Arabidopsis Motif Scanner (AMS) è un'applicazione Windows che gira su computer locali. E 'stato sviluppato per costruire reti geniche identificando le posizioni degli elementi cis-regolamentazione per la pianta modello Arabidopsis thaliana e fornendo un'interfaccia semplice da valutare e valutare le relazioni dei geni. Il suo principale caratteristica innovativa è quella di combinare le posizioni degli elementi cis-regolatori, NGS e DNA chip array di dati di espressione, le annotazioni di Arabidopsis e le interazioni gene per l'identificazione delle reti geniche regolate da fattori di trascrizione. In studi si sono concentrati sulla funzione fattori di trascrizione, il software utilizza i dati di espressione e vincolante motivi del sito nelle regioni del gene regolatori di prevedere geni bersaglio diretti. Inoltre, AMS utilizza dati del DNA-proteina e interazione proteinprotein per facilitare l'identificazione delle vie metaboliche regolati dal fattore di trascrizione di interesse.
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