tigreBrowser

tigreBrowser è un gene espressione modello di browser risultati di pacchetto R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installazione:
tigreBrowser richiede Python versione> = 2.5. tigreBrowser può essere installato con il seguente comando:
python setup.py install
Per ulteriori informazioni sull'installazione dei moduli python (per esempio, l'installazione, senza permessi di root solo per l'utente corrente), vedere http://docs.python.org/install/
Server Avvio
Il web server incluso nel tigreBrowser deve essere in esecuzione per poter utilizzare il browser vero e proprio risultato.
Avrete bisogno di un file di database generato dal pacchetto R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Questo pacchetto contiene un file database di test 'database.sqlite', che può essere utilizzato per verificare tigreBrowser. Il database di test è stata generata utilizzando le istruzioni ed esempi di dati inclusi nel pacchetto di tigre.
Eseguire tigreServer.py per avviare l'interfaccia grafica del server. Per avviare il browser risultato, si deve prima selezionare un file di database di cui si desidera visualizzare i risultati. Ciò può essere eseguito selezionando 'file di database Open' e la scelta di un file di database. Il file di database non deve avere i permessi di scrittura. Il server può essere avviato cliccando su 'Avvia server'. Quando si fa clic, l'etichetta appare sotto i tasti per mostrare l'URL del browser risultato.
Il browser risultato è ora accessibile in quanto URL utilizzando un browser web normale. Le istruzioni su come utilizzare il browser si trovano nella sezione successiva di questo manuale. Il browser è disponibile fino a quando il server è arrestato con il tasto 'Stop server'.
tigreServer.py può essere utilizzato anche con una interfaccia a riga di comando. Avviare lo script con l'opzione 'help' per maggiori dettagli.
Utilizzo del browser
Selezione Dataset
La selezione di dati determina quali risultati saranno visibili nella lista dei risultati e in quale ordine. La selezione esperimento impostato viene utilizzato per selezionare la serie di esperimenti. Solo i risultati di questi esperimenti verranno visualizzati nell'elenco.
Avanti nella selezione di dati è la selezione di fattore di trascrizione (TF) o un set di destinazione, a seconda se il browser è impostato risultato a Target mode o regolatore classifica modalità classifica (vedi installazione). In modalità bersaglio classifica, la selezione TF è disponibile e il risultati lista contiene per diversi target con il TF data. Nella modalità regolatore classifica, l'obiettivo fissato è selezionato e l'elenco mostrerà i risultati per i diversi regolatori.
Poiché il numero di risultati può essere alto, i risultati possono essere suddivisi in più pagine. "Numero di geni per pagina" selezione può essere usato per regolare il numero di risultati hanno mostrato. Può essere utile per ridurre il numero di risultati se la pagina viene caricata lentamente a causa della enorme numero di immagini.
Infine, l'ordine in cui i risultati sono mostrati può essere modificato con il "ordine di" selezione. I risultati verranno ordinati in modo discendente dal criterio dato.
Filtraggio
I risultati possono essere filtrati in base a criteri differenti. Si può, ad esempio, visualizzare solo i risultati di geni che hanno z-score superiore a una certa soglia.
E 'possibile combinare più criteri durante il filtraggio. "[+]" Link può essere utilizzato per aggiungere un altro criterio. Un criterio può essere anche rimosso utilizzando "[-]" collegamento (non mostrato quando c'è solo un criterio). Quando vengono utilizzati più criteri, un gene risultato devono soddisfare tutti i criteri da indicato nell'elenco.
Filtraggio viene attivato con "Applica filtri" checkbox.
Evidenziando
Se i geni del database contengono dati aggiuntivi, i risultati possono essere evidenziati utilizzando tali dati. Le opzioni di evidenziazione disponibili sono mostrate con i colori associati a tali opzioni.
Le opere che evidenziano mostrando caselle colorate sotto i nomi della sonda nella lista risultato per i geni che hanno i dati supplementari che corrisponde alla selezione.
Ricerca
È possibile risultati per i geni data ricerca. I lavori di ricerca digitando separati da virgola elenco di geni o sonda nomi alla casella di ricerca. Alias ​​gene può anche essere utilizzato come voce di ricerca.
Visualizzazione dei risultati
I risultati per la selezione data di dataset, filtri, luci e ricerca verranno mostrato quando "Invia" viene cliccato il pulsante. La banca dati sarà poi interrogato per risultati vicini a quelli della selezione data. "Reset" pulsante può essere utilizzato per cancellare tutte le selezioni e campi di testo.
L'elenco dei risultati contiene più colonne. Nella prima colonna un nome sonda viene visualizzata con un GENENAME associata alla sonda. Accanto al nome del gene, è la figura di espressione genica se definita nel database. La colonna seguente contiene i risultati effettivi per i geni. Tutti i dati supplementari viene visualizzato anche qui. Dati dell'esperimento vengono visualizzati accanto ai valori dei risultati.
. Infine, parametri dell'esperimento, se inserita nel database, verranno visualizzati come un tavolo accanto alle figure

Requisiti

• Python