RAPTOR

RAPTOR è un software innovativo progettato per la previsione accurata struttura delle proteine. Esso combina strumenti di analisi avanzati in un'unica soluzione software integrata e offre tre diversi metodi di threading. Approccio di ottimizzazione programmazione intero univoco di RAPTOR è più efficace per la ricerca di modelli di struttura di obiettivi a bassa omologia di sequenza ed è in grado di generare modelli di alta qualità. L'interfaccia facile da usare e facile da capire i valori E sono l'ideale per principianti ed esperti. Soprattutto, il display intuitivo dell'uscita consente agli utenti di comprendere i risultati semplicemente a colpo d'occhio. Data una sequenza di proteina bersaglio, se vi è una proteina omologa con nota struttura 3D, può essere determinato usando strumenti di ricerca sequenza come PSI-BLAST, fornito anche in RAPTOR. La struttura del bersaglio viene quindi costruito dalla struttura nota; tuttavia, quando l'omologia sequenza non è significativo, vale a dire meno del 25%, PSI-BLAST non può venire su con un colpo sicuro. A differenza PSI-BLAST, che fa semplicemente una ricerca sequenza proteica filettatura, piegare il riconoscimento, si avvale di informazioni sia omologia e struttura. Si analizza la sequenza della proteina con una struttura sconosciuta con un database di strutture note. Utilizzando una funzione di scoring e condurre analisi compatibilità tra strutture tridimensionali e sequenze proteiche lineari, il miglior modello strutturale sarà identificato da cui costruire la struttura della sequenza. Di conseguenza, la proteina filettatura dà una previsione superiore rispetto modellazione omologia quando vi è marginale omologia di sequenza

Limitazioni .

Funzionalità limitata