NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit offre gratis, portatili, le biblioteche di dominio pubblico senza restrizioni d'uso. Funziona su Unix, MS Windows, Mac OS e piattaforme:
ย ท Networking e Interprocess Communication (IPC) biblioteca con adattatori iostream
ย ท libreria di multithreading
ย ท CGI e Fast-CGI Biblioteca
ย ท Biblioteca HTML Generation
ย ท SQL Access Database Biblioteca
ย ท libreria C ++ wrapper per BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adattatore / libreria wrapper
ย ท GZIP e BZ2 C ++ Wrapper Biblioteca con adattatori iostream
ย ท ASN.1 e Biblioteca serializzazione XML con C ++ Codice Generator Tool (DataTool)
ย ท Data e ora Biblioteca
ย ท File Function Library System
ย ท riga di comando argomento, configurazione e all'ambiente Biblioteca
ย ท Sequence Alignment Algoritmi Biblioteca
ย ท Biblioteca BLAST Engine
ย ท biologica Sequenze recupero e l'elaborazione Biblioteca
ย ท librerie FLTK portatile e OpenGL GUI based e grafica
Oltre a quanto sopra, ci sono un bel po 'le biblioteche più utili, sia per uso generale e biotech correlati, che sono costantemente sviluppato, mantenuto e utilizzato nella produzione di vita reale da centinaia di web e applicazioni standalone e loro programmatori (conteggiato anche in centinaia).
Se sei uno sviluppatore C ++ si trova la natura portatile delle librerie molto utili nella creazione di applicazioni multipiattaforma, anche se non si ha molto interesse in Bioinformatica. Le biblioteche, come quelle per la CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, Accesso SQL Database, ASN.1 e serializzazione XML sono finalità molto generale e possono essere utilizzati in una vasta gamma di applicazioni al di fuori del dominio del problema Bioinformatica.
Il C ++ Toolkit subisce sviluppo attivo con le biblioteche costruite ogni notte. Il codice sorgente è liberamente disponibile tramite FTP e CVS. La documentazione per il Toolkit C ++ è disponibile online in formato NCBI Bookshelf e anche libro come scaricabile in formato di Acrobat PDF

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• HIGHLIGHTS:
• Aggiunto LDS2 (Local v.2 Data Storage) che si basa su SQLite3, ha nuove funzionalità e migliori prestazioni. Implementato anche dati loader LDS2 utilizzare LDS2 dal Manager Oggetti.
• XmlWrapp -questo conveniente API manipolazione XML è stato in gran parte finito (e anche lucidato).
• Implementato tunneling e l'autorizzazione delle connessioni HTTP tunneling e di prese sicure, attraverso proxy HTTP.
• CFormatGuess consente ora distinguere tra GTF, GFF3, e GFF2. Si tratta di un cambiamento forse rompersi. Per maggiori dettagli vedi sotto.
• parti principali implementati del CFeatTree, la classe di organizzare funzioni definite su una sequenza biologica in una gerarchia che riflette la loro relazioni padre-figlio (basate sulle funzionalità sottotipi).
• CORELIB:
• conversione locale indipendente Implementato di stringa per raddoppiare e indietro; librerie di base modificati per usarlo.
• NSTR :: Justify () - per la formattazione dei paragrafi di testo
.
• CNcbiApplication - fanno FindProgramExecutablePath statico, e più robusto; aggiungere un metodo GetAppName livello superiore statica. Cercare i file di configurazione globali in più casi.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nuovo metodo di esporre la logica che determina quale file (se presente) per caricare
• CEnvironmentCleaner -. Nuova classe di scartare le variabili d'ambiente indesiderato
• CFileIO - torna al comportamento originale:. Non chiudere l'handle di file se è assegnato tramite SetFileHandle ()
• SERIAL:
• la serializzazione di oggetti dati AnyContent - fissata per riconoscere e adeguatamente processo attributi nei loro valori
.
• Corretta la lettura dei dati XML da assegnare a un valore predefinito elemento quando non ha contenuto.
• Aggiunto il supporto per le sequenze di elementi, dove l'elemento ha un valore di default.
• DataTool:
• generazione codice corretto di:
• oggetti dati SCELTA;
• tipi di dati binari con attributi.
• conversione Corretto dei valori doppi tipo di preservare le cifre più significative.
• CONNECT:
• opzione socket keepalive Aggiunto (fSOCK_KeepAlive).
• Aggiunto NCBI test di connettività (CConnTest).
• Utility:
• g_FindDataFile -. Nuova funzione per individuare i file di dati in (configurabile) posizioni standard
• CChecksumStreamWriter -. Nuova classe per calcolare checksum dei dati scritti in un flusso
• g_GZip_ScanForChunks () - nuova API, per interrogare le posizioni flusso compresso. Aggiunto implementazione per ottenere posizioni per gzip-files separati all'interno del file gzip concatenati.
• streaming Aggiunto compressione / decompressione manipolatori (includono / util / comprimere / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) aggiornato, con un cambiamento forse rompersi. Lo scopo di questo è di permettere CFormatGuess distinguere tra GTF, GFF3 e GFF2. Attualmente grumi tutti questi formati in un unico valore 'EGTF'. Il valore vecchio 'EGTF' (3) è stato sostituito con 'eGtf_POISONED', e non sarà restituito di nuovo. Il nuovo valore per 'EGTF' (21) significa un file che deve essere letto con CGtfReader (objtools / lettori / gtf_reader.hpp). Il nuovo valore 'eGff3' (22) è per i file fatte per essere lette con CGff3Reader (objtools / lettori / gff3_reader.hpp), e 'eGff2' (24) è per i file fatto per essere letto con CGff2Reader (include / objtools / lettori /gff2_reader.hpp)
• BIO-OGGETTI:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nuovo metodo per aiutare posto sequenze importati da file FASTA con specifiche media a più contesto; avvolto da CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (pure nuovo).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Attuare o migliorare il riconoscimento di più prefissi (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, e IAA-IZZ, alcuni dei quali corrispondono alla nuova possibilità di DDBJ TPA dati WGS) e-nei misti TPA adesioni di proteine ​​(per lo più da EMBL, ma alcuni di GenBank troppo).
• Distinguere WGS maestri adesioni per un nuovo bit bandiera. Relax troppo rigorosa logica di riconoscimento PDB.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. La nuova funzionalità per lavorare con gli identificatori di sequenza testo semplice, presi fuori CFastaReader e generalizzati un po '
• SSeqIdRange - Nuovo tipo (completo di parser e on-the-fly & quot; iterator & quot;) per lavorare con campi Seq-id, come presente in alcuni modificatori di origine FASTA Defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Opzionalmente accettare titoli personalizzati per le singole sequenze. Tag range negativo filamento con i principali 'c della.

.
• CFastaReader - Supporto range negativo-strand e sintassi gap compatto Defline stile di paillettes (?? & Quot; & gt; N & quot; dove N è un numero, o & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALTO:
• -num_domain_hits Aggiunta l'opzione della riga di comando che limita il numero di domini conservati per sequenza utilizzata nel calcolo dei vincoli di allineamento.
• alberi filogenetici:
• aggiunta un'interfaccia di più alto livello per calcolare l'albero filogenetico da allineamenti di sequenza (ad esempio BLAST e risultati cobalto). Classe CPhyTreeCalc calcola albero filogenetico, e CPhyTreeFormater stampa l'albero in formato Newick e Nexus.

BIBLIOTECHE
• BIO-OGGETTO:
• CheckNumRows implementati () e altre metodologie per allineamenti sparsi.
• Per ridurre l'impronta di memoria: aggiunto ganci leggere per ridurre la memoria utilizzata da allineamenti dopo la deserializzazione; Na-strand ora utilizza un byte di memoria, ove possibile; Scelta Score.value è ora integrato in CScore.
• Capitalizzare l'adesione in CSeq_id :: getLabel ().
• BIO-OGGETTO MANAGER:
• metodi getter Aggiunto per i campi booleani in CTableFieldHandle.
• Aggiunto GetBestGeneForFeat () sulla base di CFeatTree.
• Implementata GetBestOverlappingFeat () su CFeatTree.
• Aggiunto veloce Cscope :: GetTaxid ().
• Implementato carico alla rinfusa per acc / ver, gi, etichetta, e taxid.
• Aggiunto lacune lunghezza zero controllano CSeqMap e CSeqVector.
• Implementata GetLength () e GetCoverage () per le posizioni obbligazionarie.
• Miglioramenti:
• metodo di supporto aggiunta per riempire CFeatTree sul posto.
• accelerato mappatura dei semplici luoghi CSeq_loc_mix in CFeat_CI.
• severa cernita di caratteristiche CFeat_CI per evitare ambiguità.
• getter CSeq_feat_Handle ora lavorare con Seq-tavolo dispone di troppo.
• caratteristiche Seq-tavolo ora supportano campi utente multi-livello.
• Non Seq-Feat Seq-tavoli sono ormai riconosciute anche se si trova in blocco diviso.
• accelerato CBioseq_Handle :: AddId ().
• Ottimizzato Cscope :: AttachXxx ().
• Supporto scissione nome di annotazione.
• CSeqVector e di CSeqVector_CI CanGetRange () ora restituiscono falso invece di lanciare un'eccezione.
• Consenti per specificare come trattare con maniglie esistenti in ResetHistory ().
• Ottimizzato ri-genitorialità se più caratteristiche sono aggiunte a CFeatTree.
• Aggiunta la possibilità di eseguire il debug Cscope creazione / eliminazione.
• Molte modifiche alle funzionalità di pulizia il C ++ di imitare la funzionalità di pulizia che già esiste in C. C'è ancora molto lavoro da fare con BasicCleanup, ma sono stati fatti progressi significativi. Poco è stato fatto per ExtendedCleanup come ancora.
• CSeq_loc_Mapper può essere inizializzato con un GC-Assembly.
• Correzioni di bug:
• mappatura fisso di posizioni mix sul filo meno in CFeat_CI.
• Molte correzioni in modo CFeatTree collega funzioni.
• Diverse correzioni filo-sicurezza.
• typo fissa prevenire l'aggiunta allinea e grafici per CSeq_annot_EditHandle.
• Salvaguardia contro eccezioni durante l'ordinamento caratteristiche in CFeat_CI.
• GENBANK CARICATORE DATA:
• Registrato HPRD annotazioni esterni.
• aggiunta opzionale param exclude_wgs_master in lettori pubseqos / pubseqos2.
• Implementato carico alla rinfusa per acc / ver, gi, etichetta, e taxid.
• Aggiunto CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Improvement:
• Uso di massa richieste di carico in Cscope :: GetBioseqHandles ().
• statistiche lettori separati per tipo di blob caricati.
• aggiunta timestamp per i messaggi di debug GenBank.
• Usa IConnValidator per l'apertura di collegamenti PubSeqOS.
• Aggiunto split-versione per le richieste e le sottochiavi chunk chunk nella cache GenBank per evitare l'uso di blocchi errati quando lo stato blob divisione viene modificato in ID.
• Aggiunto secondarie nomi param meno confusione per i timeout aperto.
• Non moltiplicare riprovare conteggio dal numero di connessioni.
• PROVA OGGETTO MANAGER E DEMO APPLICAZIONI:
• id2_fetch_simple -. Aggiunto opzioni -ID per arbitrarie Seq-id
• test_bulkinfo -. Nuova applicazione di test
• FASTA:
• funzionalità tavolo televisivo C ++ è stato reso più funzionale, come per una parte del progetto Bankit.
• asn2flat utility
• numero enorme di modifiche flatfile formattatore per renderla molto più vicino di stato a rilasciare-ready (eventualmente rilasciare pronti a questo punto, anche se permangono alcuni problemi relativamente minori).
• XMLWRAPP:
• fissi segmentation fault in caso di prendere un riferimento a un'espressione XPath esecuzione risultati.
• Aggiunto aiutanti per ottenere ID pubblico, ID sistema e il nome DTD per sottoinsiemi esterni e interni.
• metodi aggiunto ai Lookup attributi nodo.
• esecuzione fisso di espressione XPath:. Ora inizia dal nodo dato
• fissi ricerca attributi (compresi i default) quando un namespace è fornito.
• Aggiunta la possibilità di eseguire l'espressione XPath, senza necessità di registrarsi namespace esplicito.
• Aggiunta la possibilità di fornire i contenitori per la raccolta di errori e avvisi durante l'analisi di documenti.
• Aggiunta la possibilità di modificare i valori e gli spazi dei nomi degli attributi di default del nodo.
• Aggiunta la possibilità di verificare se un attributo è di default.
• Aggiunta la possibilità di inserire o rimuovere gli attributi, tenendo conto delle loro namespace.
• Aggiunta la possibilità di spogliare dichiarazione XML quando un documento viene salvato.
• WindowMasker:
• Aggiunto un nuovo formato di input, & quot; & quot ;; seqids con questo formato di input, l'input è un file che contiene un ID sequenza su ogni linea, e l'algoritmo utilizza il Gestore Bio-Object per cercare le sequenze.
• Aggiunta una nuova classe CWinMaskConfig, per la memorizzazione di tutti i parametri di configurazione WindowMasker. La classe può essere utilizzato per aggiungere gli argomenti della riga di comando necessari per CArgDescriptions, e quindi ottenere i parametri di configurazione dagli argomenti della riga di comando.
• BUILD QUADRO (UNIX):
• Interpreta specifiche della riga di comando di APP_PROJ o LIB_PROJ come spunto per cancellare altri * impostazioni _PROJ non anche fornito lì. (Richiede GNU Make,. Costruisce con sole fanno continuano a lavorare come prima)
• Alimentazione più bersagli in sottodirectory:. * _F (Con makefiles locali piatte prodotte su richiesta, dipendenze ignorando su altre parti della pianta), * _fd (avvolgono il livello superiore Makefile.flat), clean_sources e purge_sources
• Configura e gli script di convenienza (compilatori / unix / * sh.):
• Notevoli nuova bandiera --without-3psw -. A non utilizzare con qualsiasi software di terze parti
• Aggiunto un controllo per Glew.
• migliorati i controlli per Boost e OpenGL.
• Supporto specificando percorsi eseguito su Darwin (Mac) sistemi con toolchain moderni.
• BLAST:
• On Darwin (Mac OS X), costruire solo per processori Intel, anche in altro modo universale costruisce a causa di una limitazione PowerPC toolchain.
• Aggiunto il supporto per il recupero di NCBI tassonomia ID per i quali il sostegno WindowMasker è disponibile.
• Lasciare che la specifica di una sequenza di query con più file allineamento di sequenze in psiblast.
• Aggiunto il database di supporto hard-mascheramento.
• aggiunta del database soft-maschera per le ricerche tradotti.
• Aggiunto il supporto per BTOP (operazioni BLAST traceback) e query e la lunghezza soggetto nel report tabellare.
• applicazioni a riga di comando - consentono psiblast alla ricerca più query, ha aggiunto -input_type opzionale makeblastdb
• Consenti l'uso delle migliori hit e XML in modalità blast2sequences.
• Miglioramento delle prestazioni di formattazione per le ricerche in remoto.
• makembindex può ora costruire indice Megablast mascherato direttamente da un database BLAST nucleotide utilizzando le informazioni di mascheramento memorizzate nel database BLAST. Questo si ottiene nuova -db_mask opzione di riga di comando per makembindex. L'opzione accetta l'id integer dell'algoritmo filtraggio supportata dal database BLAST. L'opzione può essere applicata solo in combinazione con -iformat blastdb.
• Per assistere un utente a scoprire gli ID numerici di algoritmi di filtraggio supportati da un database BLAST, i -show_filters bandiera è introdotto. Applicando la bandiera con -iformat blastdb e database BLAST come input provoca makembindex per produrre una lista di algoritmi di filtraggio disponibili e uscire.
• APPLICAZIONI NetCache:
• NetCache viene rielaborato per includere le seguenti caratteristiche:
• una migliore gestione dello spazio su disco;
• lavoro lock-meno con macchie, delle versioni viene usato al posto;
• ascolto multi-port e le impostazioni per-client differenziare.
• NetCache e iCache API:
• Usa Uint8 ovunque per dimensione blob.
• Consenti recupero blob parziale.
• Introdotto protezione blob parola; password vuote sono trattati come nessuna password.
• API nodo dei lavoratori:
• Nuovo parametro per terminare il nodo lavoratore se il suo consumo di memoria supera il limite specificato (parametro & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nuovo parametro per terminare il nodo lavoratore se il suo tempo di esecuzione supera il limite specificato (parametro & quot; total_time_limit & quot;)
.
• APPLICAZIONI GRID:
• netscheduled
• Risoluzione di un errore che ha causato alcuna risposta al comando di eliminazione della coda.
• remote_app
• Nuovo parametro di configurazione (& quot; tmp_dir & quot;). Per controllare come temporanea viene generato il nome della directory - per ridurre la lunghezza
• Accedere errore di scrittura blob.
• netcache_control
• Consenti recupero blob parziale.
• Nuovo -remove comando per eliminare macchie dai loro id.
• Nuovo parametro -auth per specificare stringa di autenticazione da usare.
• Nuovi comandi -reconf e -reinit agli amministratori NetCache.
• netschedule_control
• modalità di compatibilità ha permesso di fare il lavoro netschedule_control con i nodi dei lavoratori più anziani.
• cgi2rcgi.cgi
• Non creare un NetCache blob vuota come segnaposto per il messaggio di avanzamento.
• errori Log griglia che vengono segnalati all'utente.
• Lasciare spazi nel parametro ID lavoro.
• Supporto uscita delle informazioni di stato del lavoro in formato JSON.
• Consenti modelli HTML personalizzato da definire per gli errori GRID e altri eventi.
• Inserito no-cache header HTTP per evitare il caching dei risultati intermedi.
• ncfetch.cgi
• Nuovo parametro per accedere blob protetti da password.
• Interpreta parametro & quot supplementare; filename & quot; come un nome di file per il file scaricato.

Cosa c'è di nuovo in versione 31 DICEMBRE 2008:

• Questa versione aggiunge un metodo per calcolare specifici colonna pseudocounts in PSI-BLAST.
• E refactors biblioteca servizi di rete.
• Aggiunge framework di unit test e registrazione degli errori per tutte le classi API File.
• Si fissa il supporto pthread su IRIX. Si migliora il supporto di serializzazione XML.
• Fissa il supporto per Sybase.
• Aggiunge il supporto per tabelle di ricerca più piccoli per le piccole query.
• Si aggiunge una API per recuperare le statistiche caricatore GenBank.
• E 'assortiti altri miglioramenti, incrementi nella velocità, e correzioni di bug.