SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter è uno strumento Python grafica per interattivamente segmento pile di immagini di cellule nel tessuto con bordo etichette & nbsp (aka contorni bianchi.);. Le interazioni si basano interamente sul montaggio dei semi, che a loro volta sono ampliata con uno spartiacque algoritmo. La principale differenza tra SWS e altri strumenti è che è possibile inserire più di un seme per cella, che può aiutare a regolare i confini delle cellule difficili.
SWS è costruito sulla base di wxPython, matplotlib, NumPy, SciPy, e mahotas.
Al suo interno, si utilizza un algoritmo di spartiacque fulmineo (grazie al progetto mahotas) e permette aggiornamenti in tempo reale. Ha una semplice (se disordinato) UI ed è completamente interattivo, tra cui anche 1-livello undo.
La pubblicazione su SWS che dà tutti questi dettagli e più in Citometria Parte A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Il codice sorgente è speculare a quattro repository e PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
La pagina di Google Code ha anche alcune versioni binarie (http://code.google.com/p/seedwater/) che dovrebbe funzionare su Windows a 32 bit o 64-bit Linux, ma questi sono ormai vecchio. Si prega di utilizzare il metodo "easy_install" ora.
Per maggiori dettagli, vedere Python Istruzioni per installare 20XX.txt Si consiglia inoltre di leggere il manuale: SeedWater segmenter V xx Manual.txt
Installazione ed esecuzione
L'installazione è facile FINALMENTE!
In realtà, è ora possibile "easy_install SeedWaterSegmenter"
Brevi istruzioni:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installare Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-NumPy python-SciPy python-matplotlib python imaging python-XLRD python-xlwt
In una finestra cmd (deve essere eseguito come amministratore in Windows Vista / 7) o Terminal (Mac / Linux), eseguire:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Istruzioni dettagliate:
L'ultima versione si chiama:
"Python Installare Istruzioni agosto 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Installare Istruzioni agosto 2012.txt

Requisiti :

< li> Python