mpiBLAST è un'implementazione parallelo basato MPI di NCBI BLAST. Il progetto consiste in un paio di programmi che sostituiscono formatdb e blastall con le versioni che eseguono lavori BLAST in parallelo su un cluster di computer con MPI installate. Ci sono due vantaggi principali di utilizzare mpiBLAST contro BLAST tradizionale.
In primo luogo, mpiBLAST divide il database su ogni nodo del cluster. Poiché segmento di ciascun nodo del database è più piccolo di solito può risiedere nel buffer-cache, producendo un aumento di velocità significativo per l'eliminazione di disco I / O. In secondo luogo, consente agli utenti BLAST di usufruire di efficienti, a basso costo cluster Beowulf perché esigenze di comunicazione interprocessor sono bassi.
mpiBLAST raggiunge speedup super-lineare, in situazioni in cui il database è troppo grande per entrare nella memoria RAM, e nei pressi di aumento di velocità lineare in altre situazioni. Non richiede un gruppo specifico.
Requisiti:
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