DendroPy

Fornisce classi e funzioni per lavorare con dati filogenetici come alberi e matrici di carattere.
Supporta anche la lettura e la scrittura dei dati in una gamma di formati di dati filogenetici standard, come NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, ecc ..
Inoltre, gli script per l'esecuzione di alcuni calcoli filogenetici utili vengono distribuiti come parte della libreria, come SumTrees, che riassume il supporto per i gruppi o cladi forniti da un campione posteriore alberi filogenetici.
Ci sono estese documentazione e file dell'esercitazione nel pacchetto di download

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• Nuove infrastrutture per i metadati annotazioni:. AnnotationSet e annotazione
• Supporto completo di NeXML 0,9 metadati di analisi e la scrittura.
• get_from_url () e read_from_url () metodi permettono ora per la lettura dei dati filogenetici da URL.
• modulo di interoperabilità Aggiunto GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.12.2:

• Nuove infrastrutture per le annotazioni di metadati: AnnotationSet e annotazione.
• Supporto completo di NeXML 0,9 metadati di analisi e la scrittura.
• get_from_url () e read_from_url () metodi permettono ora per la lettura dei dati filogenetici da URL.
• modulo di interoperabilità Aggiunto GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.11.0:

• Nuovo script dell'applicazione per la concatenazione di etichette ramo provenienti da tutta più alberi di ingresso:. sumlabels.py
• Nuova classe interoperabilità dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper per Seq-Gen integrato nella libreria
• Nuova funzione interoperabilità dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper per allineamento MUSCLE
• Nuovo dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner classe interoperabilità:. wrapper per RAxML
• metodo prune_taxa () aggiunto al CharacterMatrix.
• moduli Math spostati proprio sottopacchetto:. dendropy.mathlib
• Nuovo modulo per i calcoli matrice e vettore:. dendropy.mathlib.linearalg
• Nuovo modulo per il calcolo della distanza statistico:. dendropy.mathlib.distance
• Famiglia di Mahalanobis funzioni di calcolo distanza in dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.9.0:

• Nuove funzionalità:
• contrasti indipendenti filogenetici (PIC) analisi possono essere effettuate utilizzando la classe dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• semplificata coalescente contenuta (albero gene di specie di albero) simulazione.
• Modifiche:
• argomenti chiave a as_string (), write_to_path (), write_to_file, ecc metodi sono stati modificati per essere più coerenti per NEXUS e Newick formati. Parole chiave precedenti sono ancora supportate, ma saranno deprecati. La nuova serie di argomenti chiave supportati può essere visto in: ref: NEXUS e Newick scrittura personalizzazione & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3e; sezione.
• NEXUS e Newick I formati ora di default per case-insensitive etichette taxon; specificare case_insensitive_taxon_labels = False per caso sensibilità.
• Bug risolti:
• Lettura carattere interlacciata matrici non ha prodotto risultati più nel blocco successivo essendo saltato (NEXUS).
• Preso OverflowError nel calcolo statistiche di riepilogo.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.8.0:

• oggetti Albero possono ora essere rerooted a metà (vedi Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Annotazioni (vale a dire, gli attributi di Tree, Nodo o bordo oggetti che hanno avuto & quot; annotate () & quot; chiamato su di loro) può ora essere scritta come commenti metadati (& quot; [& campo = valore] & quot;) durante la scrittura NEXUS / formato NEWICK Se si utilizza il annotations_as_comments argomenti delle parole chiave.
• Quando si legge in NEXUS / alberi formato Newick, specificando extract_comment_metadata = True comporterà commenti metadati essere tirato in dizionario, con le chiavi essendo fieldnames e valori sono i valori di campo.
• Durante la lettura di dati in formato NEXUS, SET blocchi saranno trattati, e set di caratteri analizzati nel CharacterDataMatrix in questione.
• Set di caratteri (come, ad esempio, analizzata su NEXUS blocchi insiemi: vedi sopra) può essere esportato come nuovi oggetti CharacterDataMatrix, e siate salvati / manipolato / etc. independentally.
• Quando si scrive in NEXUS o Newick formati, il write_item_comments argomento parola chiave (True o False) in grado di controllare se i commenti estesi associati a nodi su alberi verranno scritti o meno.
• classe TopologyCounter aggiunto dendropy.treesum:. consente il monitoraggio delle frequenze topologia
• treesplits.tree_from_splits () consente costruttivo dei (topologia) solo gli alberi da un insieme di gruppi.
• La maggior funzionalità che utilizzate per essere 'dendropy.treemanip' ora è stato migrato come metodi nativi della classe dendropy.Tree. 'Dendropy.treemanip' diventerà obsoleto.
• Gli alberi possono ora essere potate basate su un elenco di etichette taxa di rimuovere o mantenere (in precedenza, i metodi dovrebbero accettare solo elenchi di oggetti Taxon).

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.7.1:

• Nuove funzionalità:
• L'attuazione del 'Generale Sampling Approach' (Hartman et al 2010:... di campionamento gli alberi da modelli evolutivi; Syst Biol 49, 465-476). Metodo di simulare alberi dal modello nascita morte
• Modifiche:
• nomi corretti / consistenti per alcune funzioni di probabilità.
• Bug risolti:
• Bug nel confermare la sovrascrittura dei file di output quando si utilizza SumTrees '-e' / '- split bordi. opzione
• Antico e brizzolati riferimento semi-fossilizzato a 'taxa_block' corretta a 'taxon_set'.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.7.0:.

• migrate a licenza BSD-style

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.6.1:

• SumTrees ora funziona (in modo seriale) sotto anziani versioni di Python (cioè & # x3c; 2,6).
• Correzioni per la compatibilità con Python 2.4.x.

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.5.0:

• metodo Aggiunto ladderize (), per ordinare i nodi ascendente (default) o discendente (ladderize (destra = True)) ordine.
• Aggiunto & quot; bestia-sintesi-albero & quot; specifica dello schema per elaborare alberi consenso BESTIA annotati.
• Aggiunto nuovo modulo di interazione con i database NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Cosa c'è di nuovo in versione 3.4:..

• ez_setup.py bundle aggiornato alla versione più recente

Requisiti :

• Python 2,4-3,0