Jmol

Novità nella versione 14.1.2 Beta:

• nuova funzione: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, espressione):
• meglio di Jmol.valori perché il risultato è una variabile JavaScript, non una stringa.
• DEPRECANDO JSmol api Jmol.valori (applet, espressione)
• nuova funzione: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• restituisce il codice JSON per la proprietà
• consente JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot ;, & quot; some expression & quot;)
• nuova funzionalità: getProperty variableInfo:
• consente il recupero di variabili in formato Java o JSON
• valuta l'espressione
• predefinito su & quot; tutto & quot;
• nuova funzione: modulazione regolabile da qit, fino a d = 3:
• modulazione on / off (tutti gli atomi)
• moduation {atom set} on / off
• modulazione int q-offset
• modulazione x.x t-offset
• modulazione {t1 t2 t3}
• modulazione {q1 q2 q3} VERO
• nuova funzione: selectList:
• array ordinato di atomi prelevati di recente
• può essere utilizzato come la variabile PICKED, ma viene ordinato in sequenza, non temporaneamente
• due volte facendo clic su struttura cancella l'elenco
• @ {pickedList} [0] atomo scelto per ultimo
• @ {pickedList} [- 1] atomo scelto dall'ultimo clic
• @ {pickedList} [- 1] [0] ultimi due atomi selezionati
• nuova funzionalità: array.pop (), array.push () - simile a JavaScript
• nuova funzione: scala di modulazione x.x
• nuova funzione: didascalia & quot; xxxxx & quot; x.x - numero di secondi da eseguire
• nuova funzionalità: la modulazione 0.2 // imposta il valore t
• nuova funzionalità: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; testing & quot;); stampa a.pop ()
• nuova funzione: seleziona atom-set ON / OFF:
• attiva o disattiva gli aloni di selezione e esegue la selezione
• solo comodità
• nuova funzione: pt1.mul3 (pt2):
• restituisce {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• se entrambi non sono punti, torna alla semplice moltiplicazione
• nuova funzione: array.mul3 (pt2) - applica mul3 a tutti gli elementi dell'array
• nuova funzione: {atomset} .modulation (type, t):
• consegna P3 (modulazione di spostamento)
• implementato solo per type = & quot; D & quot; (Opzionale)
• opzionale t è 0 di default
• bug fix: la modulazione non distingue tra q e t;
• bug fix: misure modulate non funzionanti
• risoluzione bug: non saltare set defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• bug fix: isosurface map atomic orbital fail
• bug fix: la visualizzazione vibrazionale della modulazione con le distanze non si aggiorna
• correzione bug: la vibrazione disattivata causa avvisi non necessari nella console
• risoluzione bug: disegna symop interrotto
• bug fix: array.mul (matrix3f) arresta in modo anomalo Jmol
• correzione bug: seleziona symop = 1555 bug risolti: set picking dragSelected non funziona
• codice: refactored CifReader, che separa MMCifReader e MSCifReader
• codice: ridenominazione / refactoring dei metodi in SV
• codice: aggiunge l'interfaccia javajs.api.JSONEncodable:
• implementazione super-semplice in org.jmol.script.SV
• consente l'implementazione di javajs per fornire risultati JSON personalizzati

Novità nella versione 14.0.1:

• nuova funzione: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (predefinito 55)
• nuova funzione: funzione load (), come in print load (& quot; xxx & quot;), lettura file locale limitata nell'applet:
• nessun file root-directory
• nessun file senza estensione
• nessun file con qualsiasi & quot; /.& quot; nel percorso
• nuova funzionalità: file JAR firmati in modo sicuro
• nuova funzionalità: i file JAR dell'applet includono JNLP (protocolli di avvio della rete Java) per il caricamento locale dei file
• nuova funzionalità: opzioni URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = sostituzioni per dati Info
• nuova funzione: (era presente ma non documentata) print quaternion ([array of quaternions]) - restituisce media sferica a la Buss e Fillmore
• nuova funzione: print quaternion ([array of quaternions], true):
• restituisce la deviazione standard per la media sferica a la Buss e Fillmore
• le unità sono gradi angolari
• nuova funzione - denominata valori del modulo di quaternion:
• print quaternion (1,0,0,0)% & quot; matrix & quot;

Le opzioni
• includono w x y z normale eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• Funzione ew - imposta celShadingPower:
• imposta la forza di cel shading
• valori interi
• default 10 è una linea spessa
• 5 è una linea sottile
• 0 disattiva il cel shading
• il valore negativo rimuove l'ombreggiatura interna - solo contorno
• opera su pixel in base alla sorgente normale o alla luce (power & gt; 0) o user (power & lt; 0)
• imposta il colore sul contrasto di sfondo (nero o bianco) quando normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• nuova funzione: la lettura di mmCIF riporta _citation.title nella console di scripting Jmol
• nuova funzione: minimizza SELEZIONA {atomset} SOLO - L'opzione SOLO esclude tutti gli altri atomi
• nuova funzione: minimizza {atomset} - SELECT implicito e SOLO
• nuova funzione - & quot; estensioni & quot; directory in JSmol per gli script JS e SPT contribuiti:
• jsmol / js / ext
• jsmol / SPT / ext
• nuova funzione: carica ... filtro & quot; ADDHYDROGENS & quot; - set locale pdbAddHydrogens solo per un comando di caricamento
• nuova funzione: confronta {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• nuova funzione: lista = confronta ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• nuova funzionalità: scrivi JSON xxx.json
• nuova funzione: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} reader
• funzione ew - imposta particleRadius:
• raggio globale per gli atomi oltre il valore del raggio massimo (16,0)
• il valore predefinito è 20.0
• nuova funzione - Filtri CIF e PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; e & quot; BYSYMOP & quot; per la particella virus:
• crea solo un atomo per catena o per symop
• le dimensioni possono essere ridimensionate con un numero maggiore di 16 Angstrom usando, ad esempio:
• imposta particleRadius 30;
• spacefill 30; // qualsiasi numero oltre 16 qui utilizza invece ParticleRadius
• nuova funzionalità: lista = confronta ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• nuova funzione: la funzione symop () consente la simmetria dal filtro biomolecola per PDB e mmCIF
• nuova funzionalità - isosurface SYMMETRY:
• applica gli operatori di simmetria a isosurface
• rendering e creazione più efficienti
• la selezione predefinita è {symop = 1} solo
• la colorazione predefinita è il colore di symop basato su propertyColorScheme
• Esempio:
• carica il filtro 1stp & quot; biomolecule 1 & quot;
• proprietà dei colori symop
• isosurface sa risoluzione 0.8 simmetria sasurface 0
• nuova funzione - nuova proprietà atom: chainNo:
• sequenzialmente da 1 per ciascun modello;
• chainNo == 0 significa & quot; nessuna catena & quot; o chain = ''
• nuova funzione - nuova proprietàColorScheme & quot; friendly & quot;:
• combinazione colori a prova di cecità
• usato su RCSD
• nuova funzionalità: JSpecView completamente privo di Java; include 2D nmr e stampa PDF di spettri
• nuova funzione - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; qualità & gt; 1 richiede la modalità orizzontale:
• utilizza efficienti classi di creazione PDF personalizzate
• misura l'immagine per adattarla se è troppo grande
• nuova funzionalità: JSpecView aggiunge PDF e 2D NMR per JavaScript
• nuova funzione: carica & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Il carico di componenti chimici da PDB usando il "nonideale" coordinata set
• correzione bug: scrivere CD rimosso; ChemDoodle ha cambiato i formati; usa invece JSON
• correzione bug: i file PDB e CIF indicavano assiemi come PAU come numero negativo grande
• correzione bug: COMPARE con nessuna rotazione inizia ciclo infinito
• correzione bug: problema di loop con ritardo (-1)
• correzione bug: rotellina del mouse per Chrome in JavaScript
• correzione bug: correzione rapida del menu popup JavaScript per le modifiche della lingua
• correzione bug: componenti core JavaScript non elaborati; Jmol._debugCode non riconosciuto
• bug fix: offset dell'unità cella erroneamente per le biomolecole; origine non corretta per gli assi.
• correzione bug: isosurface / mo FRONTONLY broken
• correzione bug: localizzazione della lingua in JavaScript
• bug fix: il lettore ADF non legge l'output MO da DIRAC Build 201304052106
• risoluzione bug: Safari segnala informazioni Jmol gialle invece di chiedere di accettare l'applet
• - il tag doveva essere
• bug fix: il lettore CIF non gestisce correttamente _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - set atom errato per load = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• correzione bug: [# 558 Problema di compatibilità con ChemDoodle] Errore JSmol nella definizione di Number.toString ()
• bug fix: la rotellina del mouse non funziona correttamente
• correzione bug: JavaScript errore del compilatore J2S non coerce int + = float in intero
• correzione bug: opzione JavaScript WEBGL errata
• correzione bug: JavaScript NMRCalculation non accede alle risorse
• correzione bug: JavaScript stereo non implementato
• correzione bug: risoluzione del lettore MOL per file con più modelli (solo 13.3.9_dev)
• correzione bug: errore lettore MOL con caricamento APPEND - non continua numeri atom
• bug fix: il lettore di modulazione CIF non legge le combinazioni lineari dei vettori di onda cellulare
• correzione bug: lettura CIF con filtro & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; fallisce se solo l'operazione di identità
• correzione bug: il lettore mmCIF non legge tutte le opzioni _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• bug fix: PDB CRYST voce 1.0 1.0 1.0 90 90 90 dovrebbe significare & quot; nessuna cella unitaria & quot; indipendentemente dal filtro biomolecola
• bug fix: la soletta isosurface non si adatta bene a molecole piatte come HEM
• bug fix: print userfunc () potrebbe fallire (userfunc () da solo va bene)
• bug fix: entro (helix) non implementato per i polimeri C-alfa-only
• correzione bug: _modelTitle non aggiornato quando un nuovo file viene caricato o rimosso
• correzione bug: {*}. symop.all non fornisce l'operatore di simmetria in modo appropriato
• bug fix: per il triplo legame in SMILES negli URL
• bug fix: build.xml manca le classi di creazione PDF
• correzione bug: dopo l'aggiornamento di Java, aggiungendo il controllo del percorso corretto per l'applet firmato locale
• risoluzione bug: {xxx} .property_xx non salvata in stato (interrotta l'8/7/2013 rev. 18518)
• correzione bug: manifesti aggiornati per file JAR di applet firmati e non firmati
• correzione bug: scrittura fallita
• bug fix: metodo scriptWait () di applet interrotto
• correzione bug: la sessione PyMOL può visualizzare una cella unitaria dopo aver letto dallo stato salvato
• bug fix: il lettore MMCIF fallisce per più tipi di assembly
• bug fix: lettore CIF & quot; biomolecule 1 & quot; traslazione a & quot; molecolare & quot; piuttosto che & quot; assembly & quot;
• bug fix: carica traiettoria con più file non funzionanti
• risoluzione bug: il menu popup dell'applet JS non si chiude correttamente al cambio di lingua
• risoluzione bug: attributo ID casella di controllo HTML non assegnato
• codice: refactoring del codice applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• codice: refactoring, semplificazione dei lettori bufferizzati e flussi di input bufferizzati.
• codice: refactoring di JavaScript, build migliore _... xml
• codice: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double completamente rielaborati
• codice: disambiguazione di GT ._
• codice: ha rifattorizzato tutte le classi interne inutilmente al livello superiore
• codice: isolato util / ModulationSet che utilizza api / JmolModulationSet
• codice - Tutta la localizzazione della lingua dell'applet viene letta da semplici file .po:
• come per JavaScript già
• non è necessario compilare i file di classe per le lingue delle applet
• nessuna lingua .jar file
• la nuova directory jsmol / idioma contiene i file .po sia per Java che per HTML5

codice
• : rendering di isosurface più veloce che aggiunge "implicitamente" frontonly & quot; con selezionare {xxx} SOLO
• codice: rendering isosuperficie più veloce con implicito & quot; isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot; nei casi rilevanti (interi)
• codice: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - consolida tutti i riferimenti a URL.getContent () e Class.getResource ()
• codice: JavaScript aggira il problema della classe interna con la riassegnazione del nome variabile
• code: work-around per eval (functionName) non funziona in JavaScript.
• codice: sperimentando l'occlusione ambientale
• codice: manifesti richiesti aggiunti per Java Ju51 (gennaio 2014).
• codice: JmolOutputChannel spostato su javajs.util.OutputChannel
• codice: jsmol.php corretto per consentire & quot; nel metodo saveFile
• codice: refactoring Parser in javajs.util
• codice: DSSP spostato in org.jmol.dssx, riducendo il carico biologico di JSmol di 20K
• codice: pacchetto iText scaricato, non più nec, come ho scritto il mio creatore PDF

Requisiti :

• Ambiente di runtime Oracle Java Standard Edition