Genome-wide mRNA profiling fornisce un'istantanea dello stato globale delle cellule in condizioni diverse. Tuttavia, i livelli di mRNA non forniscono comprensione diretta dei meccanismi di regolazione a monte. Expression2Kinases (X2K) è un nuovo approccio per identificare le autorità di regolamentazione a monte probabilmente responsabili dei cambiamenti osservati nell'espressione genica su scala genomica. Integrando ChIP-seq / chip e posizione-peso-matrici (PWM) di dati, le interazioni proteina-proteina, e le reazioni di fosforilazione della chinasi-substrato X2K può essere utilizzato per identificare meccanismi di regolazione a monte delle differenze a livello di genoma nell'espressione genica. L'idea è quella di dedurre prima i fattori di trascrizione più probabili che regolano le differenze di espressione genica, quindi utilizzare le interazioni proteina-proteina per collegare i fattori di trascrizione identificati utilizzando proteine addizionali per la creazione di sottoreti normativi trascrizionali incentrati su questi fattori, e, infine, utilizzare chinasi-substrato Le reazioni di fosforilazione di proteine, per identificare e rango candidati proteina-chinasi che molto probabilmente regolano la formazione dei complessi trascrizionali identificati. X2K contiene anche strumenti per eseguire gene-list analizza arricchimento e prevedere i farmaci che possono invertire o aggravare cambiamenti nell'espressione genica. . L'approccio X2K può avanzare la nostra comprensione della segnalazione cellulare e svelare i meccanismi d'azione droga
Requisiti
Java Runtime Environment 6.0
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