CodonW è un programma progettato per semplificare l'analisi multivariata (analisi delle corrispondenze) dell'utilizzo dell'acido codone e aminoacidi. Si calcola anche gli indici standard di utilizzo codone. Ha sia menu e interfacce a linea di comando.
Il progetto CodonW è stato scritto da John Peden nel laboratorio di Paul Sharp, Dipartimento di Genetica, Università di Nottingham. John sta lavorando in genetica umana ed è attualmente impiegato come PROCARDIS gestore database al WTCHG Oxford University.
Qui sono alcune caratteristiche chiave di "CodonW":
· Scritto in ANSI C compliant
· Menu guidato
· Il numero esteso di opzioni da linea di comando
· Codice genetico indipendente
· Nessun limite
1. numero di sequenze
Lunghezza 2. sequenza
· Calcola gli indici di utilizzo codone
Indice adattamento Codone: 1. CAI
2. Fop: Frequenza di codoni ottimali
3. Nc: numero effettivo dei codoni
4. CBI: Codone Bias Index
· Calcola indici di aminoacidi
Punteggio 1. GRAVY
2. Aromaticità
· Calcola analisi delle corrispondenze di
1. Utilizzo Codone
2. RSCU (utilizzo codone sinonimo relativa)
3. Amino acid uso
· L'analisi delle corrispondenze
1. può includere / escludere codoni / aminoacidi
2. in grado di generare report dettagliati delle tendenze
3. i tentativi di identificare automaticamente codoni ottimali
4. può permettere ulteriori dati imposta da aggiungere
5. registra un numero qualsiasi di tendenze
· Calcola i parametri di geni
Lunghezza 1. Gene
2. GC, GC3s e posizione codone specifico G + C
3. Dinucleotide Composizione (in tutti e tre i frame codone)
4. Amino acid uso
5. relativo uso di aminoacidi
6. Utilizzo Codone
7. relativo utilizzo codone Sinonimo
· Può traduce concettualmente sequenze alle proteine
· Riformatta dati di sequenza
· Umano o di una macchina uscita leggibile
· Può concatenare geni (con la salvaguardia degli reading frame) per calcolare
1. utilizzo complessivo codone
Contenuti 2. GC
Composizione 3. Dinucleotide
· Genera tabelle di codone, aminoacidi, o l'utilizzo RSCU
· Può anche aiutare ad imparare il codice genetico.
· E altro
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