Il Spindel è un approccio alternativo per l'identificazione biologica in base alla lunghezza di RNA ribosomiale (rRNA) regioni del gene. In generale, allineamenti di rRNA primaria sequenze di geni di specie diverse regioni mostrano alternati di conservazione nucleotidi e di variazione, sia in termini di sostituzioni nucleotidiche (comunemente chiamato "SNPs") e inserzione / delezione (INDEL) eventi. La presenza di indels risultati in sequenze di diversa lunghezza e presenta lacune del allineamento, in genere indicati con un trattino "-".
Il nostro concetto di identificazione biologica utilizza sequenze geniche rRNA come segue: regioni conservate sono utilizzati per definire segmenti variabile ("SPINDEL regioni ipervariabili") in cui una combinazione di lunghezze sequenza è caratteristica di ogni specie (un "profilo Spindel"). Così, ogni specie possono essere definiti da un profilo numerico univoco.
In teoria, un sondaggio di soli 6 regioni ipervariabili con 20 alleli ciascuno (o 11 regioni con 5 alleli ciascuno) è sufficiente per discriminare tutte le specie eucariotiche sulla Terra, che si stima essere tra i 5 ei 15 milioni di numero. In pratica, Spindel è in grado di discriminare 93,3% delle specie eucariotiche con bassa variabilità intraspecifica e alta risoluzione filogenetica.
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