Staden Package è una serie completa di assemblaggio della sequenza del DNA (Gap4), l'editing e gli strumenti di analisi (Spin) per Unix, Linux, MacOSX e MS Windows.
Sul fronte Gap4 ci sono stati diversi minori di entrare correlate
miglioramenti nel modo in cui i punteggi join in Trova unisce interno e la
funzionalità del pulsante di allineamento nell'editor Join.
Anche di importanza per gap4 sono i vari cambiamenti di io_lib (il
libreria per tutti gli I / O di vari formati di file di traccia). Con l'aggiunta
di un nuovo programma hash_exp ora permette di file esperimento possa essere
concatenati insieme e indicizzati. L'elenco dei nomi dei file esperimento
dovrebbe stil viene fornita alle gap4, ma a condizione dell'ambiente EXP_PATH
variabile è stato impostato correttamente gap4 sarà in grado di recuperare singoli
sequenze fuori del file esperimento concatenato
archivio. Miglioramenti all'interfaccia utente per questo devono ancora essere
fatta.
454 archivi SFF sono ora meglio supportati. I defsult 454 indici
ora lavorare, anche se il programma hash_sff può essere utilizzato per fornire un
strategia di indicizzazione alternativa (possibilmente veloce in alcuni casi).
Gap4 e Trev hanno anche un altro stile di visualizzazione traccia per tracce che
avere 1 scansione del campione (canali x4) per chiamata base. In questo caso può
anche disegnare 4 valori di confidenza invece di 1 per ogni base. Queste abilità
consentirà una migliore integrazione delle Solexa ripercorre quando più facilmente
disponibili.
In più, naturalmente, il solito mix di correzioni di bug e piccoli aggiustamenti. Vedere la
log completo cambiamento per i dettagli (tramite il sito SourceForge).
Altri cambiamenti importanti
Gap4
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