POY

POY è un programma di analisi filogenetica che supporta più tipi di dati (ad esempio morfologia, nucleotidi, i geni e le regioni geniche, cromosomi e genomi interi). POY è particolare in quanto può eseguire l'allineamento e filogenesi vero inferenza ovvero sequenze di input non hanno bisogno di essere preallineati. Inserimenti, eliminazioni e riarrangiamenti, possono essere inclusi nel punteggio complessivo albero sotto Massima Parsimonia, o nel modello sotto massima verosimiglianza. Una varietà di algoritmi euristici sono stati sviluppati a questo scopo e sono implementate in POY.