goby

ghiozzo è una API Python per la lettura di file di dati binari creata usando il quadro di gestione dei dati Goby next-gen.
Normalmente, questa directory si presenta come parte del pacchetto ghiozzo completo, disponibile a partire da:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Il pacchetto completo comprende il codice sorgente Java. Se si è scaricato il pacchetto da PyPI o qualche altra fonte specifica per Python, potreste aver ricevuto solo la parte del codice Python.
Sviluppo Attenzione
Le librerie Goby Python non sono mature come l'implementazione di Java. Può essere più buggy e non è destinato a fornire il set completo di funzionalità che si trovano nella versione Java.
Installazione:
& Nbsp; 1. Assicuratevi di avere Python 2.5 o più recente. In caso di dubbio, eseguire:
python -V
& Nbsp; 2. Scaricare e installare i pacchetti prerequisiti python:
& Nbsp; 1. Buffer protocollo
& Nbsp; Disponibile da http://code.google.com/p/protobuf/ o PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - sostituzione Python per java.util.Properties
& Nbsp; Disponibile da http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installare il pacchetto Goby:
python setup.py install
& Nbsp; Questo passaggio potrebbe richiedere privilegi di superutente.
Utilizzo:
Vengono forniti gli script di esempio per dimostrare come accedere al contenuto dei file Goby in Python.
& Nbsp; * Ecco come eseguire la scansione di un file di allineamento Goby:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(I file basename.entries e basename.header devono uscire.)
& Nbsp; * Il comando seguente stampa il contenuto di un file di allineamento come testo:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Il comando seguente converte un compatto legge file in formato FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-legge
& Nbsp; * Il comando seguente stamperà le statistiche circa il contenuto di un compatto legge di file:
GobyReadsStats.py file.compact-legge

Requisiti :

• Python