Topographica

Topographica è un pacchetto software per la modellazione computazionale di mappe neurali.
L'obiettivo è quello di aiutare gli scienziati a capire le funzioni cerebrali a livello delle mappe topografiche che compongono i sistemi sensoriali e motori.
Topographica ha lo scopo di integrare i molti buoni simulatori di basso livello dei neuroni che sono disponibili, come la Genesi e Neuron. Tali simulatori concentrarsi sulla modellazione del comportamento interno dettagliata dei neuroni e delle piccole reti di loro.
Topographica invece si concentra sulla struttura a larga scala e di funzione che è visibile solo quando molte migliaia di tali neuroni sono collegati in mappe topografiche che contengono milioni di connessioni.
Molti fenomeni importante non può essere studiato senza tali grandi reti, compresa l'organizzazione bidimensionale di orientamento visivo e mappe direzione di movimento, e l'oggetto segmentazione e processi di raggruppamento.
Per rendere tali modelli pratico, in Topographica l'unità fondamentale è un foglio di neuroni, piuttosto che un neurone o una parte di un neurone.
Per la maggior parte delle simulazioni, i fogli possono essere realizzati ad un livello elevato, costituito da estratto di tiro-rate o neuroni integrate-and-fuoco.
Quando è necessario per la convalida o per fenomeni specifici, Topographica può essere facilmente esteso con un foglio che si interfaccia a modelli di neuroni più dettagliata nelle altri simulatori.
Fogli meno dettagliate possono anche essere usati temporaneamente, ad esempio, durante l'interazione con il modello in tempo reale.
Durante, Topographica rende semplice l'utilizzo di un adeguato livello di dettaglio e complessità, come determinato dalla potenza disponibile di calcolo, fenomeni di interesse, e la quantità di dati biologici disponibili per la convalida.
La figura in alto a destra mostra un esempio Topographica modello delle prime fasi del sistema visivo, modellando come retina ingresso viene trasformata dal talamo, corteccia visiva primaria, e le aree corticali superiori. Perché Topographica è una mappa simulatore generico, supporta anche qualsiasi altra modalità sensoriale che è organizzata in mappe topografiche, come il tatto e l'udito, così come aree motorie.
Topographica è liberamente disponibile per il download, ed è un progetto open source il cui capacità può essere ampliato e modificato da qualsiasi utente. Accogliamo con favore i contributi degli utenti, e invitiamo le persone interessate a far parte del nostro team di sviluppo distribuito a livello globale.
Anche se il codice è ancora in fase di sviluppo molto attivo, è in uso quotidiano in numerosi progetti di ricerca e corsi universitari.
Dato il rapido ritmo di sviluppo attuale, essendo uno sviluppatore è probabilmente il modo migliore per tenere il passo con tutte le modifiche.