PathVisio

PathVisio è un open source e l'applicazione grafica completamente gratuito implementato nel linguaggio di programmazione Java e progettato da zero per essere utilizzato per la visualizzazione, l'analisi e la modifica di percorsi biologici nell'ambito di un operativo GNU / Linux system.Can essere usato per disegnare percorsi , collegare software entitiesThe biologico consente agli utenti di disegnare percorsi, collegare entità biologiche (proteine ​​o geni) di dati biologici, utilizzando identificatori di database, modificare i percorsi, nonché di analizzare percorsi. Con PathVisio sarà anche in grado di mappare i dati sperimentali, come i dati di microarray, e visualizzare in cima disegno percorso esistente.
Inoltre, si sarà in grado di selezionare un database gene, selezionare un database metabolico, visualizzare le statistiche, dati di espressione di importazione, selezionare l'espressione del set di dati, percorsi di ricerca, vista leggenda, manipolare oggetti, progetti di importazione, nonché di installare e gestire i plugin, che possono aggiungere ulteriori funzionalità al app.Requires nessuna applicazione installationThe può essere usato senza installarlo sul vostro sistema operativo GNU / Linux. Tutto quello che dovete fare è scaricare il pacchetto binario da Softoware, salvare l'archivio in una posizione di vostra scelta, estrarlo con un programma di utilità gestore di archivi, aprire la directory estratta, e fare doppio clic sul pathvisio.jar file.Under il hoodWhile prendere un rapido sguardo sotto il cofano del software PathVisio, abbiamo & rsquo; ve notato che l'applicazione è scritto interamente in linguaggio di programmazione Java, e che la sua interfaccia grafica è stata progettata con le più recenti tecnologie Java Swing. Noi & rsquo; ve testato con successo l'applicazione sul computer che supportano uno dei architectures.Runs CPU a 32 o 64 bit su qualsiasi sistema operativo in cui Java è supportedBeing scritto nel linguaggio di programmazione Java, PathVisio può essere dichiarato come applicazione indipendente dalla piattaforma che supporta GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, e qualsiasi altro sistema operativo in cui sono supportate le più recenti tecnologie Java

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• 31 gen 2014: Bug fix rilascio
• termini GeneOntology vengono rimossi dai risultati della ricerca per le annotazioni
• DataNodes devono essere annotati con ID e origine dati o niente (risparmio di nodi di dati con un solo ID o origine dati non è consentito più)

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.1.2:

• Maggiore bug nel modulo di file di importazione fisso: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.11:

• Salvataggio automatico
• Zoom con rotella di scorrimento
• La selezione di linee è più facile: non è più necessario fare clic sul pixel esatto
• Ora con due metodi di analisi sovrarappresentazione; un percorso-oriented e un data-oriented

Che cos'è nuovo nella versione 2.0.10:

effetto

• Nuovo modo di disegno rettangoli arrotondati per evitare stiramento
• Diverse piccole correzioni

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.9:

• Nuovo tipo di connettore per il connettore di lunghezza arbitraria e arbitraria angoli
• Nuovo & quot; & quot componente cellulare; struttura per memorizzare il significato biologico di un vano
• Nuovo & quot; doppio & quot; tipo di linea (particolarmente utile per organelli doppio membraned)
• collegamenti ipertestuali cliccabili in percorsi
• vedi traguardo: & quot; milestone_27 & quot; Per un elenco completo dei bug-fix

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.8:

• Miglioramento forme per componenti cellulari
• Alcuni miglioramenti di usabilità, come copia / incolla nel menu a comparsa
• vedi traguardo: & quot; milestone_26 & quot; Per un elenco completo dei bug-fix

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.7:

• icone della barra degli strumenti e nuovo pannello laterale per rendere più facile di selezionare i tipi e forme freccia (grazie liubing)
• database Pathway sono inclusi come fonte di dati, in modo da poter aggiungere link da un percorso a un altro
• BioPAX convertitore è stato migliorato e produce documenti BioPAX più validi.
• nuovo tipo di connettore in cui i singoli punti possono essere manipolati (grazie leonth)
• Numero di fonti di dati è stata aumentata a più di 180
• vedi traguardo: & quot; milestone_25 & quot; Per un elenco completo dei bug-fix

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.6:

• Il numero di ancore in una forma può essere aumentata dal default 12.
• Una leggenda della visualizzazione dei dati può essere visualizzata l'immagine percorso si su. In precedenza era visibile solo in un pannello laterale.
• vedi traguardo: & quot; milestone_24 & quot; Per un elenco completo dei bug-fix

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.4:

• migliorata la formattazione del testo di forme, etichette e datanodes
• molte altre forme per datanodes
• coordinate semplice pixel
• colore di sfondo impostato sul datanodes

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.3:

• Degna di nota in questa versione è il nuovo schema XML per il formato GPML percorso (versione 2010a). Questo nuovo formato percorso permetterà molte nuove capacità grafiche del futuro, si può guardare avanti per alcuni di quelli che figurano nella prossima release.
• Altre nuove caratteristiche:
• ancore invisibili sono davvero invisibili, almeno quando qualcosa è collegato a loro (Grazie a Margot)
• opzione Extra linea di comando -v (grazie a Marco)
• del database attualmente selezionato è visualizzato correttamente nella barra di stato di nuovo
• Molti nuovi punti di estensione per gli sviluppatori di plugin
• vedi traguardo: & quot; milestone_21 & quot; Per un elenco completo dei bug-fix

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.0.1:

• migliorato algoritmo per i connettori automatici che puntano a un ancoraggio .
• Una migliore disegno di tipi di frecce che hanno un breve & quot; gap & quot; alla fine.
• Poiché il servizio thawte freemail è stato annullato, abbiamo aggiornato il certificato di sicurezza
• Il visualizzatore Pathway storia aveva un bug che è stato considerato ogni riga modificata, anche se non lo era. Questo è stato risolto.

Requisiti :

• Edition Oracle Java Standard Runtime Environment