GAMGI

GAMGI è un progetto software open source e completamente gratuito progettato da zero per essere utilizzato per creare e analizzare strutture atomiche. È dotato di un'interfaccia grafica utente semplice, pulita, facile da usare e potente.

L'applicazione supporta un'ampia gamma di strutture atomiche, come cristalli, molecole, liquidi e occhiali. Supporta anche i 230 gruppi spaziali cristallografici e può essere utilizzato per eseguire analisi Voronoi 3D e simmetria puntiforme.

GAMGI supporta molti tipi di oggetti, tra cui Testo, Orbitale, Legame, Atomo, Direzione, Piano, Gruppo, Molecola, Cluster, Cella, Freccia, Forma, Grafico, Assemblaggio, Luce, Livello e Finestra. Inoltre, il programma offre il massimo controllo sugli oggetti di basso livello come atomi.

Tra le altre caratteristiche, possiamo menzionare la possibilità di costruire strutture RCP (Random Close Packing), cristalli per qualsiasi gruppo spaziale di simmetria, oltre a poliedri di coordinamento e Voronoi per strutture casuali. Può anche determinare qualsiasi gruppo di punti di simmetria.

Viene fornito con una documentazione completa

Un'altra caratteristica interessante è la possibilità di eseguire azioni in un elenco di oggetti o un singolo oggetto precedentemente evidenziato. Viene fornito con documentazione completa e dati atomici, inclusi dati isotopici e raggio ionico. Inoltre, il software può manipolare una grande quantità di finestre indipendenti, luci, inclusi spot, direzionali e posizionali, con varie visibilità, referenziali, finestre o proiezioni, oltre a caratteri di testo 3D che possono essere accarezzati o estrusi.

L'applicazione GAMGI può essere utilizzata anche nelle scuole e nelle università per insegnare la struttura atomica della materia. È lo strumento perfetto per gli scienziati che lavorano nella modellistica atomistica, così come per coloro che hanno bisogno di un'applicazione open source per studiare le strutture atomiche e preparare le immagini per le loro presentazioni.

Novità in questa versione:

• Guida aggiornata- & gt; File di configurazione per oggetti Light e Atom.
• Alberi gamgi-g e gamgi-x sincronizzati
• Aggiornato gamgi_expat_import_object: l'importazione dei dati dell'oggetto Cell in file XML con le nuove regole di configurazione dovrebbe funzionare correttamente.
• Aggiornato gamgi_expat_export_object: l'esportazione dei dati dell'oggetto cella in file XML con le nuove regole di configurazione ora funziona correttamente.
• Nei vettori Cell- & gt; Crea e Cell- & gt; Modifica, i vettori di origine e gli assi vengono ora aggiornati automaticamente per le opzioni predefinite (convenzionali o primitive) quando si modificano i modelli.
• Sostituito cella- & gt; borders = FALSE per cella- & gt; borders = GAMGI_PHYS_NONE, nel codice motore, gtk, expat e mesa.
• Aggiornato gamgi_expat_export_config: l'esportazione dei dati di configurazione della cella in file XML ora funziona bene
• Aggiornato gamgi_expat_import_config: l'importazione dei dati di configurazione delle celle da file XML ora funziona bene
• Migliorata la finestra di dialogo Cella e gt; Config, per gestire anche i valori predefiniti per Modello, Bordi, Facce e Nodi.
• Finestra di dialogo Ridisegnato Object- & gt; Config: i dati di configurazione sono ora separati in dati predefiniti (nelle pagine con gli stessi nomi delle finestre di dialogo Object- & gt; Create) e globali (applicabili a tutti gli oggetti, vecchi e nuovo), nella pagina del taccuino (ultimo) globale. Dialoghi interessati: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Implementato la finestra di dialogo Config- e Configura e infrastruttura. Le dimensioni delle linee del bordo della cella, dei punti del nodo e degli assi vettoriali possono ora essere impostate globalmente per tutte le celle in GAMGI, una funzionalità assolutamente necessaria. Sono stati impostati anche i valori di default per il colore delle celle e l'uso degli assi.
• Risolto un problema in gamgi_gtk_bond_create: il set di colori in static_init ignora i precedenti dati di configurazione.
• Risolto problema in gamgi_mesa_draw_pick e gamgi_mesa_draw_grab: la larghezza del punto di rendering della cella era impostata su larghezza della linea invece che su larghezza del punto.

Novità della versione nella versione:

• Risolto un bug appena introdotto: non è possibile rimuovere la visuale GDK dopo aver rimosso un contesto GL. Ho appena rimosso questo codice. Apparentemente GTK lo fa quando il widget viene distrutto.
• Migliorato gamgi_gtk_area.c, utilizzato nella versione X di GAMGI, che sostituisce la libreria GTKGLExt con il nostro codice basato su GLX. Javier Cabezas ha portato questo codice a GTK 3 e sta funzionando bene! Le modifiche retro-porting quindi le differenze tra il codice per GTK 2 e GTK 3 sono assolutamente minime.
• Non possiamo usare i colori r, g, b a causa degli assi di cella, b, c.
• Layout degli assi migliorato in Orbital- & gt; Crea e orbitale- & gt; modifica le finestre di dialogo.
• Modificato il modello dell'etichetta in Scope in Orbital- & gt; Crea e Orbital- & gt; Modifica e modifica l'interfaccia della Guida di conseguenza.
• Controllate tutte le pagine della documentazione Formati della Guida.
• Documentazione della Guida aggiornata per i formati del cluster.
• cluster- & gt; gli array di colori non sono più terminati da zero.
• Gamgi sincronizzati e rami gamgi_exp.
• Nei file XML, negli elementi di gruppo, è stato sostituito il tipo di attributo per riferimento.
• Documentazione aggiornata della guida per i formati di piano e direzione.
• Documentazione aggiornata della guida per interfacce e formati di gruppo.
• Rinnovato il marchio UE GAMGI fino al 2024.
• Aggiornato il codice sorgente e la licenza di documentazione per GPL v3.
• Iniziato usando sha256sum per il checksum di tutti i file di distribuzione.
• Rinnovata la registrazione del nome di dominio gamgi.org fino al 2020.

Novità della versione nella versione 0.17:

• Corretto un bug makefile (introdotto in gamgi0.15.6) nel ramo GAMGI che non richiede la libreria GtkGlExt: i file make_rules contenevano dipendenze gtkglext che non dovrebbero essere lì.
• Aerei, le indicazioni stradali possono ora essere selezionate dalla rete di proiezione: Wulff o Schmidt.
• Codice sincronizzato, documentazione e file di dati tra gamgi e alberi di distribuzione gamgi_exp.
• Dati XML dat / orbital controllati per aggiornare gli attributi degli assi orbitali.
• Controllato tutti i file dat / XML per sostituire il tipo di attributo per etichetta, negli elementi atom.
• Controllato tutti i file dat / XML per sostituire il tipo di attributo per modello, in piano, direzione, elementi di cella.
• Per motivi di coerenza, sostituisce globalmente la proiezione del nome con la rete in direzione e codice piano ed elementi XML.
• Per motivi di coerenza, sostituisce globalmente il nome tipo per modello in cella, piano, codice di direzione ed elementi XML.
• Etichetta modificata Tipo in modello in Cell- & gt; Crea e cella- & gt; Modifica.
• Metodo etichetta modificato per digitare in Bond- & gt; Crea.
• Aiuto aggiornato- & gt; Documentazione dei formati per oggetti di piano e direzione XML.
• Guida aggiornata alla documentazione di interfacce per tipo e proiezione in Plane- & gt; Crea, Plane- & gt; Modifica, Direzione- & gt; Crea, Direzione- & gt; Modifica.
• La temperatura atomica di Debye-Waller ora può assumere valori solo tra 0.0 (blu) e 100.0 (rosso) come al solito in questa analisi.
• Documentazione aggiornata di interfacce e formati per gli oggetti Bond.
• Corretta la temperatura atomica predefinita di Debye-Waller: il nuovo valore è 0.0, corrispondente ad un atomo con una posizione ben nota.
• Documentazione dei formati aggiornata per gli oggetti Atom e Cell.
• Help- & gt; Current e Help- & gt; Topic può ora leggere la documentazione di Orbital- & gt; Modify.
• Ha scritto la documentazione per Orbital- & gt; Modifica.
• Documentazione aggiornata per Orbital- & gt; Crea.
• Gli assi orbitali vengono ora gestiti in un modo molto più semplice, in Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modifica e file nativi XML.
• Orbital- & gt; Select ora funziona bene per tutte le opzioni, incluse le molte proprietà che possono essere utilizzate per selezionare gli orbitali.
• Semplificate leggermente le funzioni gamgi_gtk_select _ *. c.
• Corretti due bug nel codice orbitali H, introdotto in GAMGI 0.16.6: 1) i termini rho ** L (dai polinomi di Laguerre) e 1 / r ** L (dalle funzioni di Legendre) si cancellano a vicenda , a parte una costante che mancava. 2) il calcolo del raggio predefinito mancava il termine rho ** L.
• Gli elenchi di piani ora possono essere selezionati per modello: poligono, polo, traccia, vettore.
• Le liste di direzioni possono ora essere selezionate per modello: Linea, Polo, Traccia.

Novità nella versione 0.16.8:

• Nelle Proiezioni stereografiche, ha sollevato leggermente l'altezza z in bitmap del palo (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), quindi queste appaiono sempre sopra le tracce. Questo risolve un problema visivo, ma rende anche molto più semplice la selezione di pali con tracce in giro, poiché i colori sono ora chiaramente separati.
• Gamgi code e gamgi_exp code sincronizzati
• Aggiornato static_press in Plane- & gt; Modify and Direcyion- & gt; Modify, quindi il nome dell'oggetto non viene sovrascritto dall'impostazione automatica del nome.
• Cambio automatico del nome in Plane- & gt; Modifica e direzione- & gt; Modifica ora funziona bene, per piani cristallografici, diretcions.
• Trovato e rimosso un bug in Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: in alcuni casi, il nome dell'oggetto indicato dall'utente è stato ignorato.
• Trovato e rimosso un bug grave in Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: dopo aver creato piani / direzioni utilizzando gli elenchi creati in precedenza con la finestra di dialogo di secondo livello Elenco, questi non sono stati reimpostati correttamente. In alcune circostanze questo potrebbe causare il crash di GAMGI.
• Trovato e rimosso un bug in Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: Pole and Trace non sono stati creati simultaneosuly, quando richiesto, solo uno ogni volta.
• Orbital- & gt; Select ora funziona. Gli elenchi degli Orbitali possono essere copiati, collegati, selezionati, modificati, rimossi, come per gli altri oggetti.
• Gamgi code e gamgi_exp code sincronizzati
• Fixed Cell- & gt; Link: sta funzionando (di nuovo) bene per gli elenchi di celle, in modalità Oggetto (sopra e sotto), Crystal e Casuale.
• Trovato e rimosso un bug semplice ma serio: quando erano aperte più finestre e un elenco di oggetti era attivo e selezionato come oggetto corrente, Reset (ma non Exit) causava il crash di Gamgi.
• Cell- & gt; Link Random (RCP) non funzionava: sostituito da codice precedente. Cell- & gt; Link ha bisogno di più lavoro.
• Compilare nuovamente con il flag -O3.
• Risolto un problema grave in tutte le finestre di dialogo Object- & gt; Select, nel metodo Region: quando il rettangolo di campionamento non era completamente all'interno dell'area grafica, alcuni dei colori campionati sarebbero indefiniti e GAMGI andrebbe in crash premendo Ok. I crash sono stati rilevati molto tempo fa, ma fino ad ora la causa non era chiara.

Novità nella versione 0.16.7:

• Alberi di dati gamgi / dat e gamgi_exp / dat sincronizzati
• Alberi di documentazione gamgi / doc e gamgi_exp / doc sincronizzati
• Alberi di codice gamgi / src e gamgi_exp / src sincronizzati
• Risolti ulteriori problemi con la GUI in Orbital- & gt; Modifica.
• Correzione di orbitale- & gt; Modifica degli arresti anomali: i punti orbitali e gt; devono essere ripristinati a 0.
• www.gamgi.org e ftp.gamgi.org ora sono serviti da una VM ospitata presso il centro IT dell'Università di Lisbona. Speriamo che questo significhi connessioni più affidabili e meno tempo.
• Modifica automatica del nome in Orbital- & gt; La modifica funziona correttamente ora
• Il cambio automatico del nome in Atom- & gt; La modifica sta funzionando bene ora
• Implementato il cambio automatico dei nomi in Atom- & gt; Modifica.
• Implementato il cambio automatico dei nomi in Orbital- & gt; Modifica.
• Orbital- & gt; Modify ora sta lavorando per singoli orbitali. Gli elenchi degli orbitali dovrebbero funzionare nella prossima versione.
• La traduzione, rotazione, ora sta funzionando bene per Orbital- & gt; Modifica.
• static_apply per Orbital- & gt; La modifica viene eseguita principalmente.
• Completato static_grab per Orbital- & gt; Modifica.
• Aggiunto static_ok_global e static_ok_local per Orbital- & gt; Modifica.
• Completato static_press per Orbital- & gt; Modifica.
• Il comportamento della GUI per Orbital- & gt; La modifica è quasi completata.
• Iniziato a lavorare su Orbital- & gt; Modifica e Orbitale- & gt; Seleziona.
• Aggiornato gamgi_mesa_pick.c e gamgi_mesa_grab.c per prendere in considerazione le rappresentazioni solide degli orbitali.
• Risolto un piccolo bug negli assi orbitali del codice di disegno mesa.
• I polinomi di Laguerre hanno un fattore r ** L (L = numero quantico angolare) che annulla esattamente con il fattore 1 / r ** L delle funzioni di Legendre, quindi le descrizioni matematiche degli orbitali H diventano molto più semplici! Grazie a Jose Luis Martins per avermi segnalato questo! Per densità di probabilità così basse (1E-6), i problemi numerici sono così sensibili che le rappresentazioni visive orbitali sono leggermente diverse, anche per L = 1, dopo questa semplificazione.

Novità nella versione 0.16.6:

• Alberi gamgi / dat e gamgi_exp / dat source code sincronizzati
• Alberi gamgi / src e gamgi_exp / src del codice sorgente sincronizzati
• Aggiunti screenshot che mostrano le nuove rappresentazioni per gli orbitali.
• Precisione leggermente aumentata di theta, phi durante la determinazione del raggio di campionamento predefinito dell'orbita: testata contro (6,5, -5) orbitale (6hy5).
• Codice debug per eseguire l'interpolazione del segnale in solidi orbitali. Funziona bene ora! Questo è stato davvero l'ultimo ostacolo per avere una rappresentazione orbitale di livello mondiale in GAMGI! Tempo per gli screenshot! Cercheremo di ridurre il numero di vertici, normali e triangoli e potremmo implementare l'ombreggiatura di Gorauld, ma nulla cambierà le capacità scientifiche e visive del nostro modello attuale. Un bicchiere di Porto per festeggiare!
• Implementato un metodo per eseguire l'interpolazione del segnale in solidi orbitali, per risolvere il problema di innoduralità del cambiamento di segnale rilevato in precedenza.
• Codice pulito in gamgi_chem_orbital.c e gamgi_chem_orbital.h.
• Risolto un bug: la densità di probabilità orbitale non veniva esportata correttamente nei file XML.
• Gli assi orbitali sono ora più semplici da usare e hanno più opzioni.
• Il codice del segnale sta funzionando ora: gli orbitali in 3D sembrano davvero fantastici, ma il codice del segnale deve essere raffinato, poiché la mancanza di interpolazione causa troppi disturbi visivi quando il segnale cambia.
• Corretto il codice per scambiare triangoli positivi e negativi.
• Corretto il codice di interpolazione del segnale in static_edge.
• Risolto un problema di interpolazione relativo all'effetto cipolla isosurface orbitale: frazione di forza all'intervallo [0,1].
• Orientamento del bordo del codice solido orbitale fisso: necessario per l'interpolazione esatta.
• Risolte imprecisioni numeriche: solo un bug che divide i cubi (come in una scacchiera 3D). Sta benissimo ora!
• È stato eseguito il debug del solido codice 3D orbitale, a quanto pare funziona bene, pur con alcune imprecisioni numeriche in superficie.

Novità nella versione 0.16.5:

• Ora gli oggetti orbitali possono essere esportati, importati in GAMGI file XML nativi. Sostituita la routine ricorsiva static_outside con una versione loop e stack, rimuovendo così un collo di bottiglia critico nel codice orbitale solido. Risolti problemi relativi alle perdite di mem nel codice GTK, ai bug di sintassi nella selezione degli oggetti per colore, agli avvisi dovuti a variabili non utilizzate, ecc.

Novità nella versione 0.16.4:

• Sorgenti gamgi sorgente gamgi_exp e sincronizzati
• Aggiornato make_local, per includere i percorsi: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, usato da Ubuntu.
• Corretto un bug nel nuovo codice orbitale solido: il test della lunghezza r ha senso nella rappresentazione cablata ma non nel solido!
• Il nuovo codice ricorsivo funziona per bit array grandi come 160x160x160, nel peggiore dei casi.
• Il codice ricorsivo per trovare le superfici esterne si blocca per i bit array maggiori di 50x50x50. Cerchi un'alternativa per il ciclo.
• Codice orbitale: l'interpolazione della funzione d'onda per produrre la rappresentazione basata su triangoli funziona molto bene.
• Il rendering solido 2D basato su triangoli di superfici planari in orbitali basati su H è ora ben testato e funziona perfettamente! Questo è fondamentale per costruire una rappresentazione basata su ottanti di questi orbitali, in cui gli utenti possono scegliere quali ottanti mostrare.
• Aggiunti nuovi mirror, http://atom.ist.utl.pt e ftp://atom.ist.utl.pt, per ospitare in modo futuristico gamgi.org.
• Aggiunti file di struttura e informazioni piacevoli per il beta-quarzo ad alta temperatura, la beta-cristobalite e la beta-tridimite.
• Implementato un nuovo mirror: http://gamgi.ist.utl.pt/ o http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Semplificato il modo in cui gli ottanti H-Orbital sono selezionati in modalità Wired.
• Per ogni ottavo orbitale H, ha scritto il codice topologico per costruire tutti i triangoli necessari per descrivere l'isosuperficie 3D esterna (algoritmo tetra-cubi), oltre ai confini ottanti 2D interni.
• Per ciascun otturatore orbitale H, ha scritto e testato il codice bit array necessario per eliminare le isofurfaciglie interne e mostrare solo quello esterno.
• Semplificato il codice binario ottantesco in gamgi_chem_orbital.c.

Novità nella versione 0.16.3:

• Migliore leggibilità in tutte le finestre di dialogo Object & gt; Copia.
• Aggiunta documentazione per Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Copy, Orbital- & gt; Link and Orbital- & gt; Remove.
• Aiuto aggiornato & gt; Corrente e Aiuto- & gt; Argomento da assegnare a Orbital- & gt; Crea, Orbitale- & gt; Copia, Orbitale- & gt; Link, Orbitale- & gt; Rimuovi.
• Alberi gamgi e gamgi_exp sincronizzati
• Orbital- & gt; Link funziona ora correttamente (elenchi di orbitali non ancora implementati).
• Corretto un problema tecnico in tutti i file link_object.html, che generava un messaggio di errore GAMGI quando il sottosistema della Guida tentava di aprire uno di questi file.
• Orbital- & gt; Copy ora funziona correttamente (elenchi di orbitali non ancora implementati).
• Orbital- & gt; Remove ora funziona correttamente (elenchi di orbitali non ancora implementati).
• Iniziato a costruire le finestre di dialogo Orbital- & gt; Copia, Orbitale- & gt; Collegamento e Orbitale- & gt; Rimuovi.
• Il layout Octants, nella finestra di dialogo Orbital- & gt; Create, ora è molto più intuitivo.

Novità nella versione 0.16.2:

• Gamgi sincronizzati / (con GtkGLExt) e gamgi_exp / (con GLX).
• Gli ottanti del volume di filtraggio ora funzionano bene per gli orbitali H.
• Ricerca completata per i migliori valori predefiniti per gli orbitali basati su H. La densità predefinita è 1E-6, che è necessaria per mostrare tutte le regioni negli orbitali 6s. I punti sono 50000 x n, che è un ragionevole compromesso. Il raggio di default viene calcolato dall'ultimo massimo della densità radiale f2r2, più una lunghezza minima di 2,0, fino a quando la densità massima (ricerca su theta, phi) diventa inferiore alla densità predefinita.
• Migliorato, ridisegnato il dialogo Orbitale- & gt; Crea.
• Gli orbitali H ora funzionano bene in Gamgi. Cerchi ora i migliori valori predefiniti.
• Aggiunto tutto il codice necessario per costruire e rendere H orbitali.
• Codice orbitale H ottimizzato per la velocità.
• Per tutti gli orbitali a base di idrogeno da n = 1 a 6, calcolate le distanze per i polimi- mia radiali massimi.
• Per tutti gli orbitali a base di idrogeno da n = 1 a 6, calcolate le distanze per gli zeri polinomiali radiali.
• Ora gli oggetti orbitali possono essere creati, ridimensionati (attorno al centro corrente), spostati, ruotati, come qualsiasi altro oggetto Gamgi.
• Completato il dialogo Orbital- & gt; Crea per costruire orbitali basati su idrogeno
• Ha scritto il codice del motore grafico per rendere gli orbitali basati sull'idrogeno in modalità punteggiata.
• Aggiunti e testati gli orbitali s, p, d, f, g, h basati sull'idrogeno per n = 6, in coordinate cartesiane x, y, z.

Requisiti :

• GTK +