Malign

Le procedure di allineamento più implementate in maligni sono stretti parallelismi a quelli utilizzati per la ricerca di cladogrammi lunghezza minima. I comandi logici e programmi saranno chiaro per chi ha familiarità con programmi come Hennig86, NONA, e PAUP. Topologie di allineamento sono costruiti con sequenze diverse e migliorati attraverso la filiale swapping. Ogni topologia allineamento produce un allineamento multiplo e cladogrammi sono costruiti da tale allineamento. Il costo del cladogram più parsimonious viene assegnato come il costo allineamento multiplo.