Marvin

Il progetto Marvin offre una collezione di strumenti Java per il disegno, la visualizzazione e la caratterizzazione di strutture chimiche, sottostrutture e reazioni.
Marvin può essere facilmente installato sul desktop e perfettamente integrato in pagine web e le applicazioni di terze parti attraverso il suo Application Programming Interface (API).
La famiglia Marvin è costituito dai seguenti strumenti:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applet o fagioli?
Marvin è disponibile in due pacchetti a seconda dell'uso:
* Marvin Applet per lo sviluppatore web
* Fagioli Marvin per il desktop del farmacista e per lo sviluppatore del software.
Marvin Applet sono strumenti per la creazione di pagine web chimiche, che sono compatibili con la maggior parte dei browser (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, ecc) offrono accesso da / a JavaScript e sono personalizzabili dai parametri dell'applet.
Fagioli Marvin sono applicazioni facilmente installabili per il desktop e strumenti per l'integrazione di funzionalità di Marvin in qualsiasi applicazione Java

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• MarvinSketch:
• ricerca nel database pubblico in chemicalize.org.
• Possibilità di cambiare ordine ligando in MarvinSketch.
• Fog-effetto può essere controllato in vari modi:
• C'è un cursore nella scheda Visualizzazione della finestra delle preferenze nel Sketch / Vista GUI per impostare la forza della nebbia, effetto e una casella di controllo per disattivare la nebbia-effetto automatico.

vengono introdotti parametri
• Applet e fagioli: fogFactor, automaticFogEnabled. (Argomento del forum).
• Collegamento ad un punto di attacco gruppo non separare automaticamente il Sgroup più.
• Determinazione del contenuto di S-gruppo:. Molteplici e generici S-gruppi devono contenere l'intero sottografo tra i legami che attraversano le staffe
• Aggiornamento di contenuti S-gruppo se le posizioni delle staffe cambiano: o mensole o la struttura viene spostato
.
• embedding S-gruppo e si sovrappongono vengono controllati a controlli di coerenza molecola.
• SMARTS import supporta carboni alifatici con doppio legame (argomento del forum).
• SORRIDE import / export supporta alleni.
• Genera nome tradizionale per frammenti all'interno di un complesso più ampio (ad esempio & quot; destrometorfano bromidrato & quot;).
• Il supporto per la conversione numero CAS.
• Una migliore correzione degli errori OCR in DocumentExtractor (virgole mancanti, tipo parentesi misconosciuto, spazi aggiuntivi, ...).
• Documento Extractor sui documenti PDF ora dà il numero di pagina di colpi.
• Migliorato il supporto per nomi comuni nella struttura-a-nome e nome-struttura. Il sostegno generale per il nome delle importazioni è aumentato di circa il 5% per i comuni e il 10% per i nomi sistematici. La velocità di conversione è aumentata di circa il 20%.
• JChem e Marvin Fagioli installatori per Windows anche estrarre script di shell per Cygwin.
• Preserve gruppi exocycyclic in quadri Bemis-Murcko.
• alogena può avere più di una connessione durante l'enumerazione.
• legami aromatici sono considerati durante il calcolo del numero di doppi legami per il controllo di proprietà di omologia.
• modalità di selezione Lazo può essere impostato per essere il default in MSketchPane (argomento del forum).
• Una nuova funzione, isChiral è stato aggiunto alla TopologyAnalyzer.
• Nuovo chmical Condizioni funzioni: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfix:
• casella Nome non è stato aggiornato dopo la creazione del gruppo perché la creazione di un gruppo non ha aumentato grafico invariante count cambiamento (argomento del forum).
• applicazione MarvinSketch non capiva & quot; - {nome} & quot; parametro della riga di comando.
• Quando il Structure & gt; Trova strutturare menu online è stato richiamato sotto Linux, il browser predefinito non è stato possibile rilevare al risultato (argomento del forum) visualizzare.
• Il caricamento del file isotopes.data dalla cache java omesso se versione non compressa è stato memorizzato nella cache (cioè se la decompressione è stato eseguito automaticamente dal server web, e non da Marvin). Argomento del forum, la documentazione.
• Gli oggetti grafici non sono visualizzati nella finestra dei risultati Geometria Plugin.
• Sulla freccia elettrone-flow, la scatola blu per evidenziare è stato mancato (argomento del forum).
• per Ligand non è stata visualizzata sul patibolo, se sono stati cancellati le definizioni, anche se il & quot; Sempre & quot; opzione di visualizzazione è stato fissato per & quot; Ligand Ordini & quot; nella finestra di dialogo delle preferenze.
• Indice dell'atomo multicentrico diventato corrotto dopo l'esportazione in formato MDL Mol se è stato collegato ad un R-gruppo.
• Freccia attaccato a rettangoli è stato danneggiato durante MRV import / export (argomento del forum).
• Import di 1 lettere peptide fallito in un unico istidina (argomento del forum).
• idrogeno implicite mancavano importando da SKC.
• valore della proprietà Null di MolAtom non è stata esportata / importata in formato MRV.
• Per importare taluni SMARTS, sbagliato il tipo obbligazionario è stata determinata invece di legame singolo o aromatico.
• Alcuni parentesi importati da file Cdx disegnati in ChemDraw sono stati esposti nella direzione sbagliata.
• SMARTS esportazione:. 1-atomo singolo legame prossimo di un anello aromatico è stato esportato come unico vincolo posto del singolo / aromatico
• Esportare query con nodo di collegamento e R-gruppi in formato SMARTS erano inesatte.
• La gestione H atomo era ambigua in SMARTS espressioni.
• Mol file di commentare campo di importazione non riuscita.
• Importazione di alcuni SORRISI era sbagliato (argomento del forum).
• Se il modello contiene una parte della catena che può essere collocato nella destinazione come parte di un anello (o di un sistema ad anello) dovremmo ignorare che una parte del modello.
• Il fine con Hydrogenize possibilità di Clean3D non separare automaticamente S-gruppi (argomento del forum).
• Molecule.contractSgroups () incasinato le coordinate molecola (topic forum).
• idrogeno espliciti non sono stati adeguatamente presi in considerazione nel calcolo stereochimica Cis / Trans.
• generatore tautomer gettato ArrayIndexOutOfBoundsException in alcuni casi.
• omologia enumerazione prodotte molecole incoerenti per alcuni input VMN.
• carica errato conteggio dopo l'applicazione CovalentCounterion fixer.
• Il formato di output del registro di linea di comando StructureChecker differiva dal formato di output della procedura guidata.
• ChiralFlagErrorChecker non ha gestito correttamente chiralità. Invece di calcolare chiralità da dati di parità, ha usato una implementazione basata sul metodo isChiral di TopologyAnalyser.

Cosa c'è di nuovo in versione 5.4.0.1:

• Highlighting di flusso frecce di elettroni è stato sbagliato quando la base o il punto finale è stato un legame (argomento del forum).
• Configurazione menù Serialized non ha funzionato.
• L'indice dell'atomo multicentrico è stato creato in modo non corretto durante MDL MOLFile esportazione in caso di strutture in cui l'R-gruppo è stato collegato all'atomo multicentrico (obbligazioni variazione posizione).
• idrogeno impliciti mancavano dagli atomi dopo l'importazione o pasta di strutture in / Symyx formato Sketch (formato SKC) ISIS.
• file CDX compreso ruotati oggetti grafici esportati da vecchie versioni di ChemDraw non poteva essere importato.
• calcolo tautomero
• tautomer generico non era abbastanza unico in alcuni casi. A causa della correzione, il tautomero generico è fornito sotto forma aromatico.
• calcolo tautomer Canoncical è stata migliorata grazie alla correzione di dearomatizzazione.
• Alcune strutture con idrogeni espliciti legati legame cuneo dato un'eccezione durante tautomerizzazione generico.
• Calcolo del volume mancava cxcalc.
• Struttura Checker gettò NullPointerException invece di ignorare file di configurazione non corretta.

Cosa c'è di nuovo in versione 5.1.03.2:

• IUPAC Nome importazione: la conversione di nomi IUPAC alle strutture.
• OLE 2 supporto:. Supporto migliorato di incollare oggetti MarvinSketch in documenti di MS Office
• Termini chimiche:. Disponibili da Marvin a linea di comando, API e può essere utilizzato negli script Java (in applet)
• accelerata l'inizializzazione di MarvinSketch e MarvinView all'avvio, sia come versione autonoma, e come componente implementato in altre applicazioni.

Requisiti :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment