CWC Simulator

CWC Simulator è un C ++ implementazione di CWC, un calcolo per la rappresentazione e simulazione di sistemi biologici. & Nbsp; Al termine dell'installazione (vedi INSTALL) sarete in grado di eseguire simulazioni più modelli CWC, come mostrato in alcuni esempi (vedi esempi /).
(riga di comando) Interfaccia
Come utente generico, è necessario eseguire:

model.cwc -i
-o <> statistiche
-t
-s
-n
-c
--qt soglia
-q
-w
Dove:
- è il nome del file eseguibile (default: scwc);
& Nbsp; - model.cwc è il programma CWC ingresso (vedi esempi);
& Nbsp; - le statistiche è il prefisso di uscita-files;
& Nbsp; - è il limite di simulazione in tempo;
& Nbsp; - è il periodo di campionamento (cioè 0,12 per ottenere 250 punti con il tempo-limite = 30);
& Nbsp; - è il numero di casi di simulazione;
& Nbsp; - è il numero di cluster per k-means
& Nbsp; - è la soglia per il clustering QT
& Nbsp; - è il numero di quantili;
& Nbsp; - di solito ha in base al numero di core del sistema (ovvero 4 per CPU quad-core).
Output
Lo strumento produce:
- Alcuni file .dat (l'uscita campionato delle simulazioni)
- Alcuni script gnuplot per disegnare analysises statistici
Stiamo lavorando ad un manuale utente completo

Caratteristiche .

• algoritmo Gillespie SSA rispetto ai modelli CWC
• Hybrid stocastiche / semantica deterministiche
• Istanze multiple di simulazione con statistiche online
• Ottimizzazione per architetture multicore basato su framework FastFlow
• quadro statistico Extensible (media-varianza, filtrato il clustering, ecc.)
• Più semantica di rating (azioni di massa, Michaelis-Menten, Hill ecc.)