Il gioco si svolge in località tropicale di Isle Delfino, che ha la forma di un delfino e comprende dieci percorsi primari. L'isola è abitata principalmente dalle razze Piantas e Nokis. Delfino Plaza è la capitale della Isola Delfino e snodo principale del gioco. Mario stabilisce per Isola Delfino per una vacanza con la Principessa Peach, il suo lungo tempo steward Toadsworth, e alcuni altri rospi, sperando per una vacanza rilassante. All'arrivo, scoprono che l'isola una volta incontaminata è stata inquinata e intonacata con graffiti. Come risultato di questo inquinamento, oggetti a forma di sole chiamate "Sprites Shine", le fonti dell'isola di potere, sono scomparsi, e l'isola è coperta in un'ombra perpetua. Il colpevole visto diffondere i graffiti è travestito da Mario (denominato "Mario Ombra"). Mario viene prontamente arrestato mentre arriva, falsamente accusato di atti vandalici contro l'isola. Egli è processato, giudicato colpevole, e ha ordinato di ripulire i graffiti e recuperare i Sprites lustro. Per aiutare con la pulizia, Mario trova Fludd, un potente cannone ad acqua che viene toted come uno zaino. Mario si mette in un'avventura per cancellare il suo nome e individuare il vero criminale, durante il ripristino tranquillità e l'ordine di Isola Delfino.
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