima una versione modificata di Primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
fare
make install
Assicurarsi di spostare i binari dai mod-Primer3 una posizione nel percorso (sposta almeno Primer3 a lungo e primer3_config nella stessa directory nel percorso). È quindi possibile eseguire

Requisiti :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3