Ghemical

Ghemical è un pacchetto software chimica computazionale rilasciato sotto la licenza GNU GPL. Ciò significa che il codice sorgente completo del pacchetto è disponibile, e l'utente è libero di studiare e modificare il pacchetto. Ghemical è scritto in C ++.
Progetto Ghemical ha un'interfaccia utente grafica (che si basa su GNOME), e supporta sia quantistica-meccanica (semi-empirici e ab initio) modelli e modelli di meccanica molecolare (c'è un Tripos campo di forza 5.2 come sperimentale per molecu organico anche uno strumento per i modelli di proteine ​​ridotto [1], è inclusa. ottimizzazione della geometria, dinamica molecolare e un ampio set di strumenti di visualizzazione sono attualmente disponibili.
Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli della meccanica quantistica. Metodi semi-empirici MNDO, MINDO / 3, AM1 e PM3 provengono dal pacchetto MOPAC7 (Public Domain), e sono inclusi nella distribuzione dei sorgenti.
Il pacchetto MPQC (GNU GPL) è utilizzato per fornire metodi ab initio: i metodi basati sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con set di base che vanno da STO-3G per 6-31G **.
Il codice MPQC non è incluso nella distribuzione del codice sorgente. Per poter utilizzare il ab-based MPQC initio metodi Ghemical, è necessario compilare e installare il programma MPQC per il sistema, e quindi compilare Ghemical utilizzo di alcune impostazioni specifiche che collegano i programmi insieme; vedere il file INSTALL per ulteriori informazioni. Ghemical contiene anche il pacchetto OpenBabel per l'importazione e l'esportazione di molti formati di file diversi (così come altre attività).
Installazione
Dopo aver scaricato l'ultima versione, è necessario estrarre tutti i file dal file di archivio con "tar -zxvvf Ghemical-1.00.tgz" o equivalentemente "gunzip Ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf Ghemical-1.00.tar". Dopo di che si prega di leggere il "INSTALL" -file appena estratto per ottenere ulteriori informazioni.
Cosa c'è di nuovo in questo rilascio: