relax

rilassarsi è un open source e progetto di software distribuito gratuitamente che è stato progettato per studiare la dinamica molecolare, analizzando i dati NMR sperimentali, sostenendo molecole organiche, RNA, proteine, zuccheri, DNA, e molte altre biomolecole.

rilassarsi supporta diverse teorie NMR, implementa i vari strumenti di analisi dei dati come componenti modulari, e può interfacciarsi con altri programmi, come Dasha e modelFree. Inoltre, supporta una vasta gamma di teorie NMR, incorpora diversi strumenti di analisi dei dati, consente agli utenti di visualizzare i dati, nonché di interagire con altri programmi.

Nonostante il fatto che l'applicazione viene fornita sia con una CLI (Command-line Interface) e GUI (Graphical User Interface) di front-end, molti di terze parti interfacce grafiche utente (GUI) esistere per rilassarsi.

Tra i tipi supportati di analisi, relax in grado di gestire la dispersione di rilassamento, le prove di coerenza di campo multiple NMR (Risonanza Magnetica Nucleare) i dati di rilassamento, il modello N-stato e l'ordine struttura, un'analisi gratuita modello, R1 e R2, NOE, RSDM (ridotto Mapping densità spettrale), così come le indagini stereochimica.

Per automatizzare il processo di analisi dei dati, è possibile creare script molto complessi utilizzando blocchi. Per questo, gli sviluppatori forniscono vari script di esempio che vi aiuteranno a comprendere la costruzione di script e per creare più facilmente il proprio.

Guardando sotto il cofano, possiamo notare che il programma è scritto interamente nel linguaggio di programmazione Python e usa il cross-platform Qt GUI toolkit per la sua interfaccia grafica utente, il che significa che funziona su Linux, Microsoft Windows e Mac OS X sistemi operativi.

L'applicazione è disponibile per il download come gli archivi binari per molti sistemi operativi GNU / Linux, che supporta sia a 32-bit (x86) e 64 bit (x86_64) set di istruzioni architetture, così come un archivio dei sorgenti.

Cosa c'è di nuovo in questa versione:

• Caratteristiche:
• Molti miglioramenti per la compilazione della versione HTML del manuale relax.
• Aggiornamento rilassarsi per eliminare tutti i FutureWarnings da NumPy & ge; 1.9, a prova di futuro rilassarsi contro imminenti cambiamenti di comportamento NumPy.
• Capacità di gestire replicato R2, i punti dati FEP dalla funzione utente relax_disp.r2eff_read, ma l'aggiunta di 0.001 al valore di frequenza per il punto replicato.
• Un nuovo script di esempio per il caricamento di un file di risultati privi di modello e di back-calcolo dei dati di rilassamento.
• I miglioramenti per la gestione dei dati strutturali PDB.
• L'attuazione della funzione utente structure.pca per l'esecuzione di analisi dei componenti principali (PCA) di un insieme di strutture.
• L'aggiunta di uno script per una rapida implementazione sull'infrastruttura di Google Cloud Computing.
• Modifiche:
• Fix per il telaio rigido modello di ordine 2 ° grado matrice ordine cornice nel manuale. Il simbolo di sbagliato è stato utilizzato.
• Rimosso le definizioni newparagraph e newsubparagraph dal manuale di LaTeX. Questi sono stati la causa di conflitti con latex2html, impedendo la versione HTML del manuale di essere compilato. Queste definizioni non sono necessarie per il set corrente di sezionamento nel manuale.
• modificato le brevi didascalie nel nuovo modelli a telaio capitolo del manuale. Il runico a> carattere Ž è stata sostituita semplicemente da 'Daeg'. Ciò è dovuto alla incompatibilità con latex2html che impedisce il manuale HTML di essere compilato.
• La rimozione della definizione di una colonna della tabella a larghezza fissa dal preambolo manuale di LaTeX. Questo è necessario come le pause definizione latex2html compatibilità, causando una corruzione nella numerazione cifra risultante nelle immagini in HTML per essere essenzialmente randomizzati.
• rimozione del pacchetto accenti per consentire il manuale in formato HTML per essere compilato. Il pacchetto accenti LaTeX non è compatibile con latex2html, in modo che la soluzione più semplice è quello di eliminare il pacchetto.
• ruotata manualmente l'elemento di matrice ordine cornice figure EPS manuali, per la compatibilità latex2html. Il comando '90 rotazione 'è stato eliminato e il rettangolo di selezione permutato come b c d - & gt; b c d -a. In questo modo l'argomento angolo nel includegraphics {} comando per essere eliminato, come latex2html non riconosce questo. Permette le cifre siano visibili nella versione HTML del manuale.
• Redesign dell'ordine cornice tabella dei parametri di nidificazione nel manuale per la compatibilità latex2html. La tabella utilizza il pacchetto tikz, che è fatale per latex2html, anche se non utilizzato. Quindi la tabella nella / latex / frame_order di file docs / parameter_nesting.tex è stata trasformata in un documento LaTeX autonomo per creare una versione PostScript ritagliata della tabella tikz formattato. Uno script di compilazione è stato aggiunto pure. Il file .ps * risultante è ora incluso nella sezione di integrazione numerica PCS, invece di questa sezione la creazione della tabella tikz. Tutto il testo tikz preambolo è stato rimosso per consentire latex2html a correre.
• Soluzione per latex2html non essere in grado di gestire il pacchetto allrunes o il carattere associato. Nell'ambiente htmlonly preambolo, i simboli di ordine telaio sono ridefiniti utilizzando il testo 'Daeg' al posto del carattere runico A> Z.
• Correzioni per sub e apice nel manuale. Questo introduce {} intorno tutti i sub e textrm apice {} casi. Questo non è necessaria per la versione PDF del manuale come il problema staffa mancante viene evitato, ma colpisce la versione HTML del manuale redatto da latex2html, che richiede la notazione corretta. Le correzioni sono sia per il nuovo capitolo ordine telaio così come il capitolo di rilassamento dispersione.
• Editing e correzioni per il relax 4.0.0 parte del file cambia.
• aggiornato e migliorato le istruzioni wiki nel documento rilassarsi rilasciare lista di controllo.
• Un altro insegnamento wiki circa il controllo per i collegamenti morti nel documento di rilascio lista di controllo.
• Più lievi modifiche alla sezione 'annuncio' di rilascio del documento lista di controllo.
• Aggiornato lo script di shell per la ricerca di titoli duplicati nei file LaTeX del manuale.
• Tassa di conversione del titolo duplicato trovare script di shell in uno script Python. Lo script Python è molto più avanzato e usa una logica diversa per produrre una tabella di titoli replicati e il loro conteggio. Lo script restituisce anche uno stato di uscita fallito quando esistono repliche.
• Tassa di conversione del titolo replicato trovare script Python di utilizzare una struttura di classe. In questo modo lo script da importare come modulo. La scoperta replicare è stato spostato in un ritrovamento metodo di classe ().
• Rinominato il titolo replicare trovare lo script.
• Rimosso il titolo LaTeX duplicato trovare script di shell. Questo è ora gestito dallo script Python molto più avanzata.
• Il Scons compilazione dei manuali in formato PDF e HTML ora controlla per i titoli replicati. Un nuovo obiettivo replicate_title_check è stato aggiunto agli script scons. Questo chiama il metodo find () dello script ritrovamento titolo replica LaTeX per determinare se i titoli vengono replicati, e in tal caso le scons bersaglio ritorna con un sys.exit (1) chiamata. Questo obiettivo viene impostato all'inizio del target del user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Il risultato è che il manuale non può essere compilato se esistono titoli replicati, costringendo i titoli per essere cambiato. Il risultato sarà che le pagine HTML saranno tutti unico, come titoli risultati replicati in una sola pagina HTML viene creato per tutte le sezioni.
• Eliminazione dei titoli replicati nelle fonti LaTeX che i nuovi capitoli di ordine telaio introdotto.
• La rimozione di un vecchio titolo replicato nelle fonti LaTeX per il manuale. Questo è il titolo 'analisi privo Modello' che viene utilizzato per l'intero capitolo analisi specifica sia per la sezione di analisi privo di modello dei valori, gradienti e Hessians per capitolo ottimizzazione.
• Correzioni e migliorate le stampe per il target replicate_title_check scons.
• Aggiornamento tutti di relax per la protezione contro futuri cambiamenti che si verificano nel pacchetto NumPy Python. Da NumPy versione 1.9, il FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: Confronto a `none` si tradurrà in un confronto oggetto elementwise in futuro. si vede in una grande percentuale di tutto relax delle funzioni utente. Questo viene catturato e trasformato in un RelaxWarning con lo stesso messaggio. Il problema è che il comportamento degli operatori di confronto == e! = Cambierà con le future versioni numpy. Questi sono stati sostituiti con è e non è tutta la base di codice relax. Sono state apportate modifiche anche ai pacchetti minfx e bmrblib da abbinare.
• Più futuro la protezione contro le modifiche numpy. Il FutureWarning è `rank` è deprecato; utilizzare l'attributo `ndim` o di una funzione, invece. Per trovare il rango di una matrice vedere `numpy.linalg.matrix_rank`. Pertanto, la N-Stato metodo della funzione di modello target paramag_info () è stato aggiornato per utilizzare l'attributo .ndim e funzione d'uso più numpy.rank ().
• Creata il test del sistema Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Questo è stato progettato per catturare il bug # 23933, il "NameError: 'ids' nome globale non è definito" problema durante il caricamento dei dati di rilassamento. Una versione troncata dei dati del file e relax PDB, le versioni complete di cui sono attaccati al bug report, costituito esclusivamente da residui 329, 330, e 331 sono stati aggiunti alle directory dei dati suite di test condivisi, e il test del sistema scritto prendere il NameError.
• Aggiornato il test del sistema Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids per prendere il RelaxMultiSpinIDError. In questo modo il test di sistema per passare, come ci si aspetta una RelaxMultiSpinIDError.
• Aggiornamento delle versioni minfx e bmrblib nel documento di rilascio lista di controllo per 1.0.12 e 1.0.4. Questo è quello di rimuovere i messaggi FutureWarning numpy sulla == None e =! Nessuno paragoni con strutture di dati NumPy, che in futuro cambiamento nel comportamento.
• Aumento del Gna! Notizia sezionamento profondità nel documento di rilascio lista di controllo.
• Ampliamento della descrizione della funzione sequence.attach_protons utente. Ciò deriva dal http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• di inserimento dati iniziali per i dati di test da Paul Schanda. Questo dimostra che ci sono diverse possibilità per migliorare la R2, metodo del punto eff.
• Inserito il test del sistema Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Questo prenderà il prestito di valori nan.
• made ulteriore controllo nella lettura sequenza, che i valori nan vengono saltati.
• Fare in modo che il replicato 4000 punto Hz per l'esperimento 950 MHz non viene sovrascritto.
• Nel test del sistema Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, ha aggiunto un test di contare il R2, i valori del FEP. Questo dimostra che l'R2 replicato, eff a 950 MHz / 4000 punto Hz viene sovrascritto. Una soluzione potrebbe essere quella di cambiare la frequenza di dispersione molto poco, per consentire l'aggiunta del punto dati.
• Aggiunto ulteriori test per Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Questo mostrerà che replica di R2, valori FEP non è gestito bene.
• Nella funzione di r2eff_read nel modulo dati della dispersione, ha aggiunto la possibilità di leggere R2, valori eff che vengono replicati. Questo viene fatto prima verifica se la chiave di dispersione esiste nella R2, dizionario eff. Se esiste, Continua 0,001 alla frequenza fino a quando esiste una nuova possibilità. Questo dovrebbe aiutare a gestire più R2, i punti del FEP, come valori separati e non di prendere qualsiasi decisione in media essi.
• Aggiunta l'aspettativa di sollevare un errore di relax, se si cerca di tracciare e nessuna informazione modello è memorizzato.
• Aumentare un errore se tracciare curve di dispersione, e nessun modello è salvato.
• Cambiato script di esempio per l'analisi dei dati.
• estesa il test del sistema Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 per includere l'auto-analisi e si adatta in cluster. Questo dovrebbe mostrare che l'analisi è ora possibile.
• Aggiunta uno stato temporaneo e uno script per l'installazione GUI per i dati Paul Schanda.
• Inserito il test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Questo mostrerà che il caricamento di uno stato creerà un problema. Traceback (chiamata più recente scorso): TypeError: Int.) Argomento (deve essere una stringa o un numero, non e 'NoneType'
• Aggiunta uno script di esempio per i dati di rilassamento di back-calcolare da un file di risultati senza modello. Questo è utile quando il file dei risultati non è il modello finale, in quanto questi file di risultati non contengono i dati di back-calcolato. Questo è in risposta al sostegno di Christina Moller richiesta # 3303.
• Utilizzo di Gary lib.float.isNaN () al posto di math.isnan (), per avere la compatibilità con Python 2.5.
• Fix per errore di ortografia e documentare il nuovo comportamento di relax_disp.r2eff_read, durante la lettura R2, punti eff con la stessa frequenza. Se lo spin-container contengono già R2, i valori del FEP con 'frequenza del polso CPMG' o 'intensità di campo di spin-lock', la frequenza sarà cambiato da un piccolo valore infinitesimale di + 0.001 Hz. Questo permette di duplicati o più della stessa frequenza.
• Modificato l'oggetto strutturale interna ad essere meno influenzata dal formato del PDB. Il numero di serie PPB è ora intelligentemente gestito, in quanto è reimpostato a 1 quando viene creato un nuovo modello. Questa informazione viene ancora mantenuta per supportare la logica della lettura dei record CONECT, e sarà eliminato in futuro. Le informazioni ID catena è ora non è più memorizzato nell'oggetto strutturale interna, in quanto queste informazioni viene ricreato dalla funzione utente structure.write_pdb in base a come è stato creato l'oggetto strutturale interno.
• Gli aggiornamenti per le classi di test Noe e di sistema Struttura per le modifiche interne di oggetti strutturali. Il numero di serie può ora essere ripristinato, e le informazioni ID catena non è più memorizzato.
• Aggiunta di un file di dati con bagno condiviso di test per contribuire ad attuare l'analisi strutturale PCA. Questa è la N-dominio del complesso CaM-IQ utilizzato in un'analisi ordine frame. E 'i primi 5 strutture da una chiamata alla funzione utente frame_order.distribute, con i diversi rigidi corpi fusi di nuovo insieme in una singola molecola.
• Creata alla fine funzione di front utente structure.pca. Questo è attualmente modellato sul quadro funzione utente structure.rmsd.
• implementazione di base della funzione di back-end dell'utente structure.pca. Questa è la funzione nuovo APC () del modulo pipe_control.structure.main. Esso esegue semplicemente alcuni controlli, assembla le coordinate atomiche, e gli passa il controllo al funzione di rilassarsi pca_analysis biblioteca () del modulo lib.structure.pca attualmente non implementato.
• parziale implementato l'analisi PCA nella biblioteca relax. Questo è per la nuova funzione utente structure.pca. Il modulo lib.structure.pca è stato creato, e la funzione pca_analysis () creato per calcolare la matrice di covarianza struttura, tramite la funzione calc_covariance_matrix (), e quindi calcolare gli autovalori e autovettori della matrice di covarianza, smistarli e troncamento al numero desiderato di modalità PCA.
• Aggiunto gli argomenti algoritmo e num_modes alla funzione utente structure.pca. Questi sono passati completamente nel backend libreria relax.
• Implementato l'algoritmo SVD per l'analisi PCA nella biblioteca relax. Ciò richiede semplicemente numpy.linalg.svd ().
• L'analisi PCA nella biblioteca rilassarsi ora calcola le proiezioni per la struttura lungo i PC.
• La funzione di analisi PCA nella libreria rilassarsi è ora restituzione dei dati. Questo include i valori PCA e vettori, e le proiezioni per struttura.
• I valori PCA e vettori, e le proiezioni per ogni struttura vengono ora memorizzati. Questa è la funzione di back-end utente structure.pca nel modulo pipe_control.structure.main.
• Inserito il formato e gli argomenti dir la funzione utente structure.pca. Questo per la parte anteriore e posteriore si conclude.
• modificato il assemble_structural_coordinates () per visualizzare ulteriori informazioni. Questo è dal modulo pipe_control.structure.main. L'argomento booleano liste è ormai accettato che farà sì che la funzione di restituire in aggiunta la lista degli oggetti ID per molecola, la lista numero di modello per molecola, e l'elenco dei nomi molecola per molecola.
• La funzione utente structure.pca ora crea grafici delle proiezioni PC. Questo include PC1 vs. PC2, PC2 contro PC3, ecc.
• aggiunti i risultati Gromacs PCA per il file distribution.pdb. Ciò include uno script utilizzato per eseguire tutte le parti del Gromacs e tutti i file di output.
• Aggiornamento risultati Gromacs PCA per la nuova versione 5.1.1 Gromacs.
• Creato un test iniziale del sistema Structure.test_pca. Esegue la nuova funzione utente structure.pca, e controlla se i dati sono memorizzati in cdp.structure.
• Migliorata i grafici nel backend della funzione utente structure.pca. I grafici sono ora raggruppati in modo che i diversi modelli della stessa struttura nella stessa tubazione dati sono all'interno di un set grafico. L'intestazione del grafico è stato migliorato.
• ampliato il test controlla sistema Structure.test_pca per confrontare i valori da Gromacs.
• Una struttura media ponderata può ora essere calcolato. Questo è per la funzione calc_mean_structure () del relax lib.structure.statistics modulo di libreria. Pesi ora possono essere fornite per ogni struttura per consentire una media pesata da calcolare e restituito.
• Aggiunto il supporto per le strutture osservatori nella funzione utente structure.pca. Questo permette un sottoinsieme delle strutture utilizzate nell'analisi PC avere peso zero in modo che queste strutture possono essere usate per scopi di confronto. I obs_pipes, obs_models e obs_molecules argomenti sono stati aggiunti al front-end funzione utente. Il backend usa questo per creare una serie di pesi per ogni struttura. E le funzioni lib.structure.pca utilizzare i pesi a zero per rimuovere le strutture di osservatori dai calcoli modalità PC.
• Creata il test del sistema Structure.test_pca_observers. Questo è per testare le nuove strutture osservatore concetto di funzione utente structure.pca.
• Migliorata le stampe dal rilassarsi analisi delle componenti principali biblioteca. Questo è nella funzione pca_analysis () del modulo lib.structure.pca.
• Correzioni e miglioramenti per i grafici prodotti dalla funzione utente structure.pca. I diversi gruppi vengono ora create correttamente, e sono ora etichettati nelle trame.
• L'aggiunta di un script deploy di prova, per la rapida implementazione su Google Cloud Computing. Si tratta di una destinazione d'installazione in Ubuntu 14.04 LTS.
• L'espansione di script per l'installazione.
• Mettere installazione in funzioni di script deploy.
• Splitting distribuire script in diverse piccole funzioni.
• L'aggiunta di dichiarazioni di controllo di script di installazione.
• Quando sourcing i copioni, varie funzioni possono essere eseguite, invece.
• spazi aggiunti per installare lo script per la stampa migliore.
• L'aggiunta di uno script tutorial.
• L'aggiunta di 2 script del tutorial.
• Fix per piccolo errore di spin ID nello script tutorial.
• Creato un test di sistema per la cattura di bug # 24131, il fallimento di esportazione BMRB quando l'oggetto SpinContainer non ha un attributo S2, come riportato da Martin Ballaschk.
• Modificato il test del sistema Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition per verificare la RelaxError. I risultati dei test in un RelaxError, come il file dei risultati non contiene giri selezionati.
• Inserito il test del sistema Mf.test_bug_24131_missing_interaction per la cattura di un altro problema. Questo fa parte del bug # 24131, il fallimento di esportazione BMRB con l'oggetto SpinContainer avendo alcun valore S2. Tuttavia la correzione precedente di saltare giri deselezionate ha introdotto un nuovo problema di relax ancora alla ricerca di interazioni interatomici per quella di spin deselezionato.
• Bugfix:
• titoli replicati nella versione HTML del manuale rilassarsi, e quindi replicato nomi di file HTML sovrascrittura sezioni precedenti, sono state eliminate.
• Fix per il bug # 23933, il "NameError: nome globale 'ids' non è definito" problema durante il caricamento dei dati di rilassamento. Il bug è stato introdotto nel novembre 2014, ed è a causa di qualche codice di gestione degli errori incompleta. Il problema è che il tipo di rotazione che i dati di rilassamento appartiene (@N vs @H) non è stato specificato. Ora il RelaxMultiSpinIDError corretto è sollevata. La variabile ids non esisteva -. È stato il codice che è stato progettato per essere aggiunto, ma non è mai stato ed è stato dimenticato
• Fix per il CSA costante equazione nel capitolo libera modello del manuale. Questo è stato notato da Christina Moller e riferito in merito alle rilassarsi mailing list degli utenti.
• Bug fix per la conservazione dell'oggetto strutturale XML nei file di stato e di risultati. In precedenza tutti gli oggetti aggiunti a cdp.structure (o qualsiasi oggetto struttura) non sarebbero stati salvati con il metodo oggetto to_xml strutturale () a meno che la funzione è espressamente modificato per memorizzare l'oggetto. Ora tutti gli oggetti presenti saranno convertiti in XML.
• Fix per l'analisi del relax dispersione nella GUI, come catturato dal test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Quando si carica da un file di stato di script, il valore di n può essere presente. Questo è ora impostata ai valori standard.
• Fix per la corsa rilassarsi in un server senza display grafico e utilizzando matplotlib. L'errore è stato trovato con il test del sistema Relax_disp.test_repeat_cpmg. E l'errore generato è: QXcbConnection: Impossibile connettersi da visualizzare. Interrotto (core dump). Il backend di matplotlib deve essere cambiato. Questo è per esempio descritto in: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display e http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Modificato il comportamento della funzione utente backend bmrb.write per un'analisi gratuita modello (fix per il bug # 24131). Questo è nel metodo bmrb_write () della libera-modello di analisi API. giri deselezionate sono ormai saltati e un controllo è stato aggiunto per essere sicuri che i dati di spin è stato assemblato.
• Un altro fix per il bug # 24131, il fallimento di esportazione BMRB quando l'oggetto SpinContainer non ha un attributo S2. Ora non ci sono dati memorizzati nel file BMRB se un modello di libero modella non è stato istituito per la rotazione. In questo modo la suite di test di passare.
• Bug fix per consentire il test del sistema Mf.test_bug_24131_missing_interaction di passare. Questo fa parte del bug # 24131, il fallimento di esportazione BMRB con l'oggetto SpinContainer avendo alcun valore S2. Il problema è stato in fase di montaggio dei dati del tensore di diffusione. La funzione spin_loop () è stato chiamato, come il tensore di diffusione sono riportate per tutti i residui. Pertanto, il skip_desel = True è stato aggiunto per abbinare la parte libera-modello.

Cosa c'è di nuovo nella versione 4.0.0:

• Caratteristiche:
• L'implementazione finale, completa e corretta della teoria dell'ordine cornice per studiare rigidi movimenti del corpo. Questo è attualmente per l'analisi RDC e PCS dati dai sistemi allineati internamente.
• Modifiche:
• eliminazione della funzione utente frame_order.average_position e tutto il codice backend associato. Questa funzione utente permesso all'utente di specificare cinque diversi tipi di spostamento alla posizione media dominio mobile: una rotazione pura, senza traduzione, attorno al perno del movimento nel sistema; una rotazione attorno al perno del moto del sistema con una traduzione; traduzione puro senza rotazione; una rotazione attorno al centro di massa del dominio movimento senza traduzione; una rotazione attorno al centro di massa del dominio muoversi insieme con una traduzione. Ora l'ultima opzione sarà il difetto ed unica opzione. Questa opzione è equivalente l'algoritmo standard sovrapposizione (l'algoritmo Kabsch) ad una struttura ipotetica nella vera posizione media. Gli altri quattro sono dovuti alla storia dello sviluppo della teoria. Questi limiti l'utilità della teoria e solo causare confusione.
• Clean up del codice funzione di destinazione ordine cornice. Questo corrisponde al cambiamento precedente della soppressione della funzione dell'utente frame_order.average_position. Le modifiche comprendono la rimozione del flag di ottimizzazione traduzione poichè viene sempre eseguita, e la rimozione della bandiera che provoca il punto di rotazione dominio perno media adatta al punto di rotazione motional quanto questi sono ora disaccoppiati permanente.
• ordine alfabetico delle funzioni del modulo lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Eliminato tutti i modelli 'linea' ordinare struttura, in quanto non sono ancora implementati. Questo è solo il codice frontend -. Il backend non esiste
• Aggiornamento del cono CaM script di ottimizzazione del modello di prova Ordina cornice isotropo. A causa di tutti i cambiamenti nell'analisi ordine frame, il vecchio scritto non più funzionali era.
• creato uno script per i modelli di prova Ordina telaio CAM per trovare la posizione di dominio media. Poiché la rotazione attorno ad un perno fisso è stato eliminato, il passaggio da 1J7P_1st_NH_rot.pdb al 1J7P_1st_NH.pdb deve essere convertito in una traslazione e rotazione attorno COM. Questo script verrà usato per sostituire il perno di rotazione angoli di Eulero con il vettore di traslazione e COM rotazione angoli di Eulero. Tuttavia dovrà essere modificato per gestire sia la sovrapposizione baricentro standard così come una sovrapposizione CoM la funzione utente structure.superimpose.
• Aggiornato il test script order modello sovrapposizione cornice CAM. La funzione utente structure.superimpose è ora chiamato correttamente. Il file di registro di output è stato aggiunto al repository in quanto contiene la traduzione corretta e le informazioni di rotazione di Eulero necessarie per i modelli di prova.
• aggiornamento dei parametri per il cono CaM script di ottimizzazione del modello di prova Ordina cornice isotropo. Il angoli di Eulero per la rotazione intorno al perno motional sono stati sostituiti con i parametri di rotazione CoM traduzione vettoriali e angolo di Eulero.
• Fix per un certo numero di modelli di ordine telaio che non hanno vincoli parametri. La funzione linear_constraint () stava tornando A, B = [], [] per questi modelli, ma questi array NumPy vuoti sono stati la causa del biblioteca minfx al sicuro. Questi valori sono ora catturati e l'algoritmo di vincolo spenti nel () metodo API specifica minimizzare.
• Aumento della precisione di tutti i dati presenti nello script di test ordine base di generazione di dati cornice CAM. Questi sono stati tutti convertiti da float16 a float64 tipi NumPy.
• Fix per l'impostazione errore RDC nello script di test ordine base di generazione di dati cornice CAM. La struttura dei dati rdc_err si trova nei contenitori di dati interatomici, non i contenitori di spin.
• La modifica della parte strutture di caricamento dello script base di creazione dei dati ordine cornice CAM. Le strutture sono ora caricati solo se è impostato il flag DIST_PDB, in quanto sono utilizzati solo per generare la distribuzione 3D di strutture. Ciò consente di risparmiare un sacco di tempo e di memoria del computer.
• enorme aumento di velocità dello script base di generazione di dati di test ordine cornice CAM. Usando gli array multidimensionali NumPy per memorizzare le posizioni atomiche e vettori unitari XH di tutti i giri, ed eseguendo le rotazioni su queste strutture usando numpy.tensordot (), i calcoli sono oggi un fattore di 10 volte più veloce. L'indicatore di avanzamento doveva essere cambiato per mostrare su 1000 anziché 100 iterazioni. Le rotazioni delle posizioni e vettori sono ora eseguite in sequenza, fissando accidentalmente un bug con i modelli doppi di movimento (cioè il modello di 'doppio rotore').
• Modificato il test script order base di creazione dei dati telaio CAM per conservare la memoria RAM del computer. Il vettore XH e strutture dati posizione atomiche per ogni n rotazioni sono ora del numpy.float32 piuttosto che tipo numpy.float64. Il cambiamento principale è quello di calcolare le RDC medi e una media di pcss separatamente, eliminando le strutture dati N-dimensioni una volta che i file di dati vengono scritti.
• riprogettazione completa dello script di base di creazione dei dati ordine cornice CAM per il risparmio di velocità e di memoria. Anche se il vettore legame XH ruotato e il codice di posizione atomica è stata molto veloce, la quantità di memoria necessaria per memorizzare questi nei contenitori di spin e contenitori di dati interatomici era enorme quando N & gt; 1E6. Le successive chiamate di funzione rdc.back_calc e utente pcs.back_calc sarebbe anche prendere troppo tempo. Pertanto, lo script di base è stato riprogettato. Il metodo _create_distribution () è stato suddiviso in quattro: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), e _pipe_setup (). Il metodo _pipe_setup () viene chiamato prima di creare il tubo di dati con tutti i dati richiesti. Poi il _calculate_rdc () e _calculate_pcs () metodi, e, infine, _create_distribution () se è impostato il flag DIST_PDB. Le chiamate ai rdc.back_calc e pcs.back_calc funzioni utente sono stati eliminati. metodi Invece il _calculate_rdc () e _calculate_pcs () calcolare la media RDC e PCS stessi come NumPy strutture array. Piuttosto che immagazzinare l'enorme vettori ruotati e posizioni strutture dati atomiche, le ADR e pcss vengono sommati. Questi sono poi divisi per self.N alla fine per la media dei valori. Rispetto al vecchio codice, quando N è impostato a 20 milioni l'utilizzo della RAM scende da ~ 20 GB a ~ 65 MB. Il tempo totale di esecuzione è diminuito anche su un sistema da pochi giorni a poche ore (un ordine o due di grandezza).
• cambiato l'aggiornamento barra di avanzamento per lo script di test ordine base di generazione di dati cornice CAM. La filatrice era troppo veloce, aggiornando ogni incrementi di 5, ed è ora aggiornato ogni 250. E il numero totale è ora solo stampato ogni 10.000 incrementi.
• Miglioramenti alla barra di avanzamento per lo script di base di generazione di dati di test ordine cornice CAM. Le virgole sono ora stampato tra le migliaia ei numeri sono ora allineati a destra.
• Grande aumento della precisione della RDC e PCS media. Questo è per lo script di base di generazione di dati di test ordine cornice CAM. Sommando i ADR e pcss in array numpy.float128 1D (per questo, è necessario un sistema a 64 bit), e poi dividendo per N, alla fine, il valore medio può essere calcolato con una precisione molto maggiore. Come N diventa più grande, la media numerica introduce sempre maggiori quantità di manufatti di troncamento. Quindi questo cambiamento allevia questo.
• Fix per la RDC e PCS media nello script di test ordine base di generazione di dati cornice CAM. Per il modello a doppio rotore, o qualsiasi modello modalità motional multipla, la media era corretta. Invece di divisione per N, i valori dovrebbero essere divisi per N ^ M, dove M è il numero di modalità dinamiche.
• enorme aumento di precisione per la libera rotore dati di prova modello di camma ordine cornice. La precisione superiore è perché le strutture numero nella distribuzione è ora venti milioni invece di un milione, e la tanto maggiore precisione numpy.float128 media dello script di base aggiornato creazione dei dati è stato utilizzato. Questi dati dovrebbero consentire una migliore stima dei valori dei parametri posizione beta e gamma dominio media per i modelli del rotore liberi che sono colpiti dal crollo del parametro alfa a zero.
• enorme aumento di precisione per il doppio rotore dati di prova modello di camma ordine cornice. La precisione superiore è perché le strutture numero nella distribuzione è ormai più di venti milioni (4500 ^ 2), piuttosto che un quarto di milione (500 ^ 2). E il tanto maggiore precisione numpy.float128 media dello script di base aggiornato creazione dei dati è stato utilizzato.

• Modifiche:

• Caratteristiche:















• Modifiche:












































































































Cioè

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.3.4:

• Caratteristiche:






• Modifiche:

• Caratteristiche:








• Modifiche:

• Caratteristiche:








• Modifiche:

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.3.1:

• Modifiche:

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.3.0:

• Caratteristiche:



















• Modifiche:

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.1.5:

• Modifiche:

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Requisiti :

• Python