QuasiRecomb

QuasiRecomb è un'applicazione leggera che viene eseguito nella console di comando, la simulazione di un modello di Markov per la generazione di quasispecie virali. Esso descrive la generazione delle quasispecie virali e un metodo per dedurre i parametri analizzando i dati di sequenziamento di prossima generazione. Il modello è validato su dati simulati, che mostra il vantaggio di prendere in modo esplicito il processo di ricombinazione in considerazione, e testato applicando a letture ottenute da campioni sperimentali di HIV. Offre un'implementazione dell'algoritmo EM di trovare stime di massima a posteriori dei parametri del modello e un metodo per stimare la distribuzione dei ceppi virali nei quasispecie

Requisiti :.

Java