CaPSID

capside è una piattaforma completa open source che integra una pipeline di calcolo ad alte prestazioni per l'identificazione sequenza patogeno & nbsp; e caratterizzazione di genomi umani e trascrittomi insieme con un database dei risultati scalabile e un software web-based di facile utilizzo per la gestione, l'interrogazione e la visualizzazione dei risultati.
Per iniziare
Avrete bisogno di un database MongoDB, un 2.6+ installazione Python e Apache Tomcat 6+. Per ulteriori informazioni, leggere il wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What è nuovo in questa versione:

• Correzioni Messaggio di errore quando si esegue la sottrazione e l'allineamento non viene trovato
• Più opera, che fissa l'esecuzione di query lunghe

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.4.2:

• Rimuove MongoKit dipendenza

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.4.1:

• Correzioni cursore timeout per le statistiche di funzionamento lunghi query

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.4.0:

• statistiche Aggiunge mentre vengono eseguiti piuttosto che tutti alla fine
• Salva id univoco per geni come uid

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.2.7:

• Correzioni README

La novità nella versione 1.2.6:

• sottrazione filtra non mappato ad edificio mappata letture

Cosa c'è di nuovo in versione 1.2:

• Utility per creare file FASTQ dalla legge non mappata
• Utility per tornare all'incrocio di file FASTQ
• Utility per tornare file filtro FASTQ
• Aggiunto mapq bandiera soglia di sottrazione
• Gbloader può ora caricare i batteri ei genomi fungini
• Salva sequenze genomiche al database utilizzando GridFS
• ingombro di memoria ridotto per il calcolo delle statistiche
• uso sottoprocessi invece di os.system
• punteggi mapq filtro deve includere 0

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.1:

• aggiunge il supporto per la coppia-end legge

Cosa c'è di nuovo nella versione 1.0.1:

• Aggiunto il supporto per l'autenticazione MongoDB

Requisiti :

• Python