Open Babel

Apri Babel è un open source, collaborativo, software libreria gratuita e multipiattaforma che è stato progettato per agire come un toolbox chimico appositamente progettato per riconoscere numerose lingue dei dati chimici. E 'semplicemente soprannominato & ldquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Caratteristiche in glanceWith Open Babel, gli utenti saranno in grado di cercare, analizzare, convertire e memorizzare i dati di chimica, modellistica molecolare, biochimica, così come altri settori correlati. Supporta una vasta gamma di formati di file comuni, tra cui chimica mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, sorride, e CML.
Inoltre, Open Babel fornisce supporto toolkit, MIME chimica un completo programmatore funzionalità, SMARTS matcher, atomo flessibili / legame typer, cancellazione idrogeno e inoltre, bitvector classe, trasformazioni di matrice e vettore, così come un test di suite.Under molecolare il cofano e operativi supportati systemsOpen Babel è scritto interamente nel linguaggio di programmazione C ++. E & rsquo; sa vero software cross-platform che supporta GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows e sistemi operativi Mac OS X. Entrambi i computer a 32-bit e 64-bit sono ufficialmente supportate al momento della scrittura this.Getting cominciato con Open BabelFirst di tutto, si consiglia vivamente di installare Open Babel utilizzando i pacchetti binari precompilati dai repository software di default del vostro distribuzione Linux. Se il vostro sistema GNU / Linux doesn & rsquo; t avere il software Open Babel nelle repos, allora si e rsquo; ll deve compilare e l'installazione dell'applicazione utilizzando le fonti universali dell'archivio offerta su Softoware.
Scarica il tarball (archivio tar.gz), estrarlo in una località a tua scelta, aprire un emulatore di terminale, passare alla cartella estratta ed eseguire il & ldquo;. Cmake & rdquo; di comando (senza virgolette) per configurare il progetto. Quindi, è necessario eseguire il & ldquo; rendere & rdquo; Comando, senza virgolette, ovviamente, per compilarlo. Assicurati che lo strumento in CMake installato nel sistema operativo prima delle istruzioni di cui sopra

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• Questa release rappresenta un importante bug-fix release e dovrebbe essere un aggiornamento stabile, fortemente raccomandato per tutti gli utenti di Open Babel. Molti bug e miglioramenti sono stati aggiunti nel corso dell'ultimo anno dal rilascio 2.3.0.

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.2.2:

• Questa versione rappresenta una major release bug-fix e è un aggiornamento stabile, fortemente raccomandato per tutti gli utenti di Open Babel. Mentre non ci può essere molte nuove funzionalità, molte cadute e altri bug sono stati corretti dal 2.2.1.
• aggiornato alla nuova release InChI 1.02 per produrre un output standard InChI e InChIKey.
• fissi molti errori stereochimica durante la lettura / scrittura di sorrisi. Questo fa parte di un progetto più ampio che sarà terminato nel rilascio 2.3.
• compilation fisso e l'installazione su piattaforme Cygwin e MinGW.
• Significativamente migliorata aromaticità e l'assegnazione legame Kekule.
• Miglioramento 2D - & gt; 3D coordinare generazione
• Migliorata generazione coordinare con l'operazione della riga di comando --gen3d
• Prestazioni migliorate per la generazione di coordinate.
• Nuovo --fillUC operazione della riga di comando per Babel.
• Correzioni al pH-dipendente di idrogeno oltre.
• Aggiunto il supporto per la lettura dei dati vibrazionali da Molden, Molpro, e NWChem file di output.
• Aggiornato raggi atomici dai recenti calcoli teorici.
• Corretto errore durante la lettura Mol2 o XML file compressi con gzip.
• Chiudi file dopo un errore. Risolto un bug con Pybel dove i file sarebbero rimaste aperte.
• Molte correzioni più bug e piccoli miglioramenti delle funzioni. == Nuovi formati di file == Import & Export:
• ingresso e uscita Molpro.
• coordinate VASP file (CONTCAR e POSCAR).

Cosa c'è di nuovo nella versione 2.2.1:

• interfacce di script migliorate, tra cui Python 3 di supporto e migliorato Java e C # supporto.
• Aggiunto il supporto per le impronte digitali MACCS. Grazie al progetto RDKit.
• Molte correzioni e miglioramenti al codice campo di forza. In particolare, l'attuazione campo di forza UFF deve gestire molti più molecole.
• Migliorata generazione di coordinate 3D, in particolare con i frammenti anello. Si può dare una prova con l'utilità obgen.
• fissi una serie di errori di importazione PPB con tipi di atomi.
• Aggiunto il supporto per le spese e raggi di formati di file PQR lettura.
• Aggiunto il supporto per la lettura e la scrittura celle elementari in formato PDB.
• Nuovo & quot; uscita & quot; formato di file per prendere generico & quot; .out & quot ;, & quot; log & quot ;, e & quot; .dat & quot; file e lettura con adeguato tipo di file in base al contenuto. Attualmente lavora molto bene per i pacchetti di chimica quantistica.
• Aggiunto migliore gestione degli errori e di segnalazione quando riesce a caricare i formati di file.
• Migliorato supporto per il formato di file CIF.
• Molti, molti, molte correzioni di bug e altri piccoli miglioramenti.