CLC Main Workbench

Questa demo di 4 settimane completamente funzionale del CLC Workbench combinata aggrega tutte le analisi di sequenza del DNA di CLC Gene Workbench e tutta la sequenza della proteina analisi di CLC Workbench proteine. Tutte le analisi sono pienamente integrati in una singola applicazione, facile da usare e intuitivo software

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

I miglioramenti

• Aggiornato la lista enzima di restrizione da REBASE. & nbsp;

• Risolto un problema con l'esecuzione di BLAST su MacOS Sierra
• link Pfam aggiornate. & nbsp; riportati dal Pfam ricerca nel dominio strumento
• Risolto un problema introdotto in & nbsp;.. CLC Workbench principale 7.7.2 in cui gli enzimi in ordine alfabetico dopo RdeGBI mancavano informazioni metilazione
• Varie correzioni di bug minori

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.7.2:

I flussi di lavoro

uscite
• del flusso di lavoro possono ora essere configurati in modo che le sottocartelle per contenere le uscite vengono create.
• I nuovi segnaposti sono disponibili quando si definiscono i nomi delle uscite del flusso di lavoro: {user}, {host}, e per gli elementi del timestamp dell'oggetto uscita, {anno}, {mese}, {giorno}, {ora}, {minuto}, {secondo}.
• I segnaposto all'interno di nomi di uscita del flusso di lavoro che in precedenza erano disponibili solo come le cifre possono essere specificati utilizzando nomi scritti: {nome} è sinonimo di {1} e {input} è una sinonimi di {2}
.
• 
  

  Quando si utilizza il {2} segnaposto per la denominazione personalizzata in elementi di uscita del flusso di lavoro, solo gli ingressi sbloccati saranno inclusi nel nome generato.

  
  
• 
  

  Nel PDF generato che mostra tutti i parametri configurati di un flusso di lavoro, le voci per i parametri collegato ad uno strumento o un elemento di input ora elencare i nomi degli elementi che definiscono. In precedenza le liste dei parametri di tali elementi sono stati lasciati in bianco.

  
  
• 
  

  Se una denominazione strumento è stato modificato in un flusso di lavoro, il nome originale è ora incluso accanto al nome modificato durante l'esportazione dei parametri del flusso di lavoro.

• 
  

  La vista Storia di elementi di dati creata usando un flusso di lavoro ora include le informazioni sul flusso di lavoro che li ha creati.

  
  
• L'ordine degli strumenti del flusso di lavoro "Aggiungi Elemento" del menu ora corrisponde l'ordine nel menu Strumenti Workbench.
• convalida workflow migliorato per aiutare l'utente a identificare fattori che verranno ignorati a causa della configurazione degli elementi di workflow.

& nbsp;

& nbsp;

• Lo strumento di avvio veloce si trova ora sotto il menu degli strumenti al posto del menu Visualizza e un pulsante chiamato di lancio che porta in primo piano questo strumento è stato aggiunto alla barra degli strumenti.

• Le analisi possono essere lanciati su elementi di dati elencati nella tabella dei risultati di una ricerca locale selezionando gli elementi di interesse, a destra cliccando con il mouse e la navigazione attraverso il menu contestuale che appare.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A. & Nbsp; "Rimuovi Association (s)" l'opzione per la rimozione di associazioni di metadati da elementi di dati selezionati è stato aggiunto il peccato la vista Elementi di metadati in un menu contestuale

• Nel metadati associati Trova dati vederlo ora è anche possibile utilizzare la funzione Trova nella zona di navigazione quando si selezionano più righe.

  
  
• Durante l'importazione di metadati da un foglio di calcolo con le formule in esso, il risultato della valutazione della formula (come visualizzato in Excel) è ora importati piuttosto che la formula stessa.

& nbsp;

• Tutte le comunicazioni del server NCBI è ora crittografato. (NCBI si trasferirà tutti i servizi Web per il protocollo HTTPS il 30 settembre 2016). & Nbsp;

  
  

• L'elenco degli enzimi pre-installati nel banco di lavoro. & Nbsp; è stato aggiornato da REBASE

  
  

• L'opzione "non è nella lista" è stato introdotto come una nuova opzione di filtro tavolo.

  
  

• Leggi dettagli del gruppo sono ora mostrati sulla vista Elemento Info di liste di sequenza.

  
  

• GenBank importazione consente ora anche per i nomi di file con estensione 'GBFF'.

  
  

• Il "Sort cartella" strumento utilizza ora l'ordinamento numerico per i nomi di file prefissati con un numero.

• I nuovi segnaposti sono disponibili quando si definiscono i nomi delle uscite esportatore: & nbsp; {User}, & nbsp; {host}, e per gli elementi del timestamp dell'oggetto uscita, {anno}, & nbsp; {mese}, & nbsp; {giorno}, & nbsp; {ora, & nbsp; {minuto}, & nbsp; . {secondo} & nbsp;
• I segnaposto all'interno di nomi di uscita di esportazione che in precedenza erano disponibili solo come le cifre possono essere specificati utilizzando nomi scritti: {input} è sinonimo di {1}, {estensione} è sinonimo di {2} e {contatore} è un sinonimo di {3}.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.7.1:

• Risolto un problema che è sorto durante l'esecuzione di flussi di lavoro con più ingressi in lotti, in cui i cambiamenti di pre-definiti, ingressi fissi specificati durante il processo di lancio non sono stati applicati.
• Risolto un problema in cui lo strumento Motif ricerca ha riportato in modo non corretto tutte le precisioni partita sia come 0% o 100%.
• Risolto un problema per cui l'ordinamento di una cartella, mentre il risparmio in esso potrebbe innescare un errore.
• Risoluzione di un errore nella finestra di dialogo modalità batch che porterebbe ad un errore quando sono stati riscontrati problemi relativi alla posizione del file o dati sottostante.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.7:

Importa metadati - importazione di base e facile metadati. Questo strumento integra gli strumenti disponibili nei metadati Table Editor.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.6.4:

• Corretto un bug quando la ricerca per le sequenze a strumento BCN non riuscirebbe a scaricare sequenze nucleotidiche con il messaggio di errore "I seguenti sequenze non sono stati scaricati correttamente.
• Risolto un problema con il BLAST NCBI a passo del Rapporto strumento Crea proteine.
• Risolto un problema che porta a un errore durante l'esportazione VCF in cui i dati in questione era stato inizialmente importato da file VCF ei valori nel campo QUAL erano interi. & Nbsp;
• Export di virgola mobile (decimale) numeri a VCF & nbsp; formato prima erano dipendano dalla localizzazione specificata. Questo è stato risolto in modo che il & nbsp; separatore decimale. & Nbsp; ora sempre è un punto
• Quando si esegue l'associazione automatica dei metadati, il registro ora mostra le righe di metadati non sono stati associati con tutti i dati.
• Risoluzione di un errore che impediva informazioni manuale metadati per accedere all'interno del Workbench.
• Risolto un bug per cui facendo associazione automatica utilizzando una tabella di metadati memorizzati su un server CLC fallirebbe.
• associazione automatica dei metadati ora gestisce un'associazione basata sul prefisso di nomi dati piuttosto ed esatta corrispondenza per l'intero nome di dati.
• Una tabella di metadati non ha più bisogno di una colonna chiave per i propri file da associare manualmente con elementi di dati.
• Una opzione per modificare i ruoli di metadati precedentemente visibili nella configurazione delle uscite del flusso di lavoro è stato rimosso.
• Risolto un errore accade quando un Workbench dati Località stava indicando un file sul sistema invece di una cartella. Sarà ora appare come non disponibile nella zona Workbench di navigazione.
• tooltip abilitato per tutti i parametri di configurazione quando ed esecuzione dei flussi di lavoro.
• Il processo di login da un banco di lavoro a un server CLC deve ora completo prima di aprire un URL CLC inizierà.
• risolvere un problema su Mac dove il Workbench non è stato riconosciuto come un gestore di protocollo personalizzato per CLC:. // URL
• Risolto un'eccezione che si verificano rara che potrebbe essere innescato da commutazione vista dell'editor con un doppio clic.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.6.3:

Nuove funzionalità e miglioramenti

• dosaggio su elementi selezionati è ora possibile: ha usato per essere limitato alle cartelle selezionate
.
• Ora si può selezionare "EST", come base di dati quando si utilizza la ricerca per le sequenze in strumento di NCBI.
• Il Hierarchical Clustering di strumento di campioni può essere eseguita come parte dei flussi di lavoro e sul server.
• Migliorata la gestione della memoria durante la manipolazione di grandi elementi del report.
• I tooltip sulle foglie di alberi filogenetici ora visualizzare una descrizione della sequenza allegato.
• I numeri non vengono aggiunti i nomi degli elementi del flusso di lavoro per la creazione di una copia di un flusso di lavoro mediante "copia aperta del flusso di lavoro".
• Metadata Management. Tenere traccia dei file di input e importare le informazioni meta per i vostri campioni.

Correzioni di bug

• Risolto un problema che si verifica raro in cui il Workbench visualizzerebbe un messaggio di errore durante l'installazione di un 3rd party plug-in licenza.
• Risolto un problema in cui selezionando una voce in una tabella dei risultati Blast potrebbe evidenziare l'allineamento sbagliato nell'editor Blast se il tavolo era stato filtrato o ordinati.
• Risolto un problema per cui cliccando su un'annotazione nell'editor Primer design potrebbe dar luogo ad un messaggio di errore.
• Risolto un problema per cui le annotazioni che attraversava le estremità di una sequenza circolare sarebbero stati collocati in modo non corretto nella circolare Sequence View.
• Risoluzione di un errore che ha causato il banco di lavoro per bloccare se alcune sequenze sono state visualizzate in vista circolare con il rendering radiale delle etichette.
• report esportati fissi con l'autore sbagliato in certe situazioni.
• Risolto un problema per cui Creare Box Plot e Analisi delle Componenti Principali potrebbe a volte essere eseguito con argomenti illegali, portando ad un messaggio di errore.
• L'uscita dello strumento di inversione Complemento sequenza ora ottiene il suffisso -RC attaccato al nome dell'ingresso invece di -1 prima.
• Risoluzione di un errore nel predire strumento struttura secondaria quando l'opzione per calcolare la funzione di partizione è stata selezionata per le molecole lunghe (& gt; 1000 nucleotidi).
• Risolto un problema per cui non si poteva ingrandire dopo lo zoom in modo completo su grandi flussi di lavoro.
• Risolto un problema che impediva una cartella principale di Windows su unità da essere usato come un percorso di file.
• Risolto un problema per cui l'aggiornamento di un impianto esistente su Windows si tradurrebbe nel file .vmoptions viene cancellato, il che rende la corsa Workbench con la configurazione di default di Java.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.6.2:

• Aggiunto un lavoro intorno a un problema di Java che di tanto in tanto ha portato alla Workbench visualizzare un errore uninformative e che richiedono un riavvio per continuare a lavorare.
• Risolto un problema con l'esecuzione di BLAST NCBI a cui superamento errore NCBI-generato circa il loro limite di utilizzo della CPU non veniva riportato in modo trasparente e un risultato di "no hit" veniva segnalato invece.
• Una correzione è stata applicata per evitare un'eccezione in circostanze in cui la pulizia dei file scaricati da BLAST non riuscita.
• strumento The Reverse Translate ignorato qualsiasi codice genetico specificato nelle tabelle di frequenza codone. Tutti traduzione inversa sarebbe quindi di default per il codice genetico standard.
• Quando si installa un flusso di lavoro con i dati in bundle, non è più possibile selezionare una cartella di sola lettura per la memorizzazione dei dati.
• fissi visualizzazione sbagliata di "Formato supportato" quando si esporta elementi provenienti sia l'editor di cartella o alla Ricerca Editor locale.
• Fix del potenziale file sbagliato viene salvato quando si modifica un file trovato tramite la Local Search Editor.
• Terreni all'interno report vengono ora mostrati con le impostazioni del pannello laterale salvate.
• fissi risparmiando diversi colori delle linee di trame attraverso il pannello laterale.
• opzione del pannello laterale per mostrare leggende per una trama con più di 10 campioni è ora abilitato.
• Risolto un problema che ha portato a un errore durante il rendering grafici per i set di dati vuoti.
• Risolto un problema in cui l'opzione "Svuota cestino" è stato talvolta erroneamente disponibile.

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.6.1:

• L'esportatore GTF è ora disponibile per il Workbench principale.

tavoli
• Trascrittomica esperimento e campione possono ora essere ordinati, anche con un gran numero di righe.
• Migliorata Excel, HTML e delimitato da tabulazioni esportazione di varianti (scegliere solo le annotazioni / colonne avete bisogno).

• Risolto un errore che colpisce il "Cut sequenza prima / dopo la selezione" strumento nell'editor clonazione.
• Corretto errore in cui un-click sinistro rapidamente seguita da tasto destro del mouse è stato interpretato come un doppio clic su OS X (nella lista dei risultati di ricerca di persistenza, nella struttura della cassetta degli attrezzi, e nell'editor del flusso di lavoro).

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.6:

• Tracce:
  • uscita coerenti quando arricchire le tracce variante e le tracce di annotazione con colonne della tabella in più. brani output di questi strumenti hanno ora lo stesso numero di colonne della tabella aggiunti e le colonne saranno sempre nello stesso ordine. In precedenza, se una colonna aggiunta aveva valori vuoti per tutte le righe varianti, sarebbe stato rimosso dal tavolo finale, con conseguente numero e relativo ordine delle colonne aggiuntive quando più campioni sono stati trattati con gli stessi strumenti / flussi di lavoro diversi. Tutte le colonne sono conservati oggi, facilitando la lavorazione a valle di tabelle esportate, e di fornire immediato riferimento visivo per il quale sono stati applicati strumenti di arricchimento / annotazione, anche se non hanno prodotto alcun risultato per un campione particolare.
  • Tavoli per le tracce variante e le tracce di annotazione ora possibile ordinare e filtrare le colonne con celle che contengono più di un numero.
  • Migliorata la visualizzazione pista per la variante tracce di mostrare l'alterazione sequenza della variante resa.
  • tracce Grafico ora mostrano valori negativi riempiti verso l'alto per y = 0 (come previsto).
  • Aumento decimali per i numeri quando esportano tabella in formato CSV, delimitato da tabulazioni testo e Excel.
  • Migliorata la segnalazione di errori relativi allo spazio su disco insufficiente.
  
  

Cosa c'è di nuovo nella versione 7.5.1:

• È ora possibile eseguire un flusso di lavoro senza un ingresso opzionale.
• Lo strumento AAC non annotare le varianti a 3 'UTR con il loro cambiamento a livello del DNA utilizzando il formato dei mezzi pesanti C.XXX. Questo riguarda qualsiasi analisi fatta con Gx 7.5 o basato in precedenza su CDS Ensembl tracce da versons anziani. L'analisi AAC deve essere rifatta utilizzando Gx 7.5.1 per una corretta annotazione.
• Pfam filtraggio bug risolto. In precedenza, Pfam riportato solo il primo dominio di ogni tipo in una query e di conseguenza molti domini sono stati mancati. Si consiglia agli utenti la cui ricerca dipende annotazioni Pfam ri-eseguire lo strumento sui propri dati.
• Risoluzione di un errore nello strumento di 'massima verosimiglianza Phylogeny' che non è riuscita quando si generano valori di bootstrap per alcuni allineamenti di ingresso.
• Corretto il problema con lo scorrimento dei file rilevanti nella scelta di oggetti come parametri di maghi dello strumento.
• I risultati di testo Blast sono stati migliorati in modo che mostrano la query corretta e posizioni soggette a prescindere dal filo.
• È stato risolto un problema che impediva le operazioni di BLAST quando si sceglie di eseguire questi sul server CLC.
• È ora possibile eseguire un flusso di lavoro senza un ingresso opzionale.