PANAMA

PANAMA è un modello probabilistico romanzo per tenere conto di fattori di confusione negli studi eQTL, scritto in Python.
Fattori di confondimento nascosti, come le covariate non osservate o sconosciuti perturbazioni ambientali sottili possono creare false associazioni spurie o mascherare veri segnali di associazione genetica. In contrasto con i metodi precedenti, PANAMA impara fattori nascosti in collaborazione con l'effetto di regolatori genetici importanti. Di conseguenza, questo nuovo modello può più accuratamente distinguere i veri segnali di associazione genetica dalle variazioni di confondimento.
N. Fusi, O. Stegle e ND Lawrence, "modellazione congiunta di fattori confondenti e regolatori genetici importanti offre una maggiore precisione nella genomica genetici studi", PLoS Computational Biology, 2012
Maggiori informazioni a http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python