E-Cell System

sistema E-Cell è un concetto di costruzione di cellule virtuali sui computer.
Sistema di E-Cell è una suite di software object-oriented per la modellazione, la simulazione e l'analisi di sistemi complessi su larga scala, come le cellule biologiche, architettati da Kouichi Takahashi e scritto da una squadra meravigliosa di sviluppatori. Parte fondamentale del sistema, E-Cell Simulation Environment versione 3, permette molti componenti azionati da più algoritmi con tempi diversi a coesistere.
Progetto E-Cell è un progetto di ricerca internazionale volto a sviluppare necessari supporti teorici, tecnologie e piattaforme software per consentire la simulazione delle cellule tutto preciso.
Sistema E-Cell è costituito dai seguenti tre parti principali:
- E-Cell Simulation Environment (o E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (o E-CELL ME)
- E-Cell Analisi Toolkit

Caratteristiche

• bbli funzionalità di base:
• modellazione orientata agli oggetti e la simulazione di sistemi complessi.
• Plug-in architettura. Nuove classi utente-oggetto possono essere sviluppate, caricati dinamicamente, e utilizzati nella simulazione.
• interazione con l'utente in tempo reale e la visualizzazione durante la simulazione.


• Scripting:
• scripting Python di una sessione di simulazione (run / stop / parametro manipolazione / trattamento dei dati, ecc ...).
• scripting Python di un esperimento di simulazione che coinvolge numerose piste delle sessioni di simulazione (come parametro tuning, analisi di controllo metabolico, ecc ..)
• Python script di generazione file di modello (ad esempio, per la costruzione del modello automatico da database).


• bbli Compatibilità:
• livello SBML 1/2 importazione.
• livello SBML 1/2 esportazione.


• computazione parallela:
• -memoria condivisa, multi-thread parallelizzazione di una singola sessione di simulazione. (Da unire nel ramo principale.)
• Cluster e griglia distribuiti calcolo di più sessioni di simulazione. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Cosa c'è di nuovo in questa versione:.

• Questa versione aggiunge varie correzioni di bug

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.1.107 RC2:

• Corretto un bug nella ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Risolto un bug in ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Cosa c'è di nuovo nella versione 3.1.107 RC1:

• Risolto problema di compilazione su nuovo GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• pyecs integrati in pyecell. (Moriyoshi)
• ecell.emc fuse in ecell.ecs per evitare stranezze inizializzatore statico in qualche piattaforma (incluso Mac OS X). (Moriyoshi)
• Due frontend GUI (session-monitor e il modello-editore) sono stati rinnovati per essere due pacchetti di moduli Python, ecell.ui.osogo e ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• GtkSessionMonitor Spostato ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor che risiede in eCell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• rinominato ecell.SessionManager a ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Rimosso seguenti costanti da ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)