ImageSurfer è un programma di imaging 3D gratuito per microcopy. Esso consente agli investigatori di visualizzare e analizzare multicanale volumi 3D e 4D (time-lapse). ImageSurfer offre diversi strumenti di restauro di immagini tra cui algoritmi di deconvoluzione (filtro di Wiener, costretto verosimiglianza iterativo e massimo) per rimuovere l'effetto mosso introdotto dal sistema di imaging. Per la visualizzazione, ImageSurfer offre diverse tecniche di volume e di superficie di rendering. Il software ha anche una innovativa modalità isosurface colorata che fornisce una visualizzazione qualitativa della corrispondenza tra i due canali.
A "slice estrattore" consente all'utente di esaminare una sezione trasversale del volume occupato in qualsiasi orientamento. La fetta catturata può essere visualizzata come immagine 2D tradizionale o come rappresentazione 3D rilievo in cui la densità dell'immagine viene codificata come altezza. Per sondare ulteriormente sovrapposizione spaziale tra le strutture, il ricercatore può utilizzare i dati da un altro canale per colorare la rappresentazione rilievo 3D. Per la quantificazione, segnalano valori di intensità possono essere campionati entro fette catturate lungo una spline definita dall'utente. Oltre a prendere istantanee di rappresentazioni 3D e la generazione di film, i modelli 3D possono anche essere esportati come file OBJ o VRML (Virtual linguaggio di modellazione realtà); File VRML possono essere visualizzati nei browser Web con un plug-in gratuito. Entrambi i tipi di file possono essere importati in popolari programmi di rendering 3D per l'ulteriore elaborazione, e in Acrobat 3D per la produzione di documenti che possono essere visualizzati in modo interattivo con Adobe Reader 8.
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