BioRuby

BioRuby offre un ambiente integrato per la Bioinformatica (biologia Informatica).
Oggetto linguaggio di scripting orientato Ruby ha molte caratteristiche adatte per la ricerca bioinformatica, per esempio, la sintassi chiaro per esprimere oggetti complessi, espressioni regolari per la manipolazione del testo come potenti come Perl e rsquo; s, una vasta gamma di librerie, compreso il servizio web, ecc
Come la sintassi di Ruby è semplice e molto pulito, noi crediamo che sia facile da imparare per i principianti, facile da usare per i biologi, e anche abbastanza potente per gli sviluppatori di software.
Nel BioRuby, lo sviluppatore può recuperare voci di database biologici provenienti da file flat, server web Internet e database relazionali locali.
Queste voci di database possono essere analizzati per estrarre informazioni di cui avete bisogno. Sequenze biologiche possono essere trattate con i metodi appaganti del Ruby & rsquo; s classe String e con le espressioni regolari.
La libreria può essere integrato con strumenti come Blast, Fasta, HMMER e molti altri pacchetti software per l'analisi biologica.
 BioRuby supporta i principali formati di database biologici e offre molti modi per loro l'accesso attraverso flatfile indicizzazione, SQL, servizi web ecc vari servizi web tra cui KEGG API possono essere facilmente utilizzati da BioRuby.

Caratteristiche :

• BioRuby shell
• API
• Documentazione

Requisiti :

• Rubino 1.8.7 o superiore