Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere offre una combinazione unica di letteratura-mining e analisi percorso per i biologi molecolari interessati alla regolazione genica e reti biologiche.
 BiblioSphere Pathway Edition utilizza un database completo di relazioni modellate individualmente tra geni, proteine, complessi, cellule e tessuti insieme alle tecniche di estrazione up-to-date di testo per l'estrazione della conoscenza automatizzato per consentire di collegare i dati alle reti biologiche in contesti biologici diversi.
 Utilizzare BiblioSphere di

• estendere reti biologiche oltre informazioni via canonica (normativo e metabolica)
• unire i risultati elevati di throughput con conoscenze biologiche e sequenza analisi basate
• eseguire al contesto analisi sensibile percorso normativo
• generare varianti specifiche esperimento pathway
• link di percorsi di meccanismi e geni delle malattie
• fanno avanzato disegno sperimentale

Cosa c'è di nuovo in questa versione:

Nuovo e migliorato Origine dati

• Genomatix Expert Curated Gene-Gene Relazioni:
   Genomatix ha integrato la sua proprietaria conoscenze-base dei dati a cura di esperti sulla regolazione genica in BiblioSphere. Questa fonte di dati unica aggiunge la semantica delle relazioni gene-gene alle reti geniche BiblioSphere generati dinamicamente, fornendo informazioni come "Gene A attiva la trascrizione del gene B" o "Gene A interagisce fisicamente con gene B".
  
• trasduzione del segnale Pathways:
   Porzioni di Gene Ontology rilevanti per la trasduzione del segnale così come i dati raccolti dalla letteratura sono stati combinati per consentire l'individuazione di percorsi canonici legati alla rete mirata.
  
• Metaboliche Pathway Associazioni:
   Associazioni via metabolica sono stati integrati per consentire l'identificazione degli eventi metabolici rilevanti per il set di geni.
  

• Percorso Vista con esperti a cura relazioni gene-gene
   Gruppi Gene vengono compilate in facilmente comprensibili grafici di rete dinamico, che conciliano la cura mano relazioni gene-gene con i dati derivati ​​da estrazione di conoscenza automatizzato. Le reti possono essere personalizzati da filtri e concentrati in modo gene centrato per eseguire più breve analisi del percorso.
  
• Localizzazione cellulare View
   Sulla base di GO Annotazioni geni vengono assegnati alla loro localizzazione subcellulare e visualizzati come un layout cellulare diagrammed, che consente di individuare le regioni subcellulari e comparti ambientali per il set gene.
  

• Project Management: Gestisci le tue analisi organizzandoli in cartelle di progetto. Accedi rapidamente i risultati precedenti, con pochi clic del mouse o aggiungere nuove ricerche a progetti esistenti.
  

• I vari piccoli miglioramenti e correzioni di bug

Requisiti :

• Mac OS X 10.2 o superiore
• Java 1.4.1 (aggiornamento 1 è consigliato)
• connessione a Internet
• un account di valutazione Genomatix (gratuito)