SSuMMo è una libreria di funzioni progettate intorno iterativo utilizzando HMMER per assegnare le sequenze di taxa. & Nbsp; I risultati sono alberi molto annotati mostrano specie / distribuzione genere all'interno di quella comunità.
I programmi inclusi con il codice sorgente includono strumenti per: -
- Costruire un database gerarchico di modelli di Markov nascosti - dictify.py;
- Destinare le sequenze di nomi tassonomici riconosciuti - SSUMMO.py;
- Analizzare la diversità biologica, con Simpson, Shannon e altri rankAbundance.py metodi-;
- Visualizzare i risultati come cladogrammi con una spiccata capacità di facile cross-confronto dataset - comparative_results.py
- Convertire i risultati in formato phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Rappresentazione costruire html - dict_to_html.py.
- Trama curve di rarefazione e calcolare corrispondenti indici di biodiversità
Python codice sorgente è disponibile qui, sul codice di Google. La banca dati precompilati gerarchico di HMM, così come un database SQL tassonomia ottimizzato (usato per dedurre ranghi di ogni taxon) possono essere scaricati da: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Per installare informazioni, si prega di consultare il file README. Per informazioni sull'utilizzo, vi è un wiki (sopra), e un manuale utente preliminare è stato aggiunto al tronco svn
Requisiti :.
- Python
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