Pathomx (ex MetaPath) è un software di grafica open source realizzato in IPython, Qt e PyQt, progettato dalla terra fino a agire come un programma di utilità interattivo per la visualizzazione e l'analisi dei dati metabolici sotto GNU / Linux e altri POSIX & nbsp; operativo sistemi. Inizialmente è stato progettato per essere utilizzato per il trattamento di metabolomica data.Features a una funzionalità glanceKey includere il supporto per l'importazione e l'esportazione di NMR (Risonanza Magnetica Nucleare) di dati, l'elaborazione spettri, tra cui la normalizzazione, binning e l'allineamento, così come la visualizzazione via metabolica e minerario. Potrai anche essere in grado di importare i dati genomici e metabolomica attraverso vari percorsi per la visualizzazione su percorsi specifici.
Diverse le annotazioni di database MetaCyc sono inclusi anche nell'applicazione Pathomx, tra i quali possiamo citare i collegamenti di database di unificazione, sinonimi, così come i percorsi associati e reazioni. Si prega di notare che il database MetaCyc deriva dalla API pubblica.
L'applicazione utilizza il potente database di MetaCyc per una rapida esplorazione del set di dati complessi, grazie a plugin estensibile e configurabili. Inoltre, utilizza le librerie NumPy e SciPy per numero di gestione, Matplotlib per i grafici, nmrglue per l'importazione dei dati NMR, d3.js per i grafici interattivi e Scikit-learn per l'analisi statistica methods.Under il cofano e sostenuto OSesLooking sotto il cofano di Pathomx, possiamo notare che l'applicazione è stata costruita sulla shell dei comandi IPython. Funziona bene anche con i sistemi operativi Microsoft Windows e Mac OS X, per i quali è disponibile per il download come pacchetti binari precompilati. Per GNU / Linux, il software è distribuito solo come un archivio fonte gzip compatibile con le piattaforme hardware a 32-bit e 64-bit.
Quando si utilizza Pathomx, gli utenti devono tenere presente che l'applicazione fa uso di dati dal database pathway MetaCyc stessa, che è parte della famiglia BioCyc. L'API MetaCyc viene utilizzato per generare il database fornito, che viene memorizzato localmente
Cosa c'è di nuovo in questa versione:.
- È stato aggiunto un editor visuale completamente nuovo trascinamento.
- Ti permette di creare flussi di lavoro di analisi trascinando gli strumenti nello spazio di lavoro, modificando i collegamenti trascinando le linee di dati tra gli strumenti, e con vista in linea per avere una panoramica di elaborazione corrente.
- I dati possono essere lasciati nelle mani del lavoro per l'importazione immediata.
- Ha anche aggiunto vivo per-strumento progresso notifiche, bar e indicatori di stato.
- Gli errori sono contrassegnati con il testo di aiuto (tooltip su strumenti non venga indicato in rosso).
Requisiti :
- Graphviz
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