MACS2

MACS2 è uno strumento di analisi del modello base per i dati Chip-Seq.
Con il miglioramento delle tecniche di sequenziamento, cromatina immunoprecipitazione seguita da alta sequenziamento rendimento (ChIP-Seq) sta diventando popolare per studiare le interazioni proteina-DNA genoma. Per ovviare alla mancanza di potente metodo di analisi ChIP-Seq, vi presentiamo un nuovo algoritmo, chiamato analisi basata su modello di ChIP-Seq (MACS), per identificare il fattore trascrizione siti di legame. MACS cattura l'influenza della complessità del genoma per valutare l'importanza delle regioni ChIP arricchiti, e MACS migliora la risoluzione spaziale dei siti di legame combinando le informazioni sia della posizione tag sequenziamento e l'orientamento. . MACS può essere facilmente utilizzato per i dati Chip-Seq da solo, o con campione di controllo con l'aumento della specificità

Requisiti :

• Python