ZOOM Lite

ZOOM Lite è una mappatura dei dati di sequenziamento e la visualizzazione software di nuova generazione. Genomi di input degli utenti di riferimento e Illumina / Solexa breve legge i file o AB spazio colore solido legge file in vari formati, come * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta ecc ZOOM uscite i risultati della mappatura di questi brevi legge sulla sequenza di riferimento. ZOOM Lite ha un kernel rapida e precisa mappatura sulla base di una teoria più distanziati semi di nuova concezione. Entrambi single-end e in coppia-end legge di varie lunghezze da 15bp a 240bp può essere gestito. Sono ammessi un numero qualsiasi di mismatch e una inserzione / delezione di varie lunghezze tra la lettura e la sua regione di destinazione sulla sequenza di riferimento. Risultati Unicamente mappati o migliori (top N) risultati per ogni lettura saranno riportati secondo le discordanze minime e lunghezza indel. Punteggi di qualità sono utilizzati per migliorare la precisione di mappatura. Basato sul kernel di mappatura, ZOOM Lite permette agli utenti di caricare i dati di lettura dei dati locali e sequenza di riferimento, selezionare i parametri corretti, i dati di processo ad alto volume in parallelo tra un massimo di quattro CPU, monitorare le attività in esecuzione, memorizzare i risultati della mappatura, visualizzare i grafici di risultati della mappatura e risultati della mappatura di output in entrambi * .BED o * formati di file .GFF per un ulteriore rilievo con le informazioni sul percorso del browser UCSC. Risultati di mapping possono essere visualizzate in qualsiasi scala desiderata, dal grafico di profondità di lettura su un intero cromosoma allineamenti dettagliate sequenze tra legge e la sequenza di riferimento. Gli utenti facilmente navigare verso le regioni di interesse semplicemente tramite clic e trascinare o scorrimento. ZOOM Lite è un derivato del software ZOOM Studio

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

La versione 1.5 include formato SAM esportazione, architettura regolare, migliore ottimizzazione del codice, più piccolo programma di formato binario, e aggiornato engining dabase per migliorare le prestazioni.