BioJava

Si fornisce le routine di analisi e statistiche, parser per i formati di file comuni e consente la manipolazione di sequenze e strutture 3D.

BioJava è uno strumento per esplorare le possibilità di Java nel mondo bioinformatica

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• la registrazione degli errori coerente. SLF4J viene utilizzato per la registrazione e fornisce gli adattatori per tutte le principali implementazioni di registrazione.
• Migliorata la gestione delle eccezioni.
• metodi deprecati rimossi.
• Expanded il tutorial BioJava.
• dipendenze Aggiornato ove applicabile.
• Disponibile su Maven centrale.

Cosa c'è di nuovo nella versione 4.0.0:

• la registrazione degli errori coerente. SLF4J viene utilizzato per la registrazione e fornisce gli adattatori per tutte le principali implementazioni di registrazione.
• Migliorata la gestione delle eccezioni.
• metodi deprecati rimossi.
• Expanded il tutorial BioJava.
• dipendenze Aggiornato ove applicabile.
• Disponibile su Maven centrale.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.1.0:

• Nuove funzionalità:
• versione 1.4 CE-CP, con parametri aggiuntivi
• Aggiorna per ambito di applicazione 2.04
• I miglioramenti nella FASTQ parsing
• bug fix in PDB parsing
• Correzioni minori in allineamenti struttura

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.8:

• Nuovo:
• Genbank scrittore
• Parser per il file Cariotipo da UCSC
• Parser per le posizioni da Gene UCSC
• Parser per i nomi di file da Gene genenames.org
• Modulo per il codice di regressione di Cox per analisi di sopravvivenza
• Calcolo della superficie accessibile (ASA)
• Modulo per analizzare file .OBO (ontologie)
• Improved:
• Rappresentanza di SCOP e Berkeley-SCOP classificazioni

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.7:

• Aggiunto un parser GenBank di base
.
• Risolto un problema quando si traduce codoni con N.
• Ora può dedurre obbligazioni in strutture proteiche.
• Aggiunto il supporto per analizzare i record mmCIF per l'organismo e sistema di espressione.
• Molte piccole correzioni di bug e miglioramenti.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.6:

• Sviluppo trasferisce a GitHub all'indirizzo: https: // github.com/biojava/biojava

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.5:.

• Nuovo parser per la classificazione CATH
• Nuovo parser per formato di file di Stoccolma.
• Significativamente migliore rappresentazione di assemblee biologiche di strutture proteiche. Ora può ri-creare assemblaggio biologico dall'unità asimmetrica.
• corregge diversi bug.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.4:

• Questo è principalmente un bug fix rilascio affrontare le questioni in la struttura e disordine moduli proteici.
• Una nuova caratteristica:. dati SCOP possono essere sia accessibili dal sito originale SCOP nel Regno Unito o la versione Berkeley

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.3:

• Significativi miglioramenti per il modulo di servizio web (NCBI esplosione e servizi HMMER web).
• & quot; Nuovo & quot; parser FASTQ (portato dalla serie BioJava 1 alla versione 3).
• Supporto per setaccia-PDB alla mappatura UniProt.
• modulo Protmod rinominato modfinder.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.2:

• proteina-struttura: Migliorata la gestione dei domini proteici: Ora supporta SCOP. Nuove funzionalità per la previsione automatica dei domini proteici, sulla base di proteine ​​di dominio Parser.
• Piccoli miglioramenti e correzioni di bug in diversi altri moduli.
• biojava3-aa-prop: questo nuovo modulo permette il calcolo di analisi fisico altre proprietà di sequenze proteiche chimica e
.
• biojava3-proteina-disturbo: un nuovo modulo per la predizione di regioni disordinate in proteine. E sulla base di un'implementazione Java del predittore RONN.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.0.1:

• Il rilascio 3.0.1 è principalmente un bug fix rilasciare per il recente 3.0 rilasciato che ha fornito un importante riscrittura del codice di base BioJava.

Requisiti :

• Java 1.6 o superiore