STEPS

STEPS è un pacchetto per la simulazione stocastica esatto di sistemi di reazione-diffusione in geometrie 3D complesse arbitrariamente. L'algoritmo di simulazione nucleo è un'implementazione di SSA di Gillespie, esteso per affrontare diffusione delle molecole sugli elementi di una mesh tetraedrica 3D.
Mentre è stato sviluppato principalmente per la simulazione di modelli dettagliati di vie di segnalazione neuronali in dendriti e intorno sinapsi, è uno strumento generale e può essere utilizzato per studiare qualsiasi percorso biochimico in cui gradienti spaziali e la morfologia sono pensati per svolgere un ruolo.
Abbiamo implementato PASSI come un insieme di moduli Python, il che significa che gli utenti possono utilizzare PASSI script Python per controllare tutti gli aspetti della creazione del modello, generando una rete, controllare la simulazione e la generazione e l'analisi di output. Le routine computazionali di base sono ancora implementati come C / C ++ moduli di estensione per la velocità massima di esecuzione.
. PASSI è distribuito sotto licenza GPL v3

Requisiti :

• Python