Cell Elettrofisiologia Simulation Environment (CESE) è un framework completo specificamente progettato per effettuare simulazioni computazionali elettrofisiologiche, ad esempio, simulazioni di miociti cardiaci attività elettrica.
Cellulare Elettrofisiologia Simulation Environment è utile per le simulazioni di potenziali d'azione, singole correnti ioniche, e le variazioni delle concentrazioni ioniche.
CESE è un programma multipiattaforma, funziona su qualsiasi sistema che abbia Java runtime environment (JRE) versione 1.4 o superiore. E 'stato testato su Windows, Linux, Solaris, MacOS X e AIX.
Utenti CESE
CESE è un ambiente integrato per eseguire simulazioni computazionali utilizzando una varietà di modelli elettrofisiologici.
In questa fase CESE permette la creazione e l'esecuzione dei modelli unicellulari (contenenti sia Hodgkin-Huxley (HH) e attuali formulazioni Markoviani). Modelli di attività elettrica dei miociti cardiaci con codice sorgente sono inclusi nella distribuzione CESE. Ci auguriamo di poter estendere il numero di modelli disponibili, e aggiungere alcuni modelli neuronali in futuro.
Il punto di forza principale del CESE è nella sua uniformità & # 65533; un'interfaccia di programma rimane lo stesso per i diversi tipi di modelli. Si può passare facilmente tra modelli e confrontare le uscite di simulazione. I parametri del modello possono essere modificati, selezionato per l'uscita e / o bloccato nello stesso modo standard.
CESE estende il significato elettrofisiologico convenzionale del "voltage clamp". È possibile bloccarlo su praticamente qualsiasi variabile del modello, tra cui la tensione (potenziale di membrana), correnti ioniche totali o individuali, le concentrazioni ioniche, la temperatura, le variabili gating, ecc I comandi di fissaggio possono essere funzioni a tratti complessi, impostare individualmente per la variabile del modello di interesse . Questo apre infinite possibilità per l'esplorazione del comportamento del modello complesso.
CESE offre visualizzazioni di dati semplici, ma efficaci. I risultati della simulazione possono essere presentati nelle forme grafiche e tabulati. Parcelle possono essere personalizzati, e regioni di interesse ingrandite.
Anche se CESE non è stato progettato per essere uno strumento di analisi dei dati, è possibile generare rapporti corrente-tensione (I-Vs) e calcolare i parametri statistici per un dato segnale all'interno del programma. È possibile esportare i dati in formato ASCII, file di testo Axon (ATF), ei formati NetCDF di continuare l'analisi nel pacchetto preferito.
Sviluppatori CESE
CESE è stato creato da zero per integrare le migliori pratiche di programmazione disponibili per gli sviluppatori Java, sia in termini di coerenza dell'interfaccia utente e il codice di chiarezza e il riutilizzo. Ove possibile, CESE si affidano a disposizione le API Java (per esempio Java2D, JavaBeans, JAXP) per semplificare il codice.
Creazione del modello richiede una serie di funzioni di mantenimento della casa deve essere codificata & # 65533; questi includono integratori ODE, routine per la gestione dei parametri del modello, il salvataggio / ripristino dello stato di modello, la visualizzazione dei risultati della simulazione, ecc CESE vi offre implementazione per queste routine, quindi, ci si può concentrare sulla scrittura del codice per la corrente ionica calcestruzzo (s), e CESE si occuperà del resto.
CESE non sta cercando di creare quadri di programmazione complessi sul proprio & # 65533; piuttosto, utilizza centrali API Java. Ad esempio, i modelli sono componenti Java conformi alle specifiche JavaBeans. Usiamo XML per specificare i comandi di bloccaggio, e Java serializzazione degli oggetti di salvataggio / ripristino parametri del modello.
Cosa c'è di nuovo in questo rilascio:
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