Swiss-PdbViewer (aka DeepView) è un'applicazione che fornisce un'interfaccia facile da usare che consente di analizzare diverse proteine contemporaneamente. Le proteine possono essere sovrapposti in modo da dedurne allineamenti strutturali e confrontare i loro siti attivi o di altre parti interessate. Mutazioni aminoacidi, H-bond, angoli e distanze tra gli atomi sono facili da ottenere, grazie all'interfaccia grafica e il menu intuitivo.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) è stato sviluppato dal 1994 da Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer è strettamente legata alla SWISS-MODEL, un server di modellazione omologia automatizzato sviluppato all'interno l'Istituto svizzero di bioinformatica (SIB) alla Bioinformatica Gruppo strutturale al Biozentrum di Basilea.
Lavorare con questi due programmi riduce notevolmente la quantità di lavoro necessario per generare modelli, in quanto è possibile infilare una sequenza primaria della proteina su un modello 3D e ottenere un feedback immediato di come la proteina filettato sarà accettato dalla struttura di riferimento prima di presentare una richiesta per costruire loop mancanti e perfezionare imballaggio sidechain.
Swiss-PdbViewer può anche leggere le mappe di densità elettronica, e fornisce vari strumenti per costruire nella densità. Inoltre, i vari strumenti di modellazione sono file integrati e di comando per i pacchetti popolari di minimizzazione di energia possono essere generati.
Infine, come bonus speciale, scene POV-Ray possono essere generati dalla vista corrente al fine di rendere mozzafiato ray tracing immagini di qualità.
Cosa c'è di nuovo in questa versione:
- L'atomo Timina C6 è ora correttamente caricato
- Risolto l'uscita del ciclo infinito POV-Ray sulla versione PC
- L'incidente occasionale durante il salvataggio dei file PDB (come 2i37) sul PC è stato risolto
- Aggiornato l'indirizzo del Uppsala Electron Density Map Server
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