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PyMOL è un visualizzatore molecolare, renda strumento, editore molecolare 3D sviluppato in uno spirito di RasMol e OpenRasMol e destinato per la visualizzazione di strutture chimiche 3D tra cui risoluzione atomica strutture cristallografiche di raggi X di: proteine, acidi nucleici (DNA, RNA, e tRNA) e carboidrati, nonché piccole strutture molecolari di guida farmacologici, inibitori, metaboliti, zuccheri, fosfati nucleosidici e altri leganti inclusi sali inorganici e molecole di solvente.
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