Software screenshot:
Dettagli del software:
Versione: 1.5.13 Aggiornato
Data di caricamento: 26 Apr 16
Sviluppatore: The CDK Project
Licenza: Libero
Popolarità: 196
Il kit di sviluppo di Chimica (noto anche come CDK) è una piattaforma indipendente, liberamente distribuito e software libreria open source implementato in Java e progettato appositamente per la bioinformatica strutturale, cheminformatics e chimica computazionale.
Il progetto si compone di diversi algoritmi e strutture dati utili su misura specificamente per i programmatori che vogliono risparmiare un sacco di tempo e fatica riutilizzando il codice. Il Chemistry Development Kit non è progettato per essere utilizzato da utenti finali.
Caratteristiche principali
Le caratteristiche principali includono il supporto per la lettura e la scrittura di formati di dati chimici, il supporto per il rendering strutture chimiche, il supporto per QSAR (Quantitative Structure & ndash; l'attività di relazione). Descrittori, così come gli algoritmi integrati per sostenere la teoria dei grafi chimica
Per la vostra comodità, l'applicazione è distribuita come binari precompilati nel formato di file JAR. Per usarlo nel progetto, è sufficiente scaricare l'ultima versione stabile dal Softoware utilizzando il link qui sopra, dove è anche possibile trovare il programma & rsquo;. S archivio dei sorgenti
I programmatori potranno trovare informazioni dettagliate su come compilare il programma da fonti, come eseguire vari test, come pure come usarlo in altri programmi nel file Readme.txt che si trova all'interno del archivio tar.gz.
Sotto il cofano e supportati sistemi operativi
Dando uno sguardo sotto il cofano del CDK software (Chemistry Development Kit), possiamo dire che è stato scritto interamente in linguaggio di programmazione Java.
Al momento, è completamente compatibile con 32 bit ea 64 bit sapori della GNU / Linux, Microsoft Windows e sistemi operativi Mac OS X. Tuttavia, dovrebbe funzionare su qualsiasi sistema operativo supportato dal Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; e Java Development Kit (JDK) & nbsp; tecnologie
Cosa c'è di nuovo in questa versione:
- l'accusa formale del IAtomcontainer è trasferito a IMolecularFormula
- bug 2787332 La vecchia matrice legame nel calcolo carica Gasteiger è stato impostato su
- Aggiornamento per risolvere bug 2788357 SMARTSQueryTool ora cattura TokenMgrError nella costru
- Aggiunto nuovo taglet per elaborare cdk.githash tag e link di Javadocs a fonti di Git repo
- tag cdk.svnrev Aggiornato al cdk.githash tag
- Bug_2787332. Test aggiunto per la molecola Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Rimosso codice renderer obsoleto: o uso CDK-1.0.x o jchempaint-primaria
- prova aggiunto per errore 2786624 nella suite di test parser
- Aggiunti link alla pagine PMD
- Aggiunto link per statistiche JUnit
- elenco delle classi di inserimento nel modulo, con link a notte @ Pele
- Aggiunto impostato per la creazione di pagine modulo HTML
- Aggiunto impostato per la creazione di pagine modulo HTML
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.5.10:
- L'accusa formale del IAtomcontainer è trasferito a IMolecularFormula
- bug 2787332 La vecchia matrice legame nel calcolo carica Gasteiger è stato impostato su
- Aggiornamento per risolvere bug 2788357 SMARTSQueryTool ora cattura TokenMgrError nella costru
- Aggiunto nuovo taglet per elaborare cdk.githash tag e link di Javadocs a fonti di Git repo
- tag cdk.svnrev Aggiornato al cdk.githash tag
- Bug_2787332. Test aggiunto per la molecola Triclosan (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Rimosso codice renderer obsoleto: o uso CDK-1.0.x o jchempaint-primaria
- prova aggiunto per errore 2786624 nella suite di test parser
- Aggiunti link alla pagine PMD
- Aggiunto link per statistiche JUnit
- elenco delle classi di inserimento nel modulo, con link a notte @ Pele
- Aggiunto impostato per la creazione di pagine modulo HTML
- Aggiunto impostato per la creazione di pagine modulo HTML
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.2.2:
- collegamenti fissi. Non ottimale, in quanto il percorso è ancora codificato a una singola istanza notte, ma non abbiamo il quadro XML ancora per riassumere le cose su tutte le nightly (in esecuzione
- numero di versione aggiornata
- Prova aggiunta per assicurare IAtomContainers non sono nascosto in via IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- sovrascritti addAtomContainer (IAtomContainer, doppio) troppo, per lanciare un IllegalArgumentException quando è passato un non-IMolecule
- Ora lancia un IllegalArgumentException quando si cerca di memorizzare un IAtomContainer che non è un IMolecule
- Aggiunto unit test per # 2784182
- nuovo test con reserpina
- taglets aggiunto per infilare la sicurezza
- Con un atomo o meno, si definiscono da collegare, in quanto non vi è alcuna partizione necessario (correzioni # 2.784.209, NullPointerException su IAtomContainer senza atomi)
- Aggiunto unit test per il bug # 2784209 che attualmente non riesce
- Più rimozione di nomi di pacchetti esplicito org.openscience.cdk: getta clausole
- Più rimozione di nomi di pacchetti esplicito org.openscience.cdk
- Più rimozione di nomi espliciti pacchetti org.openscience.cdk: per il nuovo org.openscience.cdk.Foo () chiama
- Rimosso org.openscience.cdk.interfaces esplicite pacchetti nomi (correzioni # 2.783.549)
- Rimosso nomi dei pacchetti espliciti, a favore delle importazioni, per org.openscience.cdk nel modulo datadebug (correzioni # 2.783.549)
- Rimosso nomi dei pacchetti espliciti, a favore delle importazioni, per org.openscience.cdk nel modulo di dati (correzioni # 2.783.549)
- breakout di opzione ricorsione su AllRingsFinder
- Estrazione dalla formula elementare stringa di carica.
- Estrazione dalla formula elementare stringa di carica.
- Regolatore della massa quando è fuori del campo
- Aggiornamento per aggiungere in modo intelligente H di un PLANAR3 N, correzioni di bug 2.781.199
- banco di prova aggiunto per bug 2781199
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora includono l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora include l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora include l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora include l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora include l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- chiama a CDKException costruttore realizzato all'interno di un blocco catch ora include l'eccezione radice di conservare traccia dello stack
- Aggiunto un test di unità per garantire campi SD vengono letti per tutte le molecole
- dividere test
- nuovi file
- più test per la LMC lettura
- Aggiunto unit test per # 1848591: quadro Murcko errato
- Cast fisso, rimuovere ridondante nome completo del pacchetto
- Aggiunto unit test per # 2692107
- errore di battitura fisso: mancante 's'
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.2.1:
- Corretto il bug 2.714.283, che getta correttamente un'eccezione quando anelli non sono chiusi correttamente. Se un anello non è chiuso con il numero di anello del caso, InvalidSmilesException è gettato. Corrisponde comportamento Daylight
- bug 2729120 e unit test aggiunto
- Commento aggiornamento per correggere bug 2.768.643.
- fix per il bug parziale 2719237. made getBondOrderSum, unit test aggiunto statica per esso
- Typo: proteinl - & gt; proteine
- made public class, per Unbreak aggiungendolo alla build / *. JavaFiles
- SMARTS parzialmente fisse di corrispondenza per R0. Aggiornato inizializzazione molecola bersaglio per indicare in modo esplicito gli atomi non in un anello e Atom RingMembership anche aggiornato per fare un controllo esplicito quando viene specificato R0. corregge parzialmente bug 2587204
- fissi test di uguaglianza dubbia. Un metodo privato stava controllando gli oggetti doppi via di riferimento. Ha funzionato bene quando erano nulli. Non riesce quando abbiamo bisogno di confrontare per valore. Codice viene aggiornato per tenerne conto. Aggiunta unit test (realizzando il metodo protetto in modo che possa essere testato)
- metodo di prova Aggiunto annotazione. Completa la copertura per il modulo dati
- ChiIndexUtils riscritta per renderlo pacchetto privato. Pulisce API pubblica, dal momento che viene utilizzato solo dal codice descrittore di chi. Aggiornato tutte le classi dipendenti. codice di prova Mosso (che deve essere compilato!) così
- il codice di pulitura di ChiIndexUtils. Convertito in 1,5 idiomi
- pulizia del PathTools e ha aggiunto metodo di prova di annotazione, in modo che il nucleo è completamente coperto
- fissi precedente impegnano a modificare la riga cdk.keyword, non la linea cdk.module
- Parole chiave più consistenti utilizzati
- Aggiunto un test per assicurarsi che gli oggetti interi sono confrontati per valore piuttosto che di riferimento
- Aggiunto un banco di prova per verificare che le diff container atom siano corretti quando si utilizzano oggetti deserializzata
- fissi IntegerDifference in modo che in realtà controlla il valore intero, piuttosto che i riferimenti dell'oggetto Integer. Risolve il problema per cui un oggetto serializzato su disco e quindi deserializzato non corrisponde l'oggetto originale (vale a dire, stringa diff non vuota)
- Applied cerotto # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch per aggiungere un removeReaction a reactionSet
- Usa interfaccia invece di implementazione
- Rimosso un import inutilizzato
- Usa IAtomContainer invece di IMolecule, come l'abbinamento reale è già utilizzando IAtomContainers (correzioni # 2.686.249)
- È stato risolto un ClassCastException (correzioni # 2.685.134)
- Aggiunto attrib fonte per risolvere la costruzione del Ubuntu .deb
- sistema di build Aiuto fissa: usare vasi doclet in develjar /; aggiornato per nuova cartella src src / main; rimosso uso molto vecchio di rt.jar
- libdepends rimossi comprendono per test-ioformats, che in realtà non ha libdepends
- aggiornato in modo che, se un atomo di destinazione ha nessun simbolo (come atomi pseudo) la partita restituisce false (piuttosto che un NPE)
- fissi corretta gestione dei #n SMARTS querys
- banco di prova aggiunto per bug 2686473
- nota Aggiunto il 1.7.1 Ant richiesto
- fissi una fonte NPE: 'null == 2' causa un'eccezione, quindi primo test per nullness
- copyright fissa per il 2009
- fissi stoccaggio duplicato di modelli di layout, che appartengono solo nel modulo SDG, non modulo aggiuntivo troppo
- Unisci ramo 'local1.2' di ../../ git-svn / CDK
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.2.0:
- corregge alcuni SMARTS parsing problema, uso di due simboli -Lettera e IPseudoAtom nel fingerprinter, e aggiunge 4 nuove definizioni di tipo atomo, per lo iodio e zolfo.
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.1.5:.
- Per lo più correzioni di bug
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.1.4:.
- Per lo più piccole correzioni
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.1.1:
- correzioni di bug per lo più piccole e il codice generale ripulire.
Cosa c'è di nuovo nella versione 1.1.0:.
- Molte, molte modifiche
Requisiti :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
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