MacMolPlt

MacMolPlt è uno strumento di visualizzazione chimica che può essere utilizzato per costruire molecole con un modello integrato builder grafica, creare file di input per il programma di chimica computazionale GAMESS e quindi visualizzare i risultati di piste di chimica computazionale. Le caratteristiche includono un display 3D di alta qualità, animazioni di modi normali e sequenze di reazione e di uscita ad una varietà di formati, tra cui immagini di alta qualità e QuickTime e Flash movies.

• Input utilizzando:
• formato MolPlt perforato da GAMESS
• incollando in coordinate cartesiane da qualsiasi GAMESS o gaussiana log file
• qualsiasi ingresso GAMESS, log o un file irc
• Xmol file di stile XYZ
• Molden file in formato
• Protein Data Bank (PDB file)
• Chemical Markup Language (CML) file
• Crea graficamente con un editor interattivo molecola
• Crea manualmente con coordinate interne stile cartesiano o Z-Matrix
• Visualizzazione 3D della struttura e la modalità Normal
• Animazione di modalità Normale.
• rotazione 3D in tempo reale e la traduzione sotto il controllo del mouse
• Calcolo di qualsiasi parametro Z-matrix
• visivamente misura / distanze di visualizzazione, angoli e diedri.
• Creazione automatica di Linear minimo movimento (LLM) percorsi
• calcolo e visualizzazione di 2D e 3D:
• orbitali molecolari (AO per, MO di, o LMO di)
• Total Electron densità
• le differenze di densità
• Molecular Electrostatic Potenziali (MEPMaps)
• generatore di file di input di base per GAMESS
• OpenGL utilizzato per il rendering 3D di alta qualità
• Il supporto per la simmetria molecolare
• Genera simmetria atomi dipendenti
• Determinare simmetria atomi unici
• determina automaticamente l'elenco dei gruppi di punti supportati per una serie di coordinate.
• coordina Ruota nel corretto orientamento principio
• operatori di visualizzazione di simmetria per molti gruppi di punti
• output di qualità pubblicazione (a colori o in bianco e nero) via stampa diretta o Copia e Incolla in un'altra applicazione.
• Output in una varietà di forme, tra cui Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, filmati Flash e filmati QuickTime.

Cosa c'è di nuovo in questa versione:

Molti miglioramenti sono stati fatti per il codice di visualizzazione. Opzioni sono state aggiunte al riquadro 3D dei prefernces per l'ombreggiatura liscio con e senza ombre.
Aggiunto il supporto rudimentale per i file Mopac.
Possibilità di attivare o disattivare la visibilità di ab initio, MM, e gli atomi EFP Aggiunto.
Migliorato il supporto per il modello core potenziali.
Aggiunto un gancio nel generatore di input per il nuovo programma gamessq.
Migliorato il file parser PDB.