GENESIS (abbreviazione di General simulazione neurale System) è una piattaforma di simulazione per uso generale che è stato sviluppato per supportare la simulazione di sistemi neurali che vanno dai componenti subcellulari e le reazioni biochimiche a modelli complessi di singoli neuroni, simulazioni di grandi reti e SISTEMI modelli di livello.
GENESIS ha fornito la base per i corsi di laboratorio in simulazione neurale al Caltech, il Marine Biological Laboratory, le Crete, Trieste, Bangalore, e Obidos brevi corsi di Computational Neuroscience, e almeno 49 università, di cui siamo a conoscenza.
La maggior parte delle applicazioni GENESIS attuali coinvolgono simulazioni realistiche di sistemi neurali biologici. Anche se il software può anche modellare le reti più astratti, altri simulatori sono più adatti per backpropagation e simili modellazione connectionist.
Installazione
1. Scegliere il luogo in cui si desidera installare il "genesis" albero delle directory. Se si sta procedendo a una installazione a livello di sistema come utente "root", / usr / local è una buona scelta. Per un'installazione personali, senza privilegi di root, è possibile utilizzare la propria directory home ("~"). Cambiare in questa directory ed estrarre la directory genesi dal file di archivio genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz. Per esempio,
cd / usr / local
tar xvzf /mnt/cdrom/genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz
o da dove lo avete (per esempio ~ / downloads / genesis2.2.1-linux-bin.tar.gz).
2. Passare alla directory "genesi" ed eseguire lo script di installazione che crea la ".simrc" file di inizializzazione GENESIS ". Quindi copiare .simrc alla propria directory home.
cd genesis
./binsetup
cp .simrc ~
3. Finallly, aggiungere la directory genesi al percorso di ricerca, in modo che "genesi" si possono trovare da qualsiasi directory che siete. Se la shell di login è bash, si può fare questo modificando il file .bashrc nella vostra home directory aggiungere la riga
PATH = $ PATH: / usr / local / genesis
alla fine del file. Se si utilizza tcsh o csh come shell di comando, aggiungere
set path = ($ path / usr / local / genesis)
al .tcsh o al file .csh.
A questo punto, si è pronti per provare a eseguire GENESIS. Spostatevi nella directory genesi / Scripts e provare alcune delle esercitazioni suggerite nel file README
Cosa c'è di nuovo in questa versione:.
- Numerosi bugfix e miglioramenti.
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