Biopython

Sviluppato un team internazionale di sviluppatori si tratta di un sforzo di collaborazione distribuita per sviluppare librerie e le applicazioni che soddisfano le esigenze di opere attuali e future in bioinformatica Python.

Cosa c'è di nuovo in questo rilascio:.

• Bio.Phylo ha ora moduli costruttivi albero e consenso, dal sull'opera GSoC da Yanbo Ye
• Bio.Entrez ora scaricare e memorizzare nella cache i nuovi file NCBI DTD per analisi XML nella directory home dell'utente automaticamente (utilizzando ~ / .biopython su sistemi Unix-like, e $ APPDATA / Biopython su Windows).
• Bio.Sequencing.Applications include ora un wrapper per lo strumento samtools riga di comando.
• Bio.PopGen.SimCoal ora supporta anche fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-text, hmmer3-tab, e hmmer3-domtab ora supporta l'uscita dal hmmer3.1b1.
• BioSQL ora possibile utilizzare il pacchetto mysql-connector (disponibile per Python 2, 3 e PyPy) in alternativa a MySQLdb (Python 2 solo) per connettersi a un database MySQL.

Cosa c'è di nuovo in versione 1.63:

• Ora usa lo stile Python 3 funzione built-in successivo Metodo luogo di .next i Python 2 iteratori stile '().
• La versione corrente rimosso il requisito della biblioteca 2to3.

Cosa c'è di nuovo in versione 1.62:.

• Prima versione di Biopython che supporta ufficialmente Python 3

Cosa c'è di nuovo in versione 1.60:

• Nuovo modulo Bio.bgzf supporta la scrittura di file BGZF lettura e ( Bloccato GNU Zip Format), una variante di GZIP con accesso casuale efficiente, più comunemente usato come parte del formato di file BAM e in Tabix.
• Il parser GenBank / EMBL ora darà un avvertimento su posizioni della caratteristica non riconosciuti e continuare l'analisi (lasciando posizione della caratteristica come nessuno).
• Il Bio.PDB.MMCIFParser è ora compilato di default (ma non è ancora disponibile in Jython, PyPy o Python 3).

Cosa c'è di nuovo in versione 1.59:

• Nuove Bio.TogoWS modulo offre un wrapper per la TogoWS REST API.
• Il NCBI Entrez Fetch funzione Bio.Entrez.efetch è stato aggiornato per gestire più rigorosa gestione del NCBI di molteplici argomenti ID in EFetch 2.0.

Cosa c'è di nuovo in versione 1.58:

• Una nuova interfaccia e parser per la PAML (filogenetica Analisi per massima verosimiglianza) pacchetto di programmi, codeml sostegno, baseml e yn00 nonché Python reimplementazione del chi2 è stato aggiunto il modulo Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO include ora il supporto per i file leggere ABI (& quot; Sanger & quot; capillari file di traccia di sequenziamento, contenente chiamato sequenza con qualità Phred)
.
• Il Bio.AlignIO & quot; FASTA-m10 & quot; parser è stato aggiornato per far fronte con le linee marcatore usati in di Bill Pearson FASTA versione 3.36.

Cosa c'è di nuovo in versione 1.57:.

• Biopython ora può essere installato con pip

Cosa c'è di nuovo in versione 1.56:

• Il modulo Bio.SeqIO è stato aggiornato per supportare la proteina EMBL file (utilizzati per il database dei brevetti), i file IMGT (una variante del formato di file EMBL, con l'aiuto di Uri Laserson), e file XML UniProt.

Cosa c'è di nuovo in versione 1.55:

• Un sacco di lavoro è stato verso Python 3 di sostegno (via lo script 2to3), ma se non ci si è rotto qualcosa che non dovrebbe notare eventuali modifiche.
• In termini di nuove funzionalità, il momento clou più evidente è che le classi wrapper di applicazione strumento da riga di comando sono ora eseguibili, che dovrebbe rendere molto più facile chiamare strumenti esterni.

Requisiti :

• Python 2.6 o superiore