lsim superposés densità elettroniche macromolecolari e calcola un punteggio di somiglianza strutturale. I suoi calcoli scala linearmente con la dimensione delle molecole a confronto.
Gli allineamenti lsim sono concettualmente estranei a elementi strutturali biochimici e, quindi, sono imparziale e adeguata per gli studi di proteine somiglianza Montatura-.
Installazione:
Scompattare il file di distribuzione:
tar -xzvf lsim-linux.tar.gz
Spostare directory dei file:
cd lsim.1.0.0
Copiare, spostare o collegare il file eseguibile lsim in un luogo adeguato -e assicurarsi lsim è accessibile attraverso l'ambiente variable- PATH, ad esempio:
cp lsim / usr / local / bin
Impostare LSIMDIR variabile per puntare alla directory lsim scelta, ad esempio:
setenv LSIMDIR /home/olaguer/progs/lsim.1.0.0
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