FlexS predice la conformazione e l'orientamento di uno dei ligandi relativi all'altro. In FlexS il riferimento-ligando si presume essere rigida, quindi, deve essere somministrato in una conformazione che è simile allo stato legato. L'algoritmo sovrapposizione in FlexS richiede solo poco intervento manuale. È possibile integrare questa conoscenza nei calcoli con FlexS effettuando singoli passaggi manualmente. Così, FlexS è progettato per il lavoro interattivo su coppie ligando nonché per lo screening virtuale basato ligando. Le due applicazioni principali di FlexS sono ligando posizionamento super (ad es. Per CoMFA / QSAR) e screening virtuale. Se si dispone di una proteina e un piccolo vincolante ad esso molecola (il cosiddetto riferimento-ligando), ma nessuna struttura della proteina, si può prendere la struttura di riferimento come un'impronta digitale negativo del sito attivo. FlexS determina la somiglianza tra la prova e la struttura di riferimento allineandoli. In screening virtuale, si ha un riferimento-ligando e una serie di composti e sei interessato a priorità composti per le prove sperimentali.
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